Intanto Macdonald accorse verso Lombardia al soccorso di Moreau, mentre intorno tutta la campagna napoletana arde e mareggia. Coll'esercito diviso in due corpi, egli si dirige rapidamente su Roma; costretto, saccheggia San Germano, brucia Isola; a Roma lascia artiglierie e salmerie, difilandosi rapido per la Toscana. Quivi pure la sollevazione regia e religiosa ha sconvolto Arezzo e Cortona. Macdonald prende questa, minaccia quella, ma incalzato dalle necessità sempre più urgenti di Moreau, si affretta a calare arditamente per la valle del Panaro. Era tempo ed era tardi. Moreau, riparato in Liguria per avere almeno libera la ritirata in Francia dal Colle di Tenda, era cinto dagli austriaci di Melas e dai russi di Suvoroff: tutto sembrava perduto per la Francia nell'alta Italia. Scherer, surrogato a Joubert sul principio della guerra e rotto due volte da Kray a Verona e a Magnano, aveva già dovuto cedere il comando supremo a Moreau, per fuggire fra le esecrazioni dei republicani. Moreau, raccattando l'impero sopra un campo di sconfitta e non riuscendo ad impedire la congiunzione di Suvoroff cogli austriaci, sconfitto da forze preponderanti a Cassano, era stato costretto ad abbandonare Milano ai vincitori e a riparare oltre il Po in Alessandria. Milano, invasa dai confederati, li aveva acclamati stordendoli di feste e di servilità: si erano cacciati, arrestati i republicani; si era invocata la ripristinazione della servitù austriaca con omelie e Te Deum, mentre d'un tratto di penna Francesco II condannava quattrocento giacobini a trascinare le navi alle bocche di Cattaro; primo martirio che doveva destare nella coscienza italiana l'odio di patria allo straniero.
In Piemonte sollevazioni sanguinarie avevano preceduto la conquista di Suwaroff; quindi Torino capitolava e il Fiorella, ultimo difensore della rocca, resisteva solo per soccombere onorevolmente.
Tutta la cisalpina e il Piemonte erano dunque perduti per la Francia e per la rivoluzione. I confederati avevano ripreso Roma scacciandone il generale Garnier; nella Toscana reggeva per il granduca, riparato a Vienna e riacclamato dalla plebe, un Sommariva.
Quindi il generale Macdonald, scontrati austriaci e russi alla Trebbia, mentre Moreau ingrossato di qualche aiuto mandava Victor a tendergli la mano, moltiplicando invano arte e valore, ne forza il passo in tre battaglie, e sempre sanguinosamente respinto, minacciato d'estrema rovina, con meravigliosa ritirata sfugge per la Toscana in Liguria. Il generale Moreau, costretto ad avanzarsi, solo, con mossa fortunata ed ardita libera Tortona dall'assedio; ma la fortuna francese ruina egualmente d'ogni parte. Tutte le fortezze capitolano; Joubert, rimandato generalissimo in Italia con nuovo esercito, è sconfitto ed ucciso alla prima battaglia di Novi; Championnet, che si accinge a vendicarlo, muore anche più infelicemente dal dolore di essere rotto; Mantova si arrende a Kray, Clément deve cedere Cuneo, Mounier perdere Ancona.
La ristorazione regia e religiosa è compiuta: solo il Piemonte e lo stato pontificio non vi si ricompongono nella vecchia integrità. Suvoroff, già risalito verso la Svizzera, dove l'indomabile Massena lo attende per distruggerlo, aveva indarno voluto ricostituire il Piemonte per ridarlo a Carlo Emanuele, sebbene questi con insigne viltà non avesse osato durante la guerra sbarcare dalla Sardegna per mettersi alla testa delle proprie truppe. Ma l'Austria, quasi sollecitata da tanta ignavia, aveva con astuta ingordigia sventato ogni disegno dell'onesto barbaro, badando invece ad occupare con uguale intenzione di conquista le tre legazioni della cisalpina. Così e colla Venezia, la Lombardia e mezzo il Piemonte avrebbe alzato contro Francia un baluardo imprendibile. Suvoroff, troppo ingenuo politicamente per comprendere tale giuoco, abbandonava quindi l'Italia, da lui riconquistata con effimere vittorie alla reazione europea, per vanire fra le grandi Alpi come un ciclone incomprensibile ed inutile.
Il moto republicano sembrava cessato.
