Par ce dernier acte, Freycinet devenait, pour le compte de la marine française, propriétaire du Mercury, moyennant la somme stipulée au premier contrat.

Le 8 mai, on arrivait devant Montevideo, où Freycinet prit le commandement du navire, auquel il donna le nom de la Physicienne. On profita de cette relâche pour procéder à l'armement, à l'arrimage, à la révision du gréement, à l'embarquement de l'eau et des provisions nécessaires pour gagner Rio-de-Janeiro, que la Physicienne n'atteignit pas sans avoir éprouvé des avaries assez importantes.

La Physicienne avait l'air si peu belliqueux, que, malgré la flamme de bâtiment de guerre qui flottait en tête du grand mât, les douaniers y furent trompés et voulurent la visiter comme un navire de commerce.

Des réparations très sérieuses étaient indispensables. Elles forcèrent Freycinet à rester à Rio jusqu'au 18 septembre. Il prit alors définitivement la route de France, et mouilla, le 13 novembre 1820, au Havre, après une navigation de trois ans et deux mois, pendant laquelle il avait parcouru 18,802 lieues marines ou 23,577 lieues moyennes de France.

Quelques jours plus tard, Freycinet rentrait à Paris assez gravement malade, et remettait au secrétariat de l'Académie des Sciences les manuscrits scientifiques du voyage, qui ne formaient pas moins de trente et un volumes in-4o. En même temps, les naturalistes de l'expédition, Quoy, Gaimard et Gaudichaud déposaient les échantillons qu'ils avaient réunis. On y comptait quatre espèces nouvelles de mammifères, quarante-cinq de poissons, trente de reptiles, des mollusques, des annélides, des polypes, etc., etc.

Traduit, suivant les lois militaires, devant un conseil de guerre, pour y répondre de la perte de son bâtiment, Freycinet fut non seulement acquitté à l'unanimité, mais encore chaudement félicité pour son énergie, sa capacité et les mesures habiles et vigilantes qu'il avait prises dans cette triste circonstance. Reçu quelque temps après par le roi Louis XVIII, celui-ci le reconduisit en lui disant: «Vous êtes entré ici capitaine de frégate, vous en sortirez capitaine de vaisseau. Ne m'en remerciez pas et dites-moi seulement ce que Jean Bart répondit à Louis XIV: «Sire, vous avez bien fait!»

Depuis ce moment, Freycinet consacra tout son temps à la publication des résultats de son expédition. Le peu que nous en avons dit fait comprendre qu'ils étaient immenses. Mais, consciencieux à l'excès, l'explorateur ne voulait rien laisser paraître qui ne fût parfait, et il tenait à mettre ses travaux à la hauteur des connaissances acquises. On peut juger combien de temps il dut dépenser à classer les nombreux matériaux qu'il avait rapportés. Aussi, lorsque la mort vint le surprendre, le 18 août 1842, il n'avait pas encore mis la dernière main à l'une des parties les plus curieuses et des plus neuves de son travail, celle qui était relative aux langues de l'Océanie et à celle des Mariannes en particulier.

A la fin de l'année 1821, le ministre de la marine, le marquis de Clermont-Tonnerre, recevait un nouveau plan de voyage que lui présentaient deux jeunes officiers, MM. Duperrey et Dumont d'Urville. Le premier était à peine rentré en France depuis un an; second de Freycinet sur l'Uranie, il avait, par ses connaissances scientifiques et hydrographiques, rendu des services importants à l'expédition. Le second, collaborateur du capitaine Gauttier, s'était fait remarquer pendant les campagne hydrographiques que ce dernier venait de terminer dans la Méditerranée et la mer Noire. Il avait le goût de la botanique et des arts, et il avait été l'un des premiers à signaler la valeur artistique de la Vénus de Milo, que l'on venait de découvrir.

Les objectifs que ces jeunes savants se proposaient étaient l'étude des trois règnes de la nature, le magnétisme, la météorologie et la détermination de la figure de la Terre.

«Quant à la géographie, dit Duperrey, nous nous proposions de constater ou de rectifier, soit par des observations directes, soit par le transport du temps, la position d'un grand nombre de points dans différentes parties du globe, notamment dans les nombreux archipels du Grand Océan, si féconds en naufrages et si remarquables par la nature et la forme des îles basses, des bancs et des récifs qui les composent; de tracer de nouvelles routes dans l'archipel Dangereux et dans les îles de la Société, à côté des routes de Quiros, de Wallis, de Bougainville et de Cook; de lier nos travaux hydrographiques à ceux des voyages de d'Entrecasteaux et de M. de Freycinet dans la Polynésie, à la Nouvelle-Hollande et dans les îles Moluques, et de visiter particulièrement ces îles Carolines, découvertes par Magellan, sur lesquelles, à l'exception de la partie orientale, examinée de nos jours par le capitaine Kotzebue, nous n'avions que des descriptions bien vagues, transmises par les missionnaires d'après le récit de quelques sauvages égarés dans leurs pirogues et jetés par le vent sur les îles Mariannes. Le langage, le caractère, les mœurs et la physionomie des insulaires devaient être aussi l'objet d'observations particulières et non moins curieuses.»