Un autre objectif de la Public Library of Science est de devenir elle- même éditeur. PLoS fonde donc une maison d’édition scientifique non commerciale qui reçoit en décembre 2002 une subvention de 9 millions de dollars US de la part de la Moore Foundation. Une équipe éditoriale de haut niveau est constituée en janvier 2003 pour lancer des périodiques de qualité selon un nouveau modèle d’édition en ligne basé sur la diffusion libre du savoir.
Le premier numéro de PLoS Biology est disponible en octobre 2003, avec une version en ligne gratuite et une version imprimée au prix coûtant (couvrant uniquement les frais de fabrication et de distribution). PLoS Medicine est lancé en octobre 2004. Trois nouveaux titres voient le jour en 2005: PLoS Genetics, PLoS Computational Biology et PLoS Pathogens. PLoS Clinical Trials voit le jour en 2006. PLoS Neglected Tropical Diseases est lancé à l’automne 2007 en tant que première publication scientifique consacrée aux maladies tropicales négligées, ces maladies affectant les populations pauvres dans les villes comme dans les campagnes.
Tous les articles de ces périodiques sont librement accessibles en ligne, sur le site de PLoS et dans PubMed Central, le service d’archives en ligne public et gratuit de la National Library of Medicine (États-Unis), avec moteur de recherche multicritères. Les versions imprimées sont abandonnées en 2006 pour laisser place à un service d’impression à la demande géré par la société Odyssey Press. Ces articles peuvent être librement diffusés et réutilisés ailleurs, y compris pour des traductions, selon les termes de la licence Creative Commons, la seule contrainte étant la mention des auteurs et de la source. PLoS lance aussi PLoS ONE, un forum en ligne permettant la publication d’articles sur tout sujet scientifique et médical.
Le succès est total. Trois ans après les débuts de la Public Library of Science en tant qu’éditeur, PLoS Biology et PLos Medicine ont la même réputation d’excellence que les grandes revues Nature, Science ou The New England Journal of Medicine. PLoS reçoit le soutien financier de plusieurs fondations tout en mettant sur pied un modèle économique viable, avec des revenus émanant des frais de publication payés par les auteurs, et émanant aussi de la publicité, des sponsors et des activités destinées aux membres de PLoS. PLoS souhaite en outre que ce modèle économique d’un genre nouveau inspire d’autres éditeurs pour créer des revues du même type ou pour mettre des revues existantes en accès libre.
# Citizendium
Une nouvelle étape s’ouvre avec les débuts de Citizendium - acronyme de
«The Citizens’ Compendium» -, une grande encyclopédie collaborative en
ligne conçue en novembre 2006 par Larry Sanger, un des co-fondateurs de
Wikipédia, et lancée en mars 2007 (en version bêta).
Citizendium est une encyclopédie coopérative et gratuite, tout comme Wikipédia, mais sans ses travers, à savoir le vandalisme, le manque de rigueur et l'utilisation d'un pseudonyme pour y participer. Les auteurs signent leurs articles de leur vrai nom, et ces articles sont relus et corrigés par des experts («editors») âgés d'au moins 25 ans et titulaires d'une licence universitaire. De plus, des «constables» sont chargés de la bonne marche du projet et du respect du règlement. Citizendium comptabilise 1.100 articles, 820 auteurs et 180 experts en mars 2007, 9.800 articles en janvier 2009 et 15.000 articles en septembre 2010.
Dans Why Make Room for Experts in Web 2.0? (Pourquoi faire une place aux experts dans le web 2.0?), une communication datée d’octobre 2006 et régulièrement actualisée depuis sur le site de l'encyclopédie, Larry Sanger voit dans Citizendium l’émergence d’un nouveau modèle de collaboration massive de dizaines de milliers d’intellectuels et scientifiques, non seulement pour les encyclopédies, mais aussi pour les manuels d’enseignement, les ouvrages de référence, le multimédia et les applications en 3D. Cette collaboration est basée sur le partage des connaissances, dans la lignée du web 2.0, un concept lancé en 2004 pour caractériser les notions de communauté et de partage et qui se manifeste d’abord par une floraison de blogs, wikis et sites sociaux. D’après Larry, il importe aussi de créer des structures permettant des collaborations scientifiques, et Citizendium pourrait servir de prototype dans ce domaine.
# L'Encyclopedia of Life
Cet appel semble se concrétiser dès mai 2007 avec les premiers pas de l’Encyclopedia of Life. Cette vaste encyclopédie collaborative en ligne a pour but de rassembler les connaissances existantes sur toutes les espèces animales et végétales connues (1,8 million), y compris les espèces en voie d’extinction, avec l’ajout de nouvelles espèces au fur et à mesure de leur identification, ce qui représenterait entre 8 et 10 millions d'espèces en tout.