Le Concile de Trente, qui ne dura pas moins de dix-huit années, de 1545 à 1563, consacra les prépondérances des Jésuites, lesquels, depuis, confesseurs des princes, mêlés à toutes les grandes choses, aux guerres, aux traités, aux conciles, aux ambassades, apaisant les révoltes et gouvernant les souverains, ont eu, jusqu'à la Révolution française, et même quelque temps après, la haute main sur les événements publics. Ignace, dès le début du XVe siècle, avait senti que l'ancien monarchisme ne cadrait pas avec la forme et l'esprit de son temps. Il ne s'agissait pas de recommencer la règle de Bernard ou de Benoît. Tout en maintenant ses fils spirituels dans une étroite obédience, il comprenait, avec un sens très juste des réalités, qu'il importe, avant tout, de charmer ceux que l'on prétend conduire, qu'il faut plaire si l'on veut régner.
Il apprit à conquérir les jeunes gens, les femmes, à pénétrer dans l'intimité du riche, à rendre humaine, accueillante et douce la religion qu'il défendait. Il emprunta au Monde ses plaisirs, ses futilités : spectacles, réunions, musique. Il enseigna l'art de bâtir des églises pleines de fleurs, de dorures, de parfums. Il commanda aux maîtres de la peinture des toiles à grand effet, d'une couleur aimable et d'un goût théâtral, propre à charmer, du même coup, les mondains et les dévots. L'art jésuite était fondé.
Une psychologie exacte, une observation pénétrante, une connaissance approfondie, un jugement net des circonstances et des caractères permit à la Compagnie de Jésus d'occuper, dès le début, chez les grands, la place qu'elle a tenue pendant près de trois siècles — malgré l'éclipse de 1719 — place qu'elle défend avec un génie opiniâtre et qu'elle garde encore par une obstination intelligente, par des moyens sans cesse renouvelés, par une souplesse forte, que, même hostiles ou indifférents, les esprits cultivés ne peuvent envisager sans admiration, comme étant le résultat le plus magnifique de la persévérance, de l'énergie et de la volonté.
De la Réforme à la Compagnie de Jésus, de la Diète de Worms au Concile de Trente, de l'action à la réaction, le champ est délimité, où, pendant quatre siècles et davantage, sans doute, va se jouer l'un des plus grands drames qui ait intéressé les individus et les nations. C'est d'abord la noire et sanglante épopée, le massacre d'Amboise, la Saint-Barthélemy, l'atroce guerre de Trente ans, le sang humain prodigué à travers les champs de bataille et sur les échafauds, les pures victimes, offertes de part et d'autre à je ne sais quelle implacable divinité, la mort, donnée pour argument suprême, à l'appui d'une doctrine de pardon et d'amour, les catholiques brûlant Anne Dubourg et le malheureux Dolet, dont les peccadilles ne méritaient pas une fin si cruelle, Calvin souillant sa robe noire du stigmate de Caïn et, fratricide, menant Servet à l'échafaud.
Puis la division se fait. L'Allemagne, la Hollande et l'Angleterre accueillent, sous des noms divers, la Réforme dont le docteur Martin fut l'initiateur. La France déchire le pacte consenti par Henri IV aux Huguenots, rejette à l'inconnu, à la mort, au désespoir, les « tribus fugitives » de ces parfaits chrétiens qui ne savaient que mourir, sujets féaux d'un roi barbare auquel, tout janséniste qu'il était, Racine donna des pleurs.
Le généreux XVIIIe siècle ouvre l'ère de la tolérance. Voltaire que Flaubert appelait un « saint », Voltaire, ce génie humain et bienfaisant, rend à Calas l'honneur que tenta de lui ravir un jugement inique. Bientôt, la Révolution française, consacrant les principes des Encyclopédistes, de Montesquieu, de Voltaire, d'Alembert, des penseurs et des sages, montrant à l'Humanité la route vers des mœurs plus douces, laïcisa le pouvoir, proclama la liberté de conscience, ce premier droit de l'homme, laissant à chacun la faculté de juger, dans son for intérieur, ce qu'il convient de penser touchant les questions religieuses qui déchaînèrent autrefois de si cruelles animosités.
Certain protestant étranger disait naguère, en France, un mot qui peut paraître assez topique. Le voici : « Votre gouvernement a bien raison de faire droit à toutes nos requêtes, car c'est à nous qu'il doit la Révolution française. » Et, de fait, il n'est pas douteux que, depuis la Révocation de l'Édit de Nantes jusqu'aux États généraux de 1789, les ferments déposés dans l'esprit de la bourgeoisie française par la Réforme et les persécutions dont elle fut le prétexte ont éveillé les haines, les colères et cette soif de justice dont le monde moderne est sorti. Sous les notes lentes du Choral de Luther, j'entends déjà les timbres de la Marseillaise, l'hymne sacré, « liberté chérie », le cri d'irrésistible affranchissement que poussent, à la face du monde, les conscrits de l'an II, et plus tard, jeune postérité de ces magnanimes ancêtres, tous ceux qui donnèrent leur vie et risquèrent leur liberté pour conquérir à leurs frères de douleur un monde, une cité miséricordieuse, pacifique et des jours plus cléments.
