La demande officielle, envoyée à Rome en 1848, fut agréée; et les bulles de M. Laflèche arrivèrent à l’évêché métropolitain de Québec.
L’élu protesta, faisant valoir ses infirmités:
Vous voulez un coadjuteur vigoureux, et je suis infirme, dit-il à son évêque. Vous avez besoin d’un coadjuteur qui puisse parcourir à votre place ces immenses régions, et je suis plus incapable de voyager que vous. Durant les trois années que je viens de passer à l’Ile à la Crosse, il m’a fallu garder la maison et laisser les courses à mon compagnon, le Père Taché.
Voyant qu’il devait céder, Mgr Provencher garda néanmoins près de lui M. Laflèche, et lui conféra le titre de vicaire général.
M. Laflèche se jeta dans son nouveau travail. Il devint le factotum de Saint-Boniface, sur tous les théâtres accessibles à ses forces.
En 1851, pendant l’un des voyages qu’il entreprit pour accompagner les Métis à la chasse aux bisons, son escouade, qui comptait moins de 80 tireurs, se trouva tout à coup en face d’un camp formidable de Sioux. Que faire contre ces 2.000 guerriers? M. Laflèche absout en hâte ses enfants, comme s’ils allaient mourir; mais il organise également la défense, revêt le surplis et l’étole, et, se plaçant sur une butte dominante, il enflamme les courages et bénit sans relâche. Les Métis reçoivent sans fléchir les bordées des balles et des flèches, et, ripostant de leur tir rapide et précis, ils font rouler leurs ennemis dans l’herbe, comme des buffalos abattus. A la fin, les Sioux regardèrent «l’homme habillé de blanc sur le côteau» comme un manitou immunisant ses soldats et dirigeant leurs balles, et prirent la fuite, emportant leurs nombreux morts. Les Métis n’avaient que trois blessés.
Le 7 juin 1853, M. Laflèche ferma les yeux à Mgr Provencher. Il resta encore à Saint-Boniface, jusqu’en 1856.
C’est alors que paraissant, à 38 ans, un «invalide de l’apostolat», il dut abandonner les missions du Nord-Ouest.
Mais l’air du pays natal lui rendit la santé.
Le séminaire de Nicolet le revit comme professeur, et bientôt comme supérieur.