Il est presque inutile de rappeler ici que Bonaparte, proclamé empereur par le Sénat le 20 mai 1804, mit un grand prix, et cela se conçoit, à être sacré par le pape. C'est un miracle de sa destinée qu'il ait pu l'obtenir, et dans le temps, je me trouvai fort heureux d'y avoir contribué, parce que je pensais que les liens de la France avec la cour de Rome s'en trouveraient resserrés. Pie VII, ayant déjà reconnu le gouvernement consulaire, puisque c'est avec ce gouvernement qu'il avait traité pour le concordat, ne pouvait être arrêté par la considération des droits que pourrait, un jour, faire valoir la maison de Bourbon, si le gouvernement nouveau, se brisant lui-même, la nation la rappelait. Il n'avait donc rien à objecter contre le titre d'empereur que Bonaparte s'était donné, ou qui lui avait été décerné en France, avec plus de solennité, quoique, peut-être, avec moins de sincérité, que celui de premier consul. Le pape n'avait plus à délibérer que sur un seul point: savoir, si, dans l'unique intérêt de la religion, à laquelle le nouvel empereur pouvait faire, par sa puissance immense, tant de bien ou tant de mal, il devait consentir à le venir sacrer, comme saint Boniface, le légat du pape Étienne III, était venu sacrer Pépin, du vivant du roi légitime, Childéric III; comme Léon III couronna Charlemagne empereur, à Rome en 800, et comme un autre pape, Étienne V, vint ensuite sacrer Louis le Débonnaire à Reims, après la mort de Charlemagne.
Le pape se décida à venir faire ce sacre à Paris, et cette mémorable cérémonie eut lieu le 2 décembre 1804. Pie VII ne fut pas dirigé dans cette circonstance par des vues temporelles, comme le pape Étienne III, qui avait imploré le secours de Pépin contre les Lombards, mais bien évidemment et bien uniquement par des motifs purement religieux, puisqu'il s'abstint même de laisser entrevoir le désir si naturel de recouvrer ses trois légations de Bologne, de Ferrare et de Ravenne, que l'empereur, au reste, n'eut garde de lui offrir, ni même de lui faire espérer. Toutes les demandes du pape, sans aucune exception, furent dans l'intérêt de la religion. Aucune ne le regardait personnellement, et il refusa les présents qu'on lui offrit pour sa famille.
Il quitta Paris le 4 avril 1805, laissant partout sur son passage l'impression profonde de ses vertus et de sa bonté: Napoléon avait quitté Paris quelques jours avant lui; il songeait à tout autre chose, qu'à montrer sa reconnaissance au Saint-Père. Le 16 mai le pape arrive à Rome, et le 26 mai, l'empereur se fait couronner à Milan roi d'Italie. Peu de temps après, ses troupes occupent Ancône, sur le territoire romain[38]. Le pape s'en plaint. Napoléon ne lui répond pas; mais après la bataille d'Austerlitz du 2 décembre 1805 et la paix de Presbourg du 26, il écrit au pape, le 6 janvier 1806, qu'il n'avait pas voulu s'approprier Ancône, mais l'occuper comme protecteur du Saint-Siège, et pour que cette ville ne fût pas souillée par les musulmans.
Trois mois après, le 30 mars 1806, Napoléon place son frère Joseph sur le trône de Naples, et demande au pape de le reconnaître. Il lui demande presque en même temps de faire avec lui (empereur) une ligue offensive et défensive, d'embrasser le système continental, de fermer par conséquent ses ports aux Anglais, c'est-à-dire de leur déclarer la guerre. De telles propositions, dans un temps surtout où l'empereur foulait aux pieds le concordat qu'il avait conclu avec le pape en 1803 pour l'Italie; qu'il dépouillait les évêchés et les monastères de leurs biens, supprimant à son gré les uns et les autres; qu'il tourmentait les évêques et les curés par de nouveaux serments, etc... de telles propositions ne pouvaient pas être acceptées et ne le furent pas. Elles donnèrent lieu à cette correspondance avec les autorités françaises, dans laquelle on a remarqué tant de force, de raison et de convenance du côté de la cour de Rome.
Un pareil refus et tant de raison, ne pouvaient manquer d'irriter l'empereur. Le 2 février 1808 il fait occuper Rome par ses troupes que commandait le général Miollis[39]. Elles s'emparent du château Saint-Ange. Le général veut obliger le pape à souscrire à toutes les demandes qui lui sont faites, sous la menace de perdre ses États; il prodigue les vexations; se saisit de la poste, des imprimeries; fait enlever vingt cardinaux, parmi lesquels étaient plusieurs ministres, etc... Le pape proteste en vain contre de telles violences. Napoléon n'en tient aucun compte. Le 2 avril suivant, il réunit au royaume d'Italie les légations d'Urbin, d'Ancône, de Macerata et de Camerino, pour en faire trois départements. Il confisque les biens des cardinaux qui ne se rendaient pas au lieu de leur naissance. Il fait désarmer presque toute la garde du Saint-Père; les nobles de cette garde sont emprisonnés. Enfin, Miollis fait enlever le cardinal Gabrielle[40], pro-secrétaire d'État; et fait mettre les scellés sur ses papiers.
Le 17 mai 1809, décret de Napoléon, daté de Vienne, portant réunion (en sa qualité de successeur de Charlemagne) des États du pape à l'empire français, en statuant que la ville de Rome serait ville impériale et libre; que le pape continuerait à y siéger, et qu'il jouirait de deux millions de francs de revenu. Le 10 juin il fait promulguer ce décret à Rome. Ce même 10 juin, le pape proteste contre toutes ces spoliations, refuse toute pension; et, récapitulant tous les attentats dont il a à se plaindre, lance la fameuse et imprudente bulle d'excommunication contre les auteurs, fauteurs et exécuteurs des violences contre lui et le Saint-Siège, mais sans nommer personne.
Napoléon en fut outré, et, dans un premier mouvement, il écrivit aux évêques de France une lettre dans laquelle il parlait, en termes presque révolutionnaires, «de celui qui voulait, disait-il, faire dépendre d'un temporel périssable l'intérêt éternel des consciences et celui de toutes les affaires spirituelles».
Le 6 juillet 1809, Pie VII, enlevé de Rome après qu'on lui eut demandé s'il voulait renoncer à la souveraineté temporelle de Rome et de l'État de l'Église, fut conduit par le général Radet[41] jusqu'à Savone, où il arriva seul le 10 août, les cardinaux ayant tous été transportés auparavant à Paris.
Et pour bien compléter les spoliations exercées sur le pape, Napoléon fit paraître, le 17 février 1810, un sénatus-consulte qui décerne au fils aîné de l'empereur le titre de roi de Rome, et statue même que l'empereur sera sacré une seconde fois à Rome, dans les dix premières années de son règne.
C'est opprimé, captif, et privé de tout conseil, que le pape refusa les bulles à tous les évêques nommés par l'empereur, et c'est alors que commencèrent les discussions sur les mesures propres à faire cesser la viduité des églises.