Bonaparte, accompagné d'une partie de son état-major, des membres de l'Institut, Monge, Berthollet, Costaz, de Bourrienne, et d'un corps de cavalerie, part lui-même du Caire le 4 nivôse, et va camper à Birket-êl-Hadj, ou lac des Pèlerins; le 5, il bivouaque à dix lieues dans le désert; le 6, il arrive à Suez; le 7, il reconnaît la côte et la ville, et ordonne les ouvrages et les fortifications qu'il juge nécessaires à sa défense.
Le 8, il passe la mer Rouge près de Suez, à un gué qui n'est praticable qu'à la marée basse. Il se rend aux Fontaines de Moïse, situées en Asie, à trois lieues et demie de Suez. Cinq sources forment ces fontaines qui s'échappent en bouillonnant du sommet de petits monticules de sable; l'eau en est douce et un peu saumâtre. On y trouve les vestiges d'un petit aqueduc moderne qui conduisait cette eau à des citernes creusées sur le bord de la mer, dont les fontaines sont éloignées de trois quarts de lieue.
Bonaparte retourne le soir même à Suez; mais la mer étant haute, il est forcé de remonter la pointe de la mer Rouge. Le guide le perd dans les marais, et il ne parvient à en sortir qu'avec la plus grande peine, ayant de l'eau jusqu'à la ceinture.
Les magasins de Suez indiquent assez que cette ville a été l'entrepôt d'un commerce considérable; les barques seules peuvent maintenant arriver au port; mais des frégates peuvent mouiller auprès d'une pointe de sable qui s'avance à une demi-lieue dans la mer. Cette pointe est découverte à la marée basse, et il serait possible d'y construire une batterie qui protégerait le mouillage et défendrait la rade.
Bonaparte encourage le commerce par plusieurs établissemens utiles; il le rassure contre les exactions auxquelles le livraient et les mameloucks et les pachas. Une nouvelle douane, dont les droits sont moins forts que ceux de l'ancienne, remplace celle qui existait avant son arrivée. Il prend des mesures pour assurer et garantir le transport de Suez au Caire et à Belbéis; enfin ses dispositions sont telles, qu'elles doivent dans peu de temps rendre à Suez son antique splendeur.
Quatre bâtimens de Djedda arrivent dans cette ville pendant le séjour qu'y fait Bonaparte. Les Arabes de Tor viennent aussi demander l'amitié des Français. Bonaparte quitte Suez le 10 nivôse, côtoyant la mer Rouge au nord. À deux lieues et demie de cette ville, il trouve les restes de l'entrée du canal de Suez; il le suit pendant quatre lieues. Le même jour, il couche au fort d'Adgeroud; le 11, à dix lieues dans le désert; et le 12 à Belbéis. Le 14, il se porte dans l'oasis d'Houareb, où il retrouve les vestiges du canal de Suez, à son entrée sur les terres cultivées et arrosées de l'Égypte.
Il le suit l'espace de plusieurs lieues, et, satisfait de cette double reconnaissance, il donne ordre au citoyen Peyre, ingénieur, de se rendre à Suez, et d'en partir avec une escorte suffisante pour lever géométriquement et niveler tout le cours du canal, opération qui va résoudre enfin le problème de l'existence d'un des plus grands et des plus importans travaux du monde. De retour à Suez, Bonaparte apprend que Djezzar, pacha de Syrie, s'était emparé du fort de El-A'rych, qui défendait les frontières de l'Égypte. Ce fort, situé à deux journées de Cathié, et à dix lieues dans le désert, était même occupé par l'avant-garde du pacha. Ces mouvemens hostiles ne laissaient aucun doute sur les intentions de Djezzar et de la Porte, qui venait de déclarer la guerre à la France.
Certain d'une attaque, il ne restait plus à Bonaparte d'autre parti à prendre que celui de déconcerter les plans de ses nouveaux ennemis en les prévenant. Il quitte Suez sur-le-champ pour se rendre au Caire. Il passe par Salêhiëh, où se trouvaient les troupes destinées à former l'avant-garde de l'expédition de Syrie: il met cette avant-garde en mouvement, et continue sa route vers le Caire, marchant jour et nuit. Aussitôt qu'il y est rendu, il réunit l'armée qui doit le suivre.
Elle est composée de la division du général Kléber, qui a sous ses ordres les généraux Verdier et Junot, d'une partie des deux demi-brigades d'infanterie légère, et des 25e et 75e de ligne;
De la division du général Regnier, ayant sous ses ordres le général Lagrange, la 9e et la 95e demi-brigade de ligne;