Les colons, citadins et paysans, conçurent l’idée de profiter de cette immunité cosaque, afin d’échapper aux prétentions des seigneurs. En masse, des villages entiers, presque des villes entières se reconnaissent membres des organisations cosaques, d’autant plus qu’en Ukraine tout le monde est obligé par le simple état des choses à porter les armes et à participer à la défense du pays. Puis, en conséquence, on se refuse à toute obligation vis-à-vis du seigneur, on ne reconnaît plus ni son autorité, ni la compétence de ses tribunaux, on devient des « désobéissants » comme s’expriment les recensements de l’époque.
Comme conséquence le nombre des cosaques se monte à des dizaines de mille. Leurs colonels deviennent les gouverneurs des vastes territoires habités par les troupes, qui ne reconnaissent pas d’autre autorité. L’hetman élu à l’assemblée des cosaques est véritablement le chef de toute l’Ukraine orientale.
Ni le gouvernement, ni l’administration, ni les seigneurs polonais ne veulent admettre, bien entendu, une interprétation aussi large de l’immunité cosaque. Ils insistent pour que ceux qui ne sont pas enregistrés se soumettent aux seigneurs et aux fonctionnaires de l’état, pour que le droit cosaque ne soit reçu en règle générale que sur les terres du roi et que ceux qui veulent en jouir quittent les domaines des seigneurs. De là des conflits, des discordes et des insurrections. Néanmoins l’organisation cosaque prit des forces et ses chefs se trouvèrent être les maîtres de l’Ukraine.
Le premier quart du XVIIe siècle s’est à peine écoulé que cet état des choses est clair pour tout le monde. Quiconque fuit les persécutions religieuses ou la tyrannie des seigneurs est sûr de trouver asile auprès des chefs cosaques.
Grâce à leur aide, le monastère des cavernes à Kiev, qui avait traversé dans une triste isolation ces siècles de dévastations, retrouve ses biens dilapidés par différents seigneurs et tient tête au roi et aux uniates. Son supérieur Élysée Pletenetsky, qui sortait de la petite noblesse ukrainienne de Galicie, fait venir de son pays des hommes instruits, une imprimerie et commence à publier des livres sur une grande échelle. Il se forme aussi à Kiev, en 1615, une confrérie, où un nombre « immense » de gens se font inscrire, en tête les savants ecclésiastiques de l’entourage de Pletenetsky et l’hetman des cosaques lui-même avec toute son armée, prenant ainsi sous son égide la nouvelle institution. La confrérie ne tarda pas à établir une école, à la tête de laquelle fut placé encore un Galicien, Boretsky, ancien « didascal » de la confrérie de Léopol et plus tard métropolite. C’est dans cette dernière ville qu’il se rend avant tout pour y chercher des instituteurs et des livres. De cette façon, grâce à l’apport de la Galicie, se reforma un centre intellectuel, qui allait pour longtemps détrôner Léopol, où la confrérie traversait une crise pénible, tandis que Kiev ne manquerait plus de ressources (en premier lieu les trésors du monastère des cavernes) et surtout jouirait de la protection de l’armée cosaque.
Cette armée était alors commandée par un Galicien de la petite noblesse des environs de Sambor, Pierre Sahaïdatchny, ancien élève de l’école d’Ostrog et, par conséquent, en communauté de sentiments avec les cercles de Kiev. Très populaire dans l’armée, en même temps que bien vu du gouvernement à cause de ses mérites, il était à même d’assurer au mouvement national de Kiev la liberté et la sécurité. Ce fut du reste une des personnalités les plus distinguées que l’organisation cosaque ait jamais produite. Habile stratège, autant qu’administrateur et homme politique de talent, il arriva à la tête de l’armée cosaque, ou zaporogue, comme elle était officiellement appelée, à un moment où la Pologne, engagée dans une guerre longue et acharnée à propos de la succession au trône de Moscovie, avait plus que jamais besoin des cosaques et se montrait moins rigoureuse à leur égard pour gagner leur sympathie. Ils étaient alors les maîtres incontestés de l’Ukraine et les pays voisins étaient pleins du bruit de leurs exploits en Turquie.
C’était en effet l’époque des audacieuses expéditions maritimes sur les côtes de l’Asie Mineure, à Sinope, à Trébizonde et même à Constantinople. Le sultan lui-même, ne se sentant pas en sûreté dans son palais, menaça la Pologne d’une guerre de représailles et envoya de fait, en 1620, une grande armée, qui battit les troupes polonaises. Dans cette défaite près de Tsetsora, qu’il aurait probablement évitée s’il avait obtenu l’aide des cosaques, Jolkievski trouva la mort sur le champ de bataille.
Les Kiéviens essayèrent de profiter des embarras du gouvernement polonais pour rétablir la hiérarchie orthodoxe, qui avait été peu à peu supprimée au cours des 25 dernières années. Justement le patriarche de Jérusalem se trouvait de passage dans leurs murs et, pendant que les cosaques faisaient la sourde oreille aux appels du gouvernement, ils lui firent ordonner un métropolite et cinq évêques pour tous les diocèses ukrainiens et blanc-russiens. Il restait encore à obtenir l’investiture du roi, pour qu’ils pussent entrer en fonction.
Sahaïdatchny et les Kiéviens pensèrent l’obtenir comme prix de la participation des cosaques à la campagne que la Pologne aurait à soutenir contre les Turcs l’année suivante. En effet le sultan, enhardi par ses précédents succès, marcha en personne à la tête d’une puissante armée contre la Pologne. Le concours des cosaques devenait pour celle-ci une question de vie ou de mort. Aussi usa-t-elle de tous les moyens pour les décider et elle finit par réussir en dépit de la résistance de Sahaïdatchny. Celui-ci fut donc obligé de se contenter de belles promesses et dut se rendre à la guerre sans avoir obtenu du roi rien de certain. Les cosaques, sous sa conduite, firent dans cette campagne de Khotin (1621) des prodiges de vaillance et sauvèrent réellement la Pologne des Turcs. Mais quand il s’agit de les récompenser, les tristes pressentiments de Sahaïdatchny se réalisèrent : le roi s’en tint à des compliments et se garda de confirmer la nouvelle hiérarchie orthodoxe.