Il reste enfin à parler du plus célèbre des hôtes de San Marco, de celui dont le nom a marqué dans l'histoire de son pays, de celui dont la pensée grave et austère tenta la réforme morale et religieuse d'une époque déjà dissolue: de Jérôme Savonarole. A la fin du XVe siècle les regrets causés par l'affaiblissement de la foi et la perte de la liberté, les écarts des lettres et les périls de l'indépendance nationale provoquèrent à Florence une violente réaction politique et religieuse dont l'apôtre fut Jérôme Savonarole, un moine mystique doublé d'un tribun.
Cet homme sut, dans la païenne Florence d'alors, amener une révolution complète, il sut établir une république théocratique animée du souffle divin et fonder sur la puissance populaire la réforme des mœurs et le mépris des arts. Il tomba, sous le persiflage des libertins de la Renaissance, sous les attaques de l'aristocratie, sous les foudres de la papauté et sous ses propres excès, mais en laissant le souvenir pur d'un apôtre, d'un prophète et d'un martyr.
Jérôme Savonarole naquit à Ferrare en 1452, et une vocation irrésistible l'ayant entraîné vers les ordres, il entra en 1475 chez les dominicains de Florence, à l'âge de vingt-trois ans.
Il fut d'abord destiné à la prédication où, malgré sa foi ardente, son élocution difficile l'empêcha de réussir. Mais, loin de se décourager, il revint à l'étude de la Bible et, pendant quatre années, se voua au travail, au silence et à la solitude. Aussi, quand il quitta, pour rentrer à Florence, le sévère couvent de la Lombardie où il s'était retiré, se considérait-il comme élu par Dieu pour ramener l'Italie à la foi et aux bonnes mœurs par ses menaces et ses avertissements. Il la regarda désormais comme les prophètes regardaient la Judée, ne voyant plus dans son peuple qu'une nation de prédilection, que Dieu, selon les circonstances, soutenait ou châtiait impitoyablement.
Ainsi préparé et se croyant marqué du sceau divin, il recommença ses prédications (1490) et avec des figures et des citations bibliques flagella ses contemporains et les menaça, dans un langage violent et âpre, d'un redoublement de la colère céleste. La foule dès lors se pressa autour de lui et il dut abandonner la salle du chapitre de San Marco où il prêchait sous la fresque de l'Angelico, pour le jardin du cloître et ensuite pour l'église San Marco. La ville tout entière fut alors suspendue aux lèvres du moine dont la parole terrible menaçait l'Italie des «fléaux de Dieu: la conquête, la servitude et la ruine» si elle ne se réformait pas dans les mœurs et dans «le siècle».
La popularité de Savonarole lui valut la dignité de prieur et Laurent le Magnifique, que sa parole inspirée commençait à effrayer, put espérer que cette élévation tempérerait l'ardeur du moine. Mais cet espoir devait être déçu, car, loin de modérer sa fougue, Savonarole menaça de plus belle Laurent et Florence des pires châtiments. L'événement devait lui donner raison, et l'entrée des Français à Milan allait bientôt faire du dominicain une terrible puissance politique et religieuse avec laquelle il faudrait compter.
Pierre de Médicis, le successeur de Laurent, exila Savonarole et lui interdit l'usage d'une parole qui semblait complice de l'invasion; mais bientôt, Pierre ayant été chassé lui-même, les Florentins rappelaient leur prédicateur et l'envoyaient en ambassade auprès du conquérant dont il avait prédit la venue. Si toute son éloquence fut impuissante à empêcher Charles VIII d'entrer à Florence, il obtint du moins l'immunité pour elle et pour ses habitants et, une fois Charles et les Français partis, Savonarole resta le maître de la situation. Mis dans la nécessité d'organiser un gouvernement, il dut se prononcer sur la meilleure forme à donner à la République et décréta une constitution dont les principes étaient la crainte de Dieu, l'intérêt général primant l'intérêt particulier, l'oubli de toutes les anciennes haines, le pardon des offenses, la remise de toutes les dettes contractées envers l'État, l'amnistie pour tous les délits commis pendant les luttes des factions.
En donnant force de loi à cette paix universelle, Savonarole coupait court à toute recherche du passé, détournait toutes les vengeances, et par cela seul les œuvres de cet homme furent d'abord excellentes. Mais à cette constitution politique devait toujours manquer le rouage essentiel, celui d'une volonté motrice unique. Cette volonté, Savonarole la considérait comme une émanation divine, c'était décréter la politique de prophétie et l'illuminisme en permanence. Cependant, à voir les prompts résultats de son système, on put croire au couronnement de son œuvre; en effet, une transformation radicale s'était opérée dans Florence où l'on n'entendait plus que des chants religieux, où les femmes se dépouillaient de leurs parures, où les hommes ne marchaient plus que la Bible en main et où les artistes abandonnaient les sujets profanes et leurs chères études sur l'anatomie et sur l'antiquité pour se soustraire aux tentations de la chair. Dominé par cette obsession, Fra Bartolommeo se fait moine, Botticelli brise ses pinceaux, Marsile Ficin et Ange Politien se détournent des lettres profanes et deviennent les amis et les disciples du moine, Machiavel passe de l'étude de Tite-Live à celle du Deutéronome et enfin Michel-Ange, pénétré de l'esprit même de Savonarole, se voue presque exclusivement à la peinture et à la sculpture religieuses dans leurs interprétations les plus désolées et les plus farouches.
La situation de Savonarole devenait pourtant de jour en jour plus périlleuse, car l'illuminisme, si dangereux déjà dans la direction des âmes, est un écueil insurmontable dans le gouvernement des intérêts, et le moine avait beau dire: «Je ne me mêle pas des affaires de l'État», le peuple florentin, dont il était devenu le prophète et le juge, exigeait de lui secours efficace, aide et protection. Ce n'était pas assez pour satisfaire Florence, qu'au moment de la seconde campagne d'Italie, Savonarole eût obtenu le départ de Charles VIII; elle avait espéré de lui, qu'outre la liberté reconquise, il lui ferait reprendre les villes révoltées contre son autorité, auxquelles le passage des Français avait rendu l'indépendance. Aussi les Florentins murmuraient contre Savonarole et lui faisaient un grief de ce que la République épuisât en pure perte ses condottieri et son argent, comme ils le rendaient aussi responsable de la disette qui sévissait cruellement.
Si les partisans du prophète et de son gouvernement se refroidissaient eux-mêmes, des ennemis autrement redoutables allaient encore surgir contre lui. En effet, Savonarole n'avait pas craint d'attaquer avec la dernière violence le clergé, les moines et jusqu'à la papauté, invitant l'Église à quitter les biens du siècle pour la pauvreté, l'austérité et la prière. Il y avait là de quoi éveiller les craintes d'un pape tel qu'Alexandre VI Borgia, et, en juillet 1495, il mettait l'interdit sur Savonarole et lui ordonnait de comparaître devant lui. Le dominicain ne tint aucun compte de ces injonctions et continua de plus belle ses prédications, arguant que l'indignité du chef de l'Église déliait de toute obéissance à son égard. Après deux ans de tergiversations, Alexandre se décida à fulminer et lança ses foudres contre Savonarole, le frappant d'excommunication majeure, comme coupable de désobéissance et suspect d'hérésie.