Mais une rude épreuve attendait encore les navigateurs.
En entrant dans la baie Française, tout le monde était à son poste pour le mouillage. Des vigies veillaient, on sondait de dessus les grands porte-haubans, lorsqu'à vingt brasses, puis à dix-huit, des roches furent signalées. On était à une demi-lieue de terre.
Par prudence, Freycinet laissa porter de deux quarts, et c'est cette précaution qui lui devint funeste. La corvette donna tout à coup avec violence contre une roche sous-marine. La sonde accusait à cet instant même, de chaque bord, quinze et douze brasses. L'écueil contre lequel le navire venait de toucher était donc moins large que la corvette elle-même. En effet, c'était la pointe aiguë d'un roc.
Des fragments de bois qui remontèrent à la surface firent aussitôt craindre que l'accident ne fût grave. On se jeta aux pompes. L'eau pénétrait avec violence dans la cale. Freycinet fit aussitôt «larder une bonnette», opération qui consiste à passer une voile sous la quille de manière qu'en s'introduisant dans l'avarie, elle diminue l'ouverture par laquelle l'eau se précipite. Rien n'y fit. Bien que tout le monde, officiers et matelots, fût aux pompes, on ne parvenait qu'à «étaler», c'est-à-dire à ne pas être gagné par la mer. Il fallait mettre le navire à la côte.
Mais ce n'était pas tout que prendre cette résolution, si pénible qu'elle fût, il fallait l'exécuter. Or, partout la terre était bordée de roches, et ce n'est qu'au fond de la baie qu'on pouvait trouver une plage de sable propice à un échouage. La brise était devenue contraire, la nuit arrivait, et le navire était à moitié plein d'eau. On peut juger des angoisses du commandant! L'échouage se fit cependant sur la côte de l'île aux Pingouins.
«A cet instant, dit Freycinet, la fatigue de nos hommes était telle, qu'il fallut discontinuer toute espèce de travaux et donner à l'équipage un repos d'autant plus indispensable que notre situation allait nous obliger à une foule d'opérations très pénibles. Mais pouvais-je moi-même me livrer au repos! Agité de mille pensées pénibles, mon existence me paraissait un songe! Ce passage subit d'une position où tout paraissait me sourire, à celle où je me trouvais en ce moment, m'oppressait comme un affreux cauchemar; mes idées étaient bouleversées, et il m'était difficile de retrouver le calme dont j'avais besoin et qui devait être mis à une si pénible épreuve! Tous mes compagnons de voyage avaient fait leur devoir dans l'affreux sinistre dont nous avions failli devenir les victimes, et je me plais à rendre justice à tous.»
Lorsque le jour vint éclairer le paysage, une morne tristesse s'empara de tous les hommes. Pas un arbre, pas un brin d'herbe, sur ces plages désolées. Rien qu'une solitude silencieuse, de tout point semblable à celle de la baie des Chiens-Marins.
Mais ce n'était pas le moment de s'attendrir. D'ailleurs on n'en avait pas le temps. Les journaux, les observations et tous ces documents précieux, recueillis au milieu de tant de fatigues et de dangers, fallait-il les laisser s'engloutir?
Tous furent sauvés. Par malheur, il n'en fut pas de même des collections. Plusieurs caisses d'échantillons, qui étaient à fond de cale, furent entièrement perdues, d'autres avariées par l'eau de mer. Les collections qui eurent le plus à souffrir du désastre furent celles d'histoire naturelle et l'herbier que Gaudichaud s'était donné tant de mal à réunir. Les béliers mérinos, qu'on devait à la générosité de M. Mac-Arthur de Sidney et qu'on espérait acclimater en France, furent débarqués, ainsi que les bestiaux, encore vivants.
Des tentes furent dressées, en premier lieu pour les quelques malades du bord, puis pour les officiers et pour l'équipage. Les vivres, les munitions, extraits du bâtiment, furent mis avec soin à l'abri des intempéries de la saison. On réserva les liqueurs fortes pour l'époque où l'on quitterait le lieu du naufrage, et, pendant les trois mois que les Français durent rester en cet endroit, il n'y eut pas un seul vol de rhum ou d'eau-de-vie à constater, bien que tout le monde fût réduit à l'eau pure.