Chose plus curieuse encore, nous verrons les Jésuites, vers 1584, agir sans l'aveu du pape et contre ses vues. C'était pourtant leur Grégoire XIII. Mais, comme prince italien, il était épouvanté de la grandeur que la Ligue préparait à Philippe II. Le pape qui suivit, Sixte-Quint, beaucoup plus prince que pape, abominait la révolte, détestait la Ligue. Les Jésuites l'amenèrent à grand'peine à l'approuver.
Il ne faut pas les regarder comme de simples instruments. Il faut les prendre en eux-mêmes. Chose difficile, possible cependant. Ils ont unité parfaite sous un masque varié.
Ils ont des esprits fins et doux comme leur diplomate Possevin, aimable, savant, laborieux, le maître de saint François de Sales et qui n'en obtient pas moins de la Savoie la persécution des Vaudois. Ils ont des esprits violents pour l'action révolutionnaire, des docteurs en assassinat, comme la plupart de ceux qui firent les missions contre Élisabeth.
De même que, dans leurs missions, ils employaient tous les costumes (surtout celui d'hommes d'épée), ils paraissent aussi en justice avec toutes sortes de doctrines et d'affirmations diverses. Les tribunaux ne savent comment prendre ces esprits fuyants dans leurs démentis éternels. Généralement ils nient d'abord, puis, convaincus, ils avouent, et à l'échafaud ils nient. Forts du principe d'Ignace (obéissez jusqu'au péché mortel inclusivement), ils mentent hardiment dans la mort, sûrs d'être justifiés par le devoir d'obéissance.
Sur toute chose, oui et non. Cependant, lorsqu'on connaît leur unité stricte, lorsqu'on sait que chaque livre publié par un des leurs est examiné, discuté, approuvé par la censure très-attentive de l'ordre, on comprend que leurs divergences, leurs contradictions apparentes, leurs reculades d'un moment sur tel ou tel point, sont préméditées et voulues.
Ainsi, quand ils virent que leur ami Sanders, l'auteur de la Monarchie visible de l'Église, qui avilit les évêques, scandalisait beaucoup de catholiques anglais, ils démentirent un moment cette doctrine, sauf à la reprendre. De même, tels de ces catholiques digérant difficilement le principe du tyrannicide, quelques confesseurs jésuites le désapprouvèrent, tandis que la masse de l'ordre continuait à l'enseigner, et en faisait, contre Orange, contre Élisabeth et contre Henri IV, un persévérant usage.
Cette doctrine du tyrannicide se forma dans leurs séminaires par un éclectisme baroque, qui mêlait grossièrement deux esprits peu associables. D'une part, tout prince excommunié n'est plus prince, n'est plus homme; il est hors la loi; il perd l'eau, le feu, l'air, en un mot le droit de vivre; si l'Église ne le tue pas, sa vie est à qui veut la prendre. D'autre part, hommes de collége, les Jésuites ne manquaient pas de fourrer dans ce droit papal les citations latines des meurtres républicains des tyrans de l'antiquité; ils les trouvaient toutes faites dans le fatras du cordelier Jean Petit, pour justifier en 1409 la mort du tyran d'alors.
Voici comment Harmodius, Aristogiton, Brutus devinrent amis de Loyola.
Ces actes audacieux d'hommes isolés qui, de leurs bras, aux dépens de leur propre vie, attaquèrent la toute-puissance, furent cités pour autoriser les assassinats payés par le puissant des puissants, le maître de l'Espagne et des Indes. Le Brutus de l'Escurial put commodément poignarder, pour son argent, le tyran Guillaume d'Orange et le tyran Henri IV.
Spectacle neuf. Seulement il fallait bien s'entendre sur un point: quel est le tyran? Les Portugais, les Hollandais disaient que c'était Philippe. Son général, Farnèse, le prince de Parme, fort imbu de ces doctrines, et qui lui-même endoctrinait spécialement les assassins, fait donner l'explication nécessaire par un homme à lui, le docteur en droit Ayala, qui écrit en 1582, imprime en 1587: «Le tyran qu'il faut tuer, c'est le tyran illégitime.» En Espagne, le casuiste Toledo reproduit la distinction. Toute la matière enfin est splendidement élucidée par le Jésuite Mariana, dont le livre peut s'appeler un manuel du régicide, dédié au roi futur, le jeune infant (Philippe III).