Era dunque una rappresaglia contro la rivoluzione già morta, una nuova fase di guerra a esterminio.
Ma poichè il numero di un popolo è sempre superiore a ogni smania omicida di tirannia, e nella presente civiltà non è nemmeno più permessa la decimazione di un villaggio, la persecuzione si accaniva contro i capi più illustri per grado o per ingegno, comprando contro di essi accuse di tradimento verso la rivoluzione, e cercando contemporaneamente di coglierli prigioni. Senonchè la maggior parte di essi avevano esulato o esulavano protetti dal popolo, che diffidente degli stessi governi cui sosteneva, simpatizzava con loro banditi e proscritti. Questo sentimento ostile del popolo alla legge, e che oggi dopo tanta libertà di costumi e di ordini non accenna a scemare, basta di per sè a qualificare i governi che lo hanno prodotto nella sua coscienza.
L'odio più vivo del papato era naturalmente a Garibaldi, maggiore di Mazzini nella coscienza popolare dopo il terribile dramma della ritirata da Roma. Vinto ed ucciso, la riprovazione religiosa, che colpiva la repubblica romana nella coscienza dei più lo avrebbe pareggiato a tutti gli eroi di quell'assedio; non vinto e vivo e in salvo grandeggiava sul disastro di Roma e pareva promettere al mondo una rivincita. Nessun delitto era quindi peggiore dell'averlo salvato. Garibaldi era la negazione di Roma papale.
Colpirlo nell'idea che incarnava, mostrandosi onniveggente ed implacabile contro coloro che l'avevano in lui aiutata, doveva essere necessariamente il programma di Roma. Gli uomini d'arme che avevano accompagnato Garibaldi dall'America, i politicanti che lo seguivano ora nell'esilio, non erano per lei colpevoli che a mezzo, giacchè negando tutte le religioni, la loro negazione di Roma perdeva ogni valore nella falsità del loro ateismo. Forse, anzi senza forse, Roma guadagnava alla loro guerra.
I nemici veri, quelli che occorreva ad ogni modo distruggere, erano i nuovi cattolici o i vecchi cristiani che dichiarando incompatibile colla religione di Cristo l'attuale costituzione pontificia, intendevano a rimutarla nella teorica e nella pratica: Roma papale non poteva perire che per opera loro.
La fucilazione di Ugo Bassi era quindi stata una dichiarazione di guerra.
Ma Don Giovanni aveva nuociuto al Papa bene altrimenti del barnabita.
Bisognava quindi arrestarlo e condannarlo. Difficoltà non se ne sarebbero incontrate. Il governo del Granduca, che aveva consegnato Renzi e cercato di consegnare Gavazzi al principio della rivoluzione, questa prostrata, e sostenuto dagli Austriaci, acconsentirebbe di buon grado ad abbandonare in Don Giovanni un suddito altrettanto nocivo nel passato che pericoloso per l'avvenire. Lo stesso abito sacerdotale della vittima avrebbe reso più facile il sacrificio. Pio IX avrebbe potuto come Papa chiamarlo a Roma e trattenervelo come Re. Nessuno avrebbe protestato.
Ma anzitutto premeva impedirgli ogni esercizio del culto. Il popolo, che lo sapeva salvatore di Garibaldi, doveva riconoscerlo quanto prima per uno scomunicato da Roma sotto pena di credere che Don Giovanni avesse fatto bene a salvare Garibaldi e che questi avesse ragione togliendo al Pontefice ogni diritto politico. Nulla è più sicuro ed inflessibile del buon senso popolare. Se il Papa non condannava coloro che avevano aiutato Garibaldi a cacciarlo da Roma e a dichiararlo decaduto dal trono, abdicava alla propria sovranità: se un semplice prete poteva contraddirla, tenendo per la rivoluzione contro il Papa senza venir meno ai propri principii o alterare il proprio carattere, non era vero che la rivoluzione, opera del diavolo, fosse nata e vissuta nell'errore.
Il clero lo aveva troppo affermato per riparare adesso dietro una distinzione scolastica o una riflessione politica. L'anima popolare violentata da troppi dubbi esigeva una soluzione netta; forse ai più era indifferente che Don Giovanni rimanesse libero o finisse come Ugo Bassi, ma qualunque incertezza da parte del Pontefice, allora sostenuto da tutte le nazioni europee, sarebbe sembrata una confessione di torto.