En même temps, François Foucquet servait utilement les intérêts de Nicolas en portant la parole, au nom du gouvernement, dans l'Assemblée du clergé (mars 1656).
Quant à Louis, trop jeune encore pour être sacré (il était né en 1633 et avait par conséquent 23 ans en 1656), il continua à résider à Rome, où il remplissait une mission confidentielle «occupant ses loisirs à visiter les ateliers des peintres et des sculpteurs, les collections qui constituaient les musées de ce temps, et s'il découvrait quelque pièce intéressante, il la signalait au surintendant.»
Le nouvel évêque ne fut même promu aux ordres que le 2 février 1659, par François de Harlay, archevêque de Rouen, depuis archevêque de Paris. Il reçut également de ses mains la consécration épiscopale, le 2 mars suivant, dans l'église Saint-Louis, à Paris, en présence du nonce, des évêques d'Evreux et de Césarée, du prince et de la princesse de Conti.[5]
Cette cérémonie coïncida avec l'intronisation de François Foucquet, comme archevêque de Narbonne. Claude de Rebé étant mort précisément à cette époque, il prêta serment au roi le 26 mars et fit son entrée solennelle le 2 mai. On sait que ce siège était un des plus considérables de l'ancienne France. L'archevêque prenait les titres de primat des Gaules, duc de Narbonne et président-né des états de Languedoc.[6] C'est en cette qualité qu'il accepta la dédicace de l'Histoire des ducs de Narbonne que lui offrit Guillaume Besse, en 1660. À la même époque, il tint le synode de son nouveau diocèse, qui fut alors visité deux fois par Louis XIV, le 8 et le 13 avril 1660, durant son voyage en Provence[7]. Au mois d'août de l'année suivante, il présida l'Assemblée du Clergé et harangua le roi aux applaudissements de toute la cour.
Un avenir glorieux semblait donc s'ouvrir devant lui, lorsque survint le coup de théâtre du 6 septembre 1661, l'arrestation du surintendant dans la ville de Nantes. Se trouvant alors à Paris, il dut assister à l'apposition des scellés sur les papiers et les meubles de son frère. Mais comme on pouvait redouter son influence, on eut soin de l'éloigner avant même la fin de cette opération. Peut-être fut-il alors transféré dans le Bourbonnais, où Mme Foucquet la mère obtint la permission de se retirer avec une partie de sa famille. On possède une lettre de l'archevêque de Narbonne à Séguier, datée de Montluçon, le 17 décembre 1666, relative à un refus de communication d'un arrêt du Conseil le concernant. D'autre part, une lettre de l'évêque de Sées à Colbert, du 13 septembre de la même année, annonce l'arrivée de l'archevêque à Alençon. S'il n'y a pas erreur dans les dates, ces deux lettres présentent une contradiction qu'il est difficile d'expliquer.
Les motifs qui purent déterminer Colbert à imposer Alençon comme résidence à François Foucquet nous sont inconnus. Au commencement de 1666, un vieil intendant, Favier du Boulay, qui depuis 1643 administrait la généralité, avait été remplacé à Alençon par M. de Marle, homme très actif, qui a laissé dans ce pays deux grands travaux: la Recherche de la noblesse et la Réforme des eaux et forêts. Il céda ce poste, à la fin de 1671, à Michel Colbert qui l'occupa pendant cinq ans, mais qui paraît avoir été d'un caractère infiniment plus rude que ses prédécesseurs. Élie Benoît, dans son Histoire de l'édit de Nantes, l'a peint des couleurs les plus odieuses. «Homme né pour mal faire à tout le monde et qui avait pour cela beaucoup de dons et de génie, mais qui en toute autre chose tenait plus de la bête brute que de l'animal raisonnable.» Quoique ce portrait soit évidemment outré, il est heureux pour François Foucquet de n'avoir connu ce rude et tout puissant fonctionnaire que dans les derniers temps de son séjour à Alençon.
À côté de l'intendant figurait le bailli, gouverneur de la ville et du château d'Alençon. Cette double charge judiciaire et militaire, réunie alors dans les mêmes mains, fut possédée successivement, de 1654 à 1678, par deux membres de la famille d'Argouges dont le second, Nicolas d'Argouges, marquis de Rânes, donna à l'archevêque des marques particulières de bienveillance. Au-dessous du bailli se plaçait le lieutenant général au bailliage et siège présidial d'Alençon, Jacques de Boullemer, sieur de Larré, dont la famille a occupé ce poste de 1637 à 1773, et que l'on peut compter également au nombre des amis de l'archevêque.
À la tête du diocèse de Sées, dont Alençon fait partie, était François Rouxel de Médavy de Grancey, brouillé à mort avec son ancien théologal, Jean Le Noir, à propos d'une autorisation donnée par l'évêque à des comédiens de dresser un théâtre en face de la cathédrale, et à la suite de l'enlèvement de Mlle Le Conte de Nonant par un Grancey, contre lequel le théologal avait cru devoir fulminer. Celui-ci, janséniste outré, va jusqu'à dire, dans les libelles diffamatoires qu'il fit pleuvoir contre M. de Médavy, que cet évêque ne savait même pas le catéchisme, ce qui ne l'empêcha pas d'être promu, en 1670, au siège de Langres, et peu après, en 1671, à l'archevêché de Rouen. Il faut ajouter qu'on lui doit la fondation d'un séminaire à Falaise pour les clercs du diocèse de Sées. Son successeur sur ce siège, Jean Forcoal, d'une famille originaire des Cévennes, qui avait abjuré le calvinisme, ne fut sacré que le 24 août 1672 et prit possession le 13 mars 1673. L'archevêque de Narbonne eut donc à peine le temps de le connaître.
L'arrivée de cet illustre exilé dans le diocèse de Sées paraît avoir été pour M. de Médavy un véritable embarras. Le 13 septembre 1666, il en référa à Colbert pour savoir de lui la conduits qu'il avait à tenir vis-à-vis de l'archevêque. Voici cette lettre dont le ton fait vraiment peu d'honneur à la dignité épiscopale:
«Monsieur, je viens d'apprendre que l'équipage de l'archevêque de Narbonne est arrivé à Alençon, où il doit être dans peu de jours. Il y a quelques civilités à rendre par un diocésain à son caractère; mais comme je sais que tout le monde est persuadé que le plus ou le moins de ce qui lui sera rendu de ma part sera mesuré sur ce que j'aurai cru devoir vous plaire, je vous supplie très humblement, Monsieur, de trouver bon que Madame de Colbert en dise un mot à la maréchale de Grancey qui s'en retourne à Paris, s'il est à propos que j'en sois informé.