Savigny fait une collection des insectes du désert et de la Syrie.
Beauchamp et Nouet dressent un almanach contenant cinq calendriers, celui de la république française et ceux des Églises romaine, grecque, cophte et musulmane.
Costaz rédige un journal; Fourrier, secrétaire de l'Institut, est commissaire près le divan.
Berthollet et Monge sont à la tête de tous ces travaux, de toutes ces entreprises; on les retrouve partout où il se forme des établissemens utiles, où il se fait des découvertes importantes.
Tandis qu'on fait les préparatifs de l'expédition de Syrie, Bonaparte s'associe aux travaux des savans, et assiste exactement aux séances de l'Institut, où chacun d'eux rend compte de ses opérations. Il veut aller visiter lui-même l'isthme de Suez, et résoudre l'un des problèmes les plus importans et les plus obscurs de l'histoire; il se disposait à cet intéressant voyage, lorsqu'un événement fâcheux et inattendu le força d'ajourner ses projets.
La plus grande tranquillité n'avait cessé de régner dans la ville du Caire; les notables de toutes les provinces délibéraient avec calme, et d'après les propositions des commissaires français Monge et Berthollet, sur l'organisation définitive des divans, sur les lois civiles et criminelles, sur l'établissement et la répartition des impôts, et sur divers objets d'administration et de police générale. Tout à coup des indices d'une sédition prochaine se manifestent. Le 30 vendémiaire, à la pointe du jour, des rassemblemens se forment dans divers quartiers de la ville, et surtout à la grande mosquée. Le général Dupuy, commandant la place, s'avance à la tête d'une faible escorte pour les dissiper; il est assassiné, avec plusieurs officiers et quelques dragons, au milieu de l'un de ces attroupemens. La sédition devient aussitôt générale; tous les Français que les révoltés rencontrent sont égorgés; les Arabes se montrent aux portes de la ville.
La générale est battue; les Français s'arment et se forment en colonnes mobiles; ils marchent contre les rebelles avec plusieurs pièces de canon. Ceux-ci se retranchent dans leurs mosquées, d'où ils font un feu violent. Les mosquées sont aussitôt enfoncées; un combat terrible s'engage entre les assiégeans et les assiégés; l'indignation et la vengeance doublent la force et l'intrépidité des Français. Des batteries placées sur différentes hauteurs, et le canon de la citadelle, tirent sur la ville; le quartier des rebelles et de la grande mosquée sont incendiés.
Les chérifs et les principaux du Caire viennent enfin implorer la générosité des vainqueurs et la clémence de Bonaparte; un pardon général est aussitôt accordé à la ville, et le 2 brumaire l'ordre est entièrement rétabli. Mais, pour prévenir dans la suite de pareils excès, la place est mise dans un tel état de défense, qu'un seul bataillon suffit pour la mettre à l'abri des mouvemens séditieux d'une population nombreuse. Des mesures sont prises aussi pour la garantir à l'extérieur contre toute entreprise de la part des Arabes.
Bonaparte, après avoir imprimé à tout le pays la terreur de ses armes, continue de suivre ses plans d'administration intérieure, sans oublier ce qu'il doit à l'intérêt des sciences, du commerce et des arts.
Le général Bon reçoit ordre de traverser le désert à la tête de quinze cents hommes, et avec deux pièces de canon, et de marcher vers Suez, où il entre le 17 brumaire.