Les mikados, qui se succédèrent à l’époque de la fondation du syaugounat avaient tous été élevés à la dignité impériale alors qu’ils étaient encore en bas âge, de sorte que l’autorité souveraine passait tour à tour dans les mains de tous les courtisans qui cherchaient à profiter de la situation pour donner libre cours à leurs menées égoïstes et ambitieuses. Roku-deô, proclamé empereur à deux ans (1166), fut déposé deux ans après (1167) par son grand-père Sirakava II;—Taka-kura monta sur le trône à l’âge de huit ans (1169); son successeur An-toku, à l’âge de trois ans (1181); les empereurs suivants, Toba II (1184) et Tuti-mikado (1199), l’un et l’autre, à l’âge de quatre ans.

Les descendants de Yoritomo ne se montrèrent pas à la hauteur de la mission que leur avait léguée le chef de la dynastie syaugounale; bientôt les fonctions de régent, devenues en quelque sorte héréditaires dans la famille des Hô-deô, qui étaient maîtres d’élire ou de déposer les syaugouns, vint placer ces derniers dans une condition de dépendance occulte, analogue à celle qui avait été faite aux représentants nominaux de l’autorité impériale.

C’est durant cette période qu’eut lieu la première tentative des Mongols de placer le Japon sous leur suzeraineté. Leur souverain, le fameux Koubilaï-khan, envoya dans ce but plusieurs ambassades au Nippon, avec des lettres par lesquelles il réclamait le tribut; mais, comme ces lettres étaient conçues dans des termes hautains et insolents, il ne leur fut pas fait de réponse. Pour donner une sanction à ses menaces, il envoya, en 1274, sur neuf cents vaisseaux, une armée de 33,000 hommes, dont 25,000 Mongols et 8,000 Coréens. Cette armée débarqua à l’île d’Iki, où eut lieu un grand combat naval, dans lequel l’un des deux généraux qui la commandaient fut tué d’un coup de flèche. Les Mongols songèrent alors à se retirer, mais leur flotte fut en partie détruite par un de ces typhons si fréquents dans les mers de l’extrême Orient. Le général des Coréens fut noyé, et treize mille hommes environ purent seuls regagner la Chine.

L’année suivante (1275) Koubilaï envoya une nouvelle ambassade à Kama-koura, avec la mission de réclamer de nouveau le tribut. Le régent Toki-mune, pour toute réponse, fit trancher la tête au chef de la mission et l’exposa aux regards du peuple. Quelques années après (1281), l’empereur des Mongols ou Youen leva une nouvelle armée de 180,000 hommes qui atteignit le Japon en vingt-quatre jours. Cette armée possédait des catapultes et autres engins inusités jusqu’alors, que le célèbre voyageur Marco Polo venait de faire connaître aux Tartares, à la cour desquels il avait été accueilli. Cet armement nouveau et le nombre considérable des soldats qui avaient été réunis pour cette circonstance, eussent probablement triomphé du courage dont les Japonais firent preuve en présence de cette invasion, si la mer des typhons ne leur avait encore une fois prêté le secours du vent et des flots. L’expédition tout entière fut submergée, à l’exception de 3,000 combattants qui, faits prisonniers par les insulaires, furent immédiatement mis à mort, et de trois individus auxquels on fit grâce, pour qu’ils pussent aller porter en Chine la nouvelle du désastre.

En 1334, Dai-go II, élevé pour la seconde fois sur le trône, s’efforça de ressaisir la puissance impériale qui s’était échappée des mains de ses prédécesseurs. Pour être agréable à son épouse, il commit l’imprudence d’accorder des titres et des fonctions nouvelles à Taka-udi. Celui-ci en profita pour s’assurer l’appui de l’armée et ne tarda pas à se proclamer lui-même grand syaugoun. Deux ans plus tard, il élevait au trône de Myako un nouvel empereur du nom de Kwan-myau, tandis que Daï-go II, qui était parvenu à s’échapper secrètement, allait s’établir à Yosino. L’empire japonais se trouva ainsi morcellé en deux cours: celle du nord ou hoku-tyau et celle du sud ou nan-tyau. De la sorte, deux mikados régnèrent simultanément sur cet empire pendant une période de cinquante-six ans (de 1336 à 1392). La réconciliation des deux empereurs ne profita qu’à un certain Asi-kaga qui réussit, au milieu de la confusion générale où se trouvait le pays, à s’assurer pour lui-même la puissance héréditaire du syaugounat, laquelle demeura dans sa famille jusqu’en 1573.

Cette nouvelle période nous présente le tableau des guerres intestines les plus effroyables, auxquelles semblent vouloir participer de la façon la plus confuse et la plus capricieuse, tous les daïmyaux ou princes feudataires de l’empire. Pendant ces guerres de tous les instants, non-seulement la majesté impériale n’est plus respectée, mais les syaugouns, eux aussi, ne parviennent souvent point à maintenir leur autorité. D’un bout à l’autre de l’archipel, le sang coule pour la satisfaction de petits intérêts personnels: ce ne sont qu’intrigues, vengeances, fourberies; le désordre, partout, est porté à ses dernières limites.

C’est également durant cette période que les Portugais abordèrent pour la première fois au Japon (1551), où ils introduisent la prédication du Christianisme.

Un daïmyau nommé Nobu-naga apparaît au milieu du XVIe siècle; et, après s’être ménagé de puissantes alliances, s’engage au service des Asikaga, avec lesquels il finit par se mettre ouvertement en voie de rébellion (1573). La même année, il marche à la tête d’une armée contre les troupes du syaugoun Yositoki. Celui-ci, ne se trouvant pas en état de résister, se constitue prisonnier; et, après avoir renoncé au syaugounat, se fait raser la tête. Ses principaux partisans sont mis à mort par ordre du vainqueur.

Sur ces entrefaites, un homme de basse extraction, que le hasard a fait bet-tau (palefrenier) de Nobounaga, parvient à gagner la confiance de son maître qui finit par l’élever au rang de général de ses troupes. Cet homme, appelé Hide-yosi, mais qui est plus généralement connu sous son nom posthume de Tai-kau sama, n’hésita pas, après la mort de Nobounaga, à supplanter les fils de son bienfaiteur, et, après les avoir réduits à l’impuissance et l’un d’eux à s’ouvrir le ventre, à prendre en mains les rênes du pouvoir. Devenu tout puissant dans l’empire, il fut élevé par le mikado à la dignité de Kwan-baku, dignité qui ne fut jamais accordée à un autre syaugoun, et qui jusqu’alors avait été exclusivement conférée à la famille princière des Fudivara. Il reçut en même temps de l’empereur le nom de Toyo-tomi.

Hidéyosi, sentant sa fin prochaine, et voulant assurer sa succession à son fils Hide-yori, fiança cet enfant en bas âge avec la petite fille de Iyéyasou, l’un des princes les plus puissants de l’empire, et lui fit signer de son sang la promesse qu’aussitôt que Hidéyori aurait atteint sa treizième année, il le ferait reconnaître syaugoun par le mikado. Mais bientôt Iyéyasou, qui aspirait à l’autorité souveraine, trouva un prétexte pour se brouiller avec le fils de Taïkau. Il assiégea le jeune prince dans son château d’Ohosaka et le fit périr dans l’incendie qu’il y alluma.