Les Florentins se trouvaient ainsi placés entre leur foi catholique et leur amour pour le dominicain, si bien qu'une moitié de la ville était retournée contre l'autre.
Cette situation était encore compliquée par les incitations haineuses que Pierre de Médicis ne cessait d'adresser au pape contre Florence, de sorte que la Seigneurie, effrayée de la double perspective d'un schisme et d'une guerre également possibles, se résolut à interdire la parole à Savonarole et à lui enjoindre de s'enfermer dans son couvent.
Celui-ci ne devait pas y rester longtemps en paix, car la première chose qu'un peuple exige d'un prophète, quand il commence à ne plus croire en lui, est le signe manifeste de sa mission. On se rappelait à Florence la légende de Pierre de Feu qui, au XIe siècle, était entré dans les flammes pour prouver la simonie d'un évêque et qu'on disait en être sorti sain et sauf, et peu à peu s'établissait l'idée que le moine dominicain ne pouvait vraiment faire moins pour prouver qu'il avait raison contre un pape.
La foi de ceux qui lui étaient restés fidèles entraîna Savonarole dans cette voie insensée, et de nombreux frères s'étant offerts pour tenter l'épreuve à sa place, il fut décidé qu'on essaierait de cet étrange moyen de rendre la paix à la ville.
Après avoir délibéré, la Seigneurie désigna les deux victimes, Dominique Buonvicini pour Savonarole, et contre lui le frère mineur François de Pouille. Si le dominicain était brûlé, Savonarole devait quitter Florence (1498). Le jour venu, d'interminables discussions s'élevèrent entre les dominicains et les franciscains pour savoir s'il convenait d'entrer dans le bûcher avec ou sans vêtements, avec ou sans crucifix. Pendant ces contestations, un violent orage survint et dispersa acteurs et spectateurs; mais Savonarole faillit être écharpé par le peuple furieux de sa longue attente et exaspéré d'avoir été frustré du spectacle qu'il escomptait; le prophète était perdu, il n'avait pu faire ses preuves. Dès le lendemain, le peuple soulevé envahissait et saccageait le couvent de San Marco et le prieur, pour mettre fin aux scènes de tumulte, se faisait escorter au Palais Vieux et se remettait entre les mains de la Seigneurie qui, autant pour sauver sa vie que pour donner satisfaction au peuple, le faisait conduire en prison.
Mis à la torture, Savonarole resta héroïque; on fut si loin de lui arracher des aveux suffisants pour motiver une condamnation, qu'il fallut qu'Alexandre VI députât aux juges deux commissaires apostoliques, afin que le procès aboutît à une sentence de mort et permît au tribunal de condamner à être brûlé vif un homme dont le seul crime était de n'avoir pas fait un miracle pour délivrer le monde d'un Borgia. Mais, comme le fait ne tombait sous aucune loi, il fut condamné pour le crime irrémissible en politique d'être usé et vaincu.
Savonarole fut, devant la mort, égal à lui-même. Ses dernières paroles respirèrent la fierté et la foi. Lorsque, avant de le livrer au bûcher, on le déclara retranché de l'Église, il s'écria: «De la militante, oui; de la triomphante, non.»
L'opinion de Machiavel sur lui résume celle des contemporains: «S'il était sincère, l'Italie a vu un grand prophète; si c'était un fourbe, elle a vu un grand homme!»
La vérité est qu'il ne sut ni réformer l'Église à force de raison, ni la renverser, comme le tenta Luther, à force de volonté. Homme de passion surtout, il n'eut ni la sagesse de la pondération, ni la force du révolutionnaire.
