La crypte s'ouvre sur l'église par cinq baies; elle est soutenue par quatre grosses colonnes qui, la traversant, sont également les colonnes du chœur, et par de nombreuses colonnettes sur lesquelles retombent les voussures, et se termine par une absidiole fermée d'une grille.

On accède au chœur surélevé par deux escaliers placés de chaque côté. Le mur qui le sépare de la nef est richement décoré par des sculptures en marbre d'un puissant relief, et surmonté d'un délicat entablement inspiré de l'antique.

Une seconde clôture peu élevée forme encore en avant du chœur une sorte de couloir étroit sur lequel porte l'ambon carré dont l'avancée sur le mur de séparation a pour supports deux courtes colonnes de marbre. Le pupitre de l'ambon est soutenu par les symboles des Évangélistes curieusement superposés l'un sur l'autre. Ce monument admirablement conservé est un des seuls et précieux spécimens de ce genre de construction.

De la tribune on pénètre dans le chœur terminé en abside; une colossale mosaïque, restaurée en 1297, occupe le tympan. Au-dessus de l'autel un beau Christ vernissé est un ouvrage tardif de LUCA DELLA ROBBIA. Enfin les stalles du chœur ont été exécutées en 1466 par DOMINICO GAJUOLE et FRANCESCO MANCIATTO; elles sont très simples, dans un sentiment franchement gothique.

Sur le bas-côté gauche de la nef la Chapelle San Giacomo fut construite en 1459 par ROSSELLINO et décorée par ANTONIO POLLAJUOLO et les DELLA ROBBIA.

La voûte est formée par cinq médaillons de LUCA DELLA ROBBIA, les quatre vertus cardinales à mi-corps entourent le médaillon central du Saint-Esprit; toutes ces figures sont en émail blanc sur fond bleu.

Sur le mur de droite est le tombeau du cardinal Jacques de Portugal, 1459.

En face, fresque de BALDOVINETTI, l'Annonciation.

A droite, en entrant dans l'église, on rencontre une Vierge entourée de saints, ouvrage unique du peintre PAOLO DI STEFANO, exécuté en 1426 sous la double influence de Masaccio et de Donatello.

La Sacristie, dont l'entrée est à droite du chœur, est une belle salle carrée surmontée d'un dôme. Elle a conservé intégralement sa décoration de fresques exécutées en 1385 par SPINELLO ARETINO et consacrées à l'histoire de saint Benoît.