Pendant deux ans, Cuvier et Geoffroy travaillèrent ensemble. Tout était commun entre eux, et l'heureuse alliance de l'imagination de l'un avec l'esprit lumineux de l'autre a jeté les fondements de la science zoologique actuelle, qui réunit la puissance de généralisation du génie allemand à la vigueur et à la clarté de l'intelligence française.
La campagne d'Égypte vint séparer les deux amis. Geoffroy partit avec Bonaparte, prit part à toute la campagne et à tous les travaux de l'Institut d'Égypte. C'est alors qu'il fit ses premières observations sur l'organisation si curieuse des crocodiles. Pendant que l'on canonnait Alexandrie, il étudiait l'anatomie du silure électrique, et utilisait au profit de ses découvertes, l'exaltation que produit le bruit du canon et l'agitation incessante des esprits au sein d'une ville assiégée, dont la reddition ne pouvait être que différée. Toutes les richesses scientifiques amassées par la commission d'Égypte allaient tomber entre les mains des Anglais, qui regardaient les collections et les manuscrits de nos savants comme un des trophées de leur conquête. Geoffroy, Savigny et Delille sont députés vers le général anglais, et lui déclarent que s'il persiste à vouloir les dépouiller des fruits de quatre ans de veilles et de travaux, ils les détruiront de leurs propres mains, et signaleront à l'Europe cet acte d'injustice et de barbarie. Leur fermeté imposa au chef de l'armée ennemie, qui s'abstint d'un acte de violence sans profit et partant sans but.
En 1808, Geoffroy était à Lisbonne, envoyé par Napoléon pour organiser l'instruction publique en Portugal. Dans ce voyage il n'avait pas oublié les intérêts du Muséum d'histoire naturelle. Chargé de nombreux échantillons, pris parmi les doubles de nos collections, il fit de nombreux échanges avec le musée d'Ajuda; mais au moment de quitter le Portugal un traité d'évacuation vint de nouveau le mettre en présenté des Anglais. Lord Proby et le général Beresford demandaient que les collections leur fussent livrées; Junot ne résistait que faiblement, mais Geoffroy ne faisait pas si bon marché de sa paisible conquête. Les conservateurs du musée d'Ajuda déclarèrent que ces collections étaient sa propriété particulière, et les Anglais insistant pour qu'on leur donnât au moins quatre caisses, Geoffroy leur abandonna ses effets et emporta sa collection. En 1815, M. de Richelieu s'empressa d'offrir au Portugal de lui restituer ces richesses; mais le ministre portugais répondit loyalement qu'il ne réclamait rien, car il n'y avait eu que des échanges sur le pied de la plus parfaite égalité.
Pendant les cent jours, Geoffroy fut le représentant de la ville d'Étampes, mais il renonça bientôt à ses fonctions politiques pour retourner à la science. Depuis cette époque, il s'est livré sans interruption à ses études favorites et a développé peu à peu les idées philosophiques sur l'organisation animale, qui feront sa gloire aux yeux de la postérité. Essayons d'en tracer l'esquisse sans être ennuyeux ou incompris.
Lorsque Linné parut, l'histoire naturelle n'était qu'un chaos; on décrivait, on enregistrait les animaux, mais ou ne les classait pas. Linné porta la lumière au milieu de ces ténèbres; il apprit à nommer, classer et caractériser les espèces: il fit voir comment l'homme devait dresser l'inventaire des richesses de la nature; distinguant et séparant sans cesse, il dut insister plus sur les dissemblances que sur les rapports. Tous les naturalistes subirent l'ascendant du grand homme et marchèrent dans la route qu'il avait tracée. Cependant quelques esprits synthétiques furent frappés des analogies qui existent entre les œuvres si variées de la nature. Ils reconnurent que tous les mammifères, par exemple, étaient construits sur le même plan. Geoffroy, qui s'était spécialement occupé de cette classe d'animaux, s'assura que ces analogies ne s'arrêtaient pas à une ressemblance générale, mais qu'on pouvait la poursuivre jusque dans ses moindres détails. Il reconnut que la main de l'homme et du singe, l'aile de la chauve-souris, la patte du chien, la griffe du chat, le pied fourchu du bœuf et du mouton, le sabot du cheval, la rame du phoque et la nageoire de la baleine se composent des même pièces. Mais les unes sont plus développées, les autres le sont moins, quelques-unes disparaissent presque en entier, tandis que d'autres grossissent démesurément.
Guidé par le sens de l'analogie, il prouva que la tête se compose toujours des mêmes os dans l'homme comme dans l'oiseau et le poisson. Il vit, en un mot, que la nature, fidèle au plan qu'elle s'est tracé, le varie, le modifie, mais ne le change jamais. Il en conclut que la création est soumise à des lois, à des nécessités qu'elle ne saurait enfreindre, et qu'elle n'est point l'acte arbitraire d'une volonté sans règles et sans bornes. La justesse de cette conclusion, il la vérifia dans ses moindres détails; ainsi les dents existent dans toute la classe des mammifères, tout à coup elles manquent dans celle des oiseaux, qui la suit immédiatement; n'était une infraction à la loi de l'unité d'organisation des animaux; mais cette infraction n'est qu'apparente. Geoffroy prouva que les dents existent chez les oiseaux dans le jeune âge, mais elles sont à peine formées et disparaissent bientôt arrêtées dans leur croissance par le développement des mâchoires qui constituent le bec. Ainsi donc le proverbe avait menti, et les poules ont des dents, mais elles ne les conservent pas.
