La décision définitive fut remise par le roi à trois personnes: Bossuet, Noailles, évêque de Châlons, allié de madame de Maintenon, et à M. Tronson, supérieur de Saint-Sulpice, ami de Fénelon. La soumission de celui-ci rendait ces commissaires fort modérés. Bossuet avoua que l'Église n'avait jamais condamné en lui-même l'amour pur, désintéressé. Cela donnait espoir pour l'archevêché de Paris (qu'Harlay, malade, allait rendre vacant). Mais dans l'ombre veillait l'homme que Fénelon avait déjà rencontré à Saint-Cyr sur son chemin, Godet, l'évêque de Chartres. Il était directeur de madame de Maintenon. Il la trouvait plus froide pour Fénelon, surtout craintive et incapable de contrarier le roi, antipathique au quiétisme. En février 95, quand on croyait avoir vaincu, tenir le siége de Paris, la foudre tonne; le roi a promu Fénelon à l'archevêché de Cambrai! Haute fortune, une principauté, mais principauté dans l'exil!
Tant d'adresse fut donc inutile! L'affaire si bien menée échoua. À vrai dire, Godet n'eut pas grand mal. Cet arrangement donnait le siége de Paris à M. de Noailles, dont le neveu épousait une nièce de madame de Maintenon.
Fénelon perdait à la fois et son élève, le duc de Bourgogne, et ses amis dévoués; les duchesses, leurs pieux maris. Toutes pleurèrent, une en fut alitée.
Fénelon signa (le 10 mars) les articles arrêtés à Issy par les commissaires. De partie on le faisait juge, mais pour qu'il se frappât lui-même. On lui faisait signer avec ses juges l'instruction qui condamnait en partie son credo intérieur. Il avala cela, et, en signe d'unité parfaite avec ses adversaires, le 10 juin, il fut sacré (pour l'exil et pour la disgrâce) par Bossuet, assisté de l'évêque de Chartres. Celui-ci eut victoire complète et vit Fénelon à ses pieds.
Cependant le roi était vieux et son petit-fils jeune. Fénelon devait croire qu'il avait pour lui l'avenir. En 95 et 96, il montra une prudence infinie, excessive. Il écrivit des choses dures sur madame Guyon, fit très-bon marché d'elle. La pauvre femme, dans son couvent de Meaux, quoiqu'on eût reconnu son innocence, était âprement insultée, calomniée. On diffamait ses mœurs. Elle fit un tout petit mensonge, obtint de son tyran la permission d'aller aux eaux, et vint se cacher à Paris chez ses amis et défenseurs. Le roi, sur la demande de Bossuet, lâcha contre elle la meute de police. On eut l'indignité d'employer ce Desgrais, l'horrible agent qui prit La Brinvilliers, en lui faisant l'amour. Le lieutenant La Reynie, habitué à interroger les assassins et le voleur, s'ingénia à la surprendre, cette innocente, cette sainte, en ses paroles. Il la tint trois ans sous sa main enfermée à Paris. En 98, n'en tirant rien que l'amour pur de Dieu, il l'envoya à la Bastille et à Vincennes. Elle y resta quatre ans, heureuse de souffrir et de pouvoir se dire en mauvais vers qui ne sont pas sans charmes:
Mon cœur n'aurait connu Vincennes ni souffrance,
S'il n'eût connu le pur amour!
Que faisait Fénelon pour elle? Il offre d'en tirer une rétractation, mais proteste qu'il ne demande pas qu'elle sorte de prison: «Je suis content qu'elle y meure, que nous ne la voyions jamais et que nous n'entendions plus parler d'elle.» (Beausset, II, 328-336.) Et ailleurs: «S'il est vrai que cette femme ait voulu établir ce système damnable (de Molinos), il faudrait la brûler, au lieu de la communier, comme l'a fait M. de Meaux.» (Maintenon, III, 248.)
Bossuet voulait le faire aller plus loin, lui faire condamner, comme archevêque, le livre dogmatique où il prétendait distinguer entre la vraie et la fausse spiritualité. Fénelon gagna les devants, et très-secrètement écrivit, imprima son Explication des Maximes des saints.
Il triomphe à son aise quand il rappelle historiquement la longue tradition des mystiques, acceptés, loués de l'Église; mais beaucoup moins, quand il essaye de ramener cette ivresse du cœur à une sagesse relative, de mettre la raison dans les folies de l'amour, de délirer avec méthode et jusqu'à certain point. Avec quelques ménagements pour échapper dans le détail, il prend de tout cela justement le plus dangereux, avouant que la transformation de l'âme est justement l'état le plus passif, recommandant la plus profonde mort comme l'état le plus élevé.
Par le côté essentiel, il est bien inférieur à madame Guyon. Il n'emprunte rien d'elle qu'en lui ôtant ce qui est tout en elle, la liberté charmante de l'âme solitaire. Il subordonne tout au directeur, et y renvoie sans cesse. Toujours le prêtre, partout le prêtre. C'est comme dans les lettres de madame de Maintenon (sur l'éducation); en toute chose il faut consulter. On ne peut pas marcher. Il faut des lisières, des béquilles.