A ce dernier poste, Mgr Cooke vint le prendre, en 1861, pour lui confier les intérêts matériels du diocèse des Trois-Rivières.
Le 25 février 1867, forcé cette fois de répondre à la voix du Pape, il fut consacré sous le titre d’évêque d’Anthédon, in partibus infidelium, et de coadjuteur, avec future succession, de Mgr Cooke.
Les 31 ans d’épiscopat de Mgr Laflèche couvrirent le diocèse des Trois-Rivières et le Canada d’une gloire impérissable.
Cet évêque fut un saint et un lutteur de la taille des Pères et des Docteurs. Il mérita d’être appelé le Chrysostome du Canada.
Mortifié, il n’eut même pas une voiture à lui, et ses héritiers ne trouvèrent pas cent francs à se partager. Charitable, il n’y avait pour le rendre heureux qu’à lui annoncer qu’un infortuné se trouvait dans un réduit de la ville, attendant du secours: il y volait. Pieux et recueilli, on venait à sa cathédrale pour le voir prier. Eloquent, sa voix vibrante passait du ton de l’homélie, sa prédication préférée, aux envolées des discours d’apparat et à ces appels guerriers qui gagnèrent à Pie IX tant de zouaves Canadiens Français. Combatif, il s’attaquait de front à toute erreur. Educateur, il dota son diocèse de collèges et de séminaires d’où sortirent des hommes éminents pour l’Eglise et la société civile. De culture universelle, sa parole et sa plume couraient avec une égale facilité à travers tous les sujets; il conversait, comme s’il eût été de leur profession, avec un géomètre, un astronome, un chimiste, un mathématicien, un médecin, un légiste, un agriculteur, un politicien. Sa langue, naturellement châtiée, élégante, logique, de belle eau française, toujours accommodée à son thème et à son auditoire, semblait ne pouvoir tarir. La patrie Canadienne Française n’eut pas de meilleur serviteur que lui: «Plus on est prêtre, plus on est patriote», disait-il.
L’âme des vertus de Mgr Laflèche fut la conviction absolue, née d’une science profonde, et surtout d’une foi qu’il avait puisée au pays des neiges, comme à la source voisine de l’intuition divine, parmi les petits, les simples, les ignorants, auxquels Dieu se plaît à révéler des clartés qu’il dérobe aux sages de ce monde.
Evêque, il composa ses armes de deux emblèmes: un canot, pour rappeler les douze ans de vie de missionnaire, qu’il ne cessa de regretter, et une flèche, qui voulait dire «droit au but!»
Il tomba, à l’âge de 80 ans, le 14 juillet 1898, au cours d’une tournée pastorale, les armes à la main, comme il lui convenait. Regardant son éternité en face, ainsi qu’il avait regardé les hommes, il s’écria:
—Quel bonheur de croire en face de la mort!
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