Le même feu qui brûla dans la poitrine de Luther anime encore ceux qui cherchent à tous les problèmes angoissant l'Humanité des solutions miséricordieuses, qui rêvent de bannir à jamais la guerre, la pauvreté, l'ignorance et la douleur. C'est pour eux que Luther, au nom de l'amour, a soulevé le monde, faisant paraître aux hommes à venir les routes libres et les chemins ensemencés.
Son duel avec Loyola, cette guerre sans merci, de la Réforme et de la Papauté, les prises d'armes, le réveil du fanatisme, un fleuve de sang, l'échafaud d'Amboise et la nuit du 24 août, les Guises et Richelieu, l'assassinat préconisé, l'Église ne respirant qu'homicide, le clergé, les moines rivalisant avec les rois de France d'exaction et de férocité, les Janotus de Gargantua et les Ortuinus de Hutten, aiguisant le couteau de Ravaillac, le meurtre, en habit de capucin ou de minime, appelant au secours des arguments théologiques le mousquet et la pertuisane, ont-ils apporté dans le monde un peu de raison et de bonheur? On peut hésiter à le croire. Au début du XVIe siècle, sous Jules II, à l'avènement de Léon X, le christianisme en pleine décomposition cadavérique se liquéfiait dans la boue. Et ses dogmes ineptes, sa morale inobservée et rebutante n'en imposait plus déjà qu'aux esprits sans culture. La Réforme galvanisa, remit sur pied le moribond. Elle suscita des monstres, la ruse, l'énergie implacables d'Ignace, la contagieuse folie et le morne délire de Thérèse. Les jésuites devinrent bientôt maîtres du monde avec leurs méthodes artificieuses, leur talent de captation, leur abjecte complaisance pour la richesse et le pouvoir. Ils imaginèrent de rendre la science « inoffensive » et l'art vérécundieux. Ils eurent leurs « bons savants », leurs éditions à l'usage des Dauphins. Ils mêlèrent je ne sais quel fade miel de collège aux œuvres les plus hautes de la science humaine ; ils falsifièrent les archives ; ils persuadèrent au riche de leur confier ses trésors et ses enfants. Secondés en cela par leurs adversaires et non moins tartuffes que les protestants eux-mêmes, ils intronisèrent le mensonge déliant leur clientèle de tout honneur et de toute probité. C'est, pour la meilleure part, à leur influence que le monde est redevable d'une cinquième vertu cardinale, chère et précieuse au bourgeois, une vertu qui défend le capital, qui lui donne au besoin des ministres et des soldats, une vertu chère aux bedeaux comme aux académiciens, une vertu que, depuis quatre siècles bientôt, Rome et Genève pratiquent avec une émulation louable ; cette vertu sans pareille se nomme Hypocrisie. Elle défend l'Église et trône au Parlement. Elle inspire les discours des ministres et laïcise la France au bénéfice de la Papauté. Les jésuites, par elle, devinrent les sauveurs de la morale et des dogmes chrétiens.
Donc, si la Papauté au XVe siècle, ne s'était point vue menacée à la fois dans son temporel et dans sa domination intellectuelle, tout porte à croire qu'elle aurait pris à son compte l'évolution de l'esprit humain, qu'elle aurait marché dans les voies de la Science, adopté le progrès et fait cause commune avec les esprits les plus ouverts. Le christianisme gangrené, moribond, caduc, tombé en enfance, eût disparu du monde, sans que nul en prît souci, comme tombent, au vent d'automne, les feuilles et le bois mort. Sous l'influence de Gémiste Pléton, le concile de Florence mettait, presque au rang des pères de l'Église, l'Athénien Platon et proscrivait la scolastique de ses discours harmonieux. C'était le temps où le cardinal Bembo disait en grec son bréviaire « afin de ne point gâter sa latinité par les formes incorrectes de la Bible italique » ; temps admirable où les pontifes, patriciens de la Rome papale, encourageaient les artistes et les érudits, où, comme Pétrarque déposant, avant de mourir, son Virgile dans le trésor de Venise, l'Italie entière, avec ses princes guerriers, ses cardinaux, ses prêtres, ses nobles dames, que peignaient Botticelli, Vinci, Pollaïolo, confondaient, en un même culte de beauté, toutes les religions de l'âme humaine. Et que de sang épargné, que d'hommes employés à des œuvres utiles, à des travaux féconds en résultats prospères! Quoi qu'il en soit, ayant pleuré tous les morts et glorifié tous les martyrs, suspendu à tous les autels des guirlandes pieuses, devant ces longues plaines en deuil, ces champs funèbres de l'Histoire, il convient de répéter le mot de Gœthe : « Par delà les tombes, en avant! » ; de regarder avec espoir du côté de l'aurore, d'attendre ce jour qui viendra peut-être, ce jour que l'esprit scientifique annonce et prépare, en dépit de tous les obstacles, de toutes les mauvaises fois, où la guerre d'idées aussi bien que les guerres d'intérêts ne seront plus qu'un lugubre souvenir, un cauchemar sinistre emporté par l'aube des temps nouveaux, où la Science et la Justice mettront en commun leurs oracles, où, sur une terre plus féconde, habiteront pour toujours les hommes fraternels et les dieux réconciliés.