Les animaux n'étant plus des créations séparées, mais seulement la transformation d'un seul type, la permanence des espèces devenait fort douteuse; en effet, les agents extérieurs, en modifiant un animal, ne peuvent-ils pas, avec l'aide du temps, le transformer au point qu'il ne ressemble plus à son type originel? Voyez les variétés de chiens, de chevaux, de moutons; pourquoi la nature serait-elle moins puissante que l'homme? Les preuves abondent, mais l'espace nous manque. Je n'en citerai qu'une seule. A mesure qu'on s'avance vers le Nord, la martre commune se modifie graduellement, et le prix de la fourrure s'accroît dans le même rapport. Enfin, en Sibérie, on trouve la martre zibeline, et le naturaliste suit toutes les transitions entre l'animal de France et celui de la Sibérie, qui, au premier abord, semble une espèce complètement distincte.
Les idées de Geoffroy sur l'unité organique renfermaient implicitement une autre vérité. Les appareils si variés dont se compose l'organisme humain, par exemple, ne seraient-ils point un seul et même organe diversement modifié? Tout le monde n'est-il pas frappé de l'analogie qui existe entre les membres supérieurs et les membres inférieurs? Cette analogie ne se borne pas là. Les os du bassin sont la répétition de ceux de l'épaule; ceux de la tête ne sont que des vertèbres modifiées, et le sternum n'est qu'une ébauche de la colonne épinière. Cette grande idée fermentait à la même époque chez plusieurs philosophes: Goethe l'avait conçue en 1791, Oken en 1807, Duméril en 1808, de Blainville en 1816 et Geoffroy en 1824; mais Goethe n'avait point publié sa pensée qui n'était qu'un aperçu, et ce sont les anatomistes que nous venons de citer qui l'ont élevée au rang de vérité.
La conséquence directe de toutes ces idées, c'est la mine de la doctrine des causes finales, à laquelle Bernardin de Saint-Pierre avait prêté tout le charme de son style et de son imagination. En effet, si la nature est astreinte, dans ses créations, à des règles déterminées dont elle ne s'écarte jamais même dans les animaux les plus bizarres en apparence, il en résulte qu'elle ne crée pas uniquement les organes pour qu'ils accomplissent certaines fonctions. De là l'existence des organes inutiles, véritables pierres d'attente, qui prouvent l'unité du plan de l'architecte même dans les parties de son travail qui sont inachevées. Ainsi, tel muscle très-peu développé chez l'homme, où il n'est d'aucun usage, remplit chez les animaux d'importantes fonctions; tels sont, par exemple, le muscle peaucier, à l'aide duquel les chevaux peuvent imprimer à leur peau des secousses brusques et répétées; et le plantaire grêle, agent principal du saut chez le lion, le tigre et le chat. Aussi le sage, pénétré de l'insuffisance de ses lumières, s'abstient-il de juger les œuvres de la création. Quand on accuse d'impiété les esprits difficiles qui les critiquent, il s'étonne en souriant de l'assurance de ceux qui, louant sans comprendre, substituent leurs courtes vues aux grands desseins de la nature. A mesure que la science marche, elle renverse leur petit échafaudage de causes filiales qu'ils recommencent incessamment sur de nouveaux frais. Et cependant la fourmi, perdue dans les fentes de l'escalier d'un palais immense et voulant raisonner sur la destination des diverses parties de l'édifice, n'est qu'une bien faible image de la petitesse et de l'insuffisance de l'homme qui prétend connaître les intentions de la nature dans l'ensemble de l'univers.
Après avoir trouvé l'organisme soumis à des lois invariables dans tous les êtres normaux, Geoffroy devait naturellement se demander si elle les viole complètement quand elle engendre des monstres. Déjà Montaigne avait dit: «Les monstres ne le sont pas à Dieu, qui voit dans l'immensité de son ouvrage l'infinité des formes qu'il y a comprises.» Geoffroy prouve que le sceptique disait vrai, et que les monstres étaient soumis aux mêmes lois que les êtres réguliers. Son fils a, depuis, confirmé, éclairci et développé ses idées dans son ouvrage sur la tératologie. C'est dans ce livre et dans les travaux de M. Serres qu'il faut chercher les principes qui ont guidé Geoffroy et les preuves sur lesquelles il s'appuyait, car lui-même ne les a que sommairement indiqués dans des mémoires et des fragments isolés et sans connexion apparente, mais dont le savant, auquel ces hautes questions sont familières, reconnaît aisément la filiation.