Chaque jour, les embarcations du bord fouillaient les criques, au fond desquelles les courants auraient pu jeter quelques débris. Lorsque les marins débarquaient, ils étaient bien armés, car il ne s'agissait pas ici de recherches pareilles à celles qui furent faites pour l'amiral Franklin, c'est-à-dire sur les terres désertes des contrées arctiques, les îles étaient habitées pour la plupart, et la tâche du capitaine Ellis consistait surtout à manoeuvrer comme fit d'Entrecasteaux, lorsqu'il fouilla les attolons où l'on pensait qu'avait dû se perdre Lapérouse. Ce qui importait, c'était de se mettre en rapport avec les indigènes. L'équipage du Dolly-Hope fut souvent accueilli par des démonstrations hostiles chez certaines de ces peuplades, qui ne sont rien moins qu'hospitalières aux étrangers. Des agressions se produisirent, et il fallut les repousser par la force. Deux ou trois matelots reçurent même des blessures, lesquelles, heureusement, n'eurent pas de suites fâcheuses.
Ce fut de cet archipel des Carolines que les premières lettres du capitaine Ellis purent être adressées à Mrs. Branican par des navires qui faisaient route vers le littoral américain. Mais elles ne contenaient rien de relatif aux traces du Franklin ou des naufragés. Les tentatives, n'ayant pas abouti dans les Carolines, allaient être reprises à l'ouest, en englobant le vaste système de la Malaisie. Là, en réalité, il y avait des chances plus sérieuses de retrouver les survivants de la catastrophe, peut-être sur l'un de ces nombreux îlots dont les travaux hydrographiques révèlent encore l'existence, même après les trois reconnaissances qui ont été faites dans cette partie de l'océan Pacifique.
Sept cents milles plus à l'ouest des Carolines, à la date du 2 décembre, le Dolly-Hope atteignit l'une des grandes îles des Philippines, le plus important des archipels malais, le plus considérable aussi de ceux dont les géographes ont relevé la position dans l'hydrographie malaisienne et même sur toute la surface de l'Océanie. Ce groupe, découvert par Magellan en 1521, s'étend du cinquième degré au vingt et unième degré de latitude septentrionale, et du cent quatorzième degré au cent vingt- troisième degré de longitude orientale.
Le Dolly-Hope ne vint point relâcher à la grande île de Luçon, aussi nommée Manille. Comment admettre que le Franklin se fût élevé si haut dans les mers de Chine, puisqu'il faisait route vers Singapore. C'est pour cette raison que le capitaine Ellis préféra établir son centre d'investigations à l'île Mindanao, au sud dudit archipel, c'est-à-dire sur l'itinéraire même qu'avait certainement suivi John Branican pour atteindre la mer de Java.
À cette date, le Dolly-Hope était mouillé sur la côte sud-ouest, dans le port de Zamboanga, résidence du gouverneur duquel dépendent les trois alcadies de l'île.
Mindanao comprend deux parties, l'une espagnole, l'autre indépendante sous la domination d'un soulthan, qui a fait de Sélangan sa capitale.
Il était indiqué que le capitaine Ellis prît ses premières informations près du gouverneur et des alcades à propos d'un naufrage dont le littoral de Mindanao aurait pu être le théâtre. Les autorités se mirent très obligeamment à sa disposition. Mais, dans la région espagnole de Mindanao, tout au moins, aucun sinistre maritime n'avait été signalé depuis cinq ans.
Il est vrai, sur les côtes de la partie indépendante de l'île, où habitent les Mindanais, les Caragos, les Loutas, les Soubanis, et aussi diverses peuplades sauvages très justement suspectées de cannibalisme, que de désastres peuvent se produire, sans qu'on en ait jamais connaissance, ces populations ayant intérêt à ne point les ébruiter! Il se rencontre même nombre de ces Malais, qui font couramment le métier de corsaires. Avec leurs légers navires, armés de fauconneaux, ils donnent la chasse aux bâtiments de commerce que les vents d'ouest poussent sur leur littoral, et, lorsqu'ils s'en emparent, c'est pour les détruire. Que pareil sort eût été réservé au Franklin, certainement le gouverneur n'en aurait pas été informé. Les seuls renseignements qu'il put donner relativement à la portion de l'île soumise à son autorité furent donc jugés insuffisants.
Aussi le Dolly-Hope dut-il braver ces mers si dures pendant la saison d'hiver. Maintes fois, on opéra des débarquements sur plusieurs points de la côte, et les matelots s'aventurèrent sous ces admirables forêts de tamarins, de bambous, de palétuviers, d'ébéniers noirs, d'acajous sauvages, de bois de fer, de mangliers qui sont une des richesses des Philippines. Au milieu des fertiles campagnes où s'entremêlent les produits des zones tempérées et des zones tropicales, le capitaine Ellis et ses hommes visitèrent certains villages dans l'espoir d'y recueillir quelques indices, débris de naufrage, prisonniers retenus par les tribus malaisiennes; mais leurs opérations furent infructueuses, et le steamer fut contraint de revenir à Zamboanga, très fatigué par le mauvais temps, et n'ayant échappé que par miracle aux récifs sous- marins de ces parages.
L'exploration de l'archipel des Philippines ne dura pas moins de deux mois et demi; il avait fallu s'attarder à plus de cent îles, dont les principales, après Luçon et Mindanao, sont Mindoro, Leyte, Samar, Panay, Négros, Zebou, Masbate, Palawan, Catandouanès, etc.