Infatti se nella sua prima irresistibile espansione dovuta alle vittorie francesi il popolo si era appena mosso, ora invece si cacciava con impeto universale nella reazione provocata dall'Austria. Il grido di «morte ai giacobini» risonava per ogni dove; da Napoli i furori assassini si erano propagati ad Arezzo, a Cuneo, a Cortona, a Genova, alle Romagne, a Milano, a Torino, a Roma. I preti soffiavano, ma l'odio alla rivoluzione era istintivo nell'anima popolare. Le rapine e le taglie francesi sovra una nazione tanto abituata ai dolori delle servitù straniere non bastavano a spiegare l'unanime ferocia di quest'odio: il fervore della superstizione, giacchè vera passione religiosa in Italia non fu mai, poteva concorrere nella furia della reazione, ma era insufficiente a promuoverla. D'altronde la coscienza politica della moltitudine non aveva patito dai francesi violazione nè di nazionalità nè di libertà, mentre tutti i governi antecedenti non erano meno stranieri ed oppressori, e a Napoli s'aggravava la peggiore delle tirannidi, in Lombardia pesava l'Austria, in Piemonte gli ultimi re stringevano tutti i freni, e nello stato pontificio lo sgoverno dei papi sgomentava persino la servilità lodatrice degli scrittori.
L'unanimità delle violenze popolari era dunque prodotta dall'urto ideale della rivoluzione francese nella coscienza storica dell'Italia cristallizzata nelle forme monarchiche e papali. La condizione spirituale ed economica del popolo vi era infatti confortata dal lungo uso della servitù e dalla quiete egoistica, nella quale i governi lo lasciavano senza chiamarlo mai all'armi o costringerlo a faticare per le vie del progresso. E poichè l'abbiezione come ogni altro modo della vita ha i propri vantaggi, e crea col tempo abitudini ribelli ad ogni mutamento, una specie di benessere animale dava alla coscienza popolare l'illusione di una felicità, che nessun altro straniero o padrone avrebbero avuto diritto di turbare. Le catastrofi e le guerre immense della Francia per aver fatta la propria rivoluzione, ingigantite e falsate dai racconti di tutti, spaventavano il popolo. I giacobini italiani, costretti a violare ogni regionale individualità senza poter nemmeno accennare alla costituzione di uno stato libero ed uno, sembravano naturalmente pazzi e parricidi, giacchè il loro programma imponeva la guerra contro tutti, persino in casa; e il popolo non voleva battersi. La rivoluzione, concepita nella fatalità della propria idea e del proprio processo, significava un aumento di miseria per incalcolabili spese militari, e il popolo era anche troppo povero; significava l'abbandono della religione, giacchè il papa era contro la rivoluzione, e il popolo era superstizioso; significava un governo di borghesi arruffoni e venturieri, poichè i pochi buoni erano sconosciuti al volgo ignorante, e il popolo, padroni per padroni, preferiva gli antichi riveriti per tradizione e che sapeva fiacchi. Poi i principi per spingerlo alla reazione lo avevano sguinzagliato, lasciando libera carriera a tutti i suoi istinti bestiali, mentre i giacobini nella loro prima espansione non avevano parlato che di libertà e di ordine con frasi così classiche e con astrazioni così vuote che il popolo non vi aveva capito gran cosa. La sua coscienza politica non era ancora che napoletana, ligure, lombarda, toscana, veneta, così contornata e limitata da ognuno di questi stati frammentari che la necessità della loro federazione non avrebbe potuto essere intesa che dai principi, e quella più alta dell'unità offendeva mortalmente tutte le gelose individualità regionali. Così, quando alla prova dei fatti, unico argomento per la masse, i giacobini non seppero nè piantare governi liberi, nè attuare prontamente riforme sociali, che alleviando le miserie popolari convincessero le coscienze con un improvviso benessere; e le spese, e le taglie e tutti i mali della guerra crebbero sugli antichi dolori, il popolo, non vedendo nella rivoluzione che un peggioramento, insorse a brigantaggio intorno agli eserciti degli alleati che si battevano per i principi. Di questi nessuno seppe essere nè re, nè soldato, nè uomo. Il problema dell'unità e della libertà italica non esisteva ancora per il popolo.
I liberali furono compassionevoli per incapacità politica e per tragici martirii. Erano scienziati, artisti, belli spiriti, liberi pensatori, non concordi in una sola idea, non affratellati in un unico sentimento, non rannodati da alcun metodo. Servi quanto il popolo e dal popolo disertati, domandavano alla Francia l'unità, la libertà, l'indipendenza e quella personalità politica, che ognuno deve creare in se stesso; e poichè la Francia, dibattendosi essa medesima nell'antitesi dei propri dati rivoluzionari colle proprie tradizioni di conquista e colle necessità dei propri interessi immediati, non poteva concedere una costituzione senza violarla considerando fatalmente i paesi liberati come soggetti, i giacobini italiani strillavano all'abbandono e al tradimento. Avrebbero voluto tutto senza far nulla: stipulavano un presidio francese nella cisalpina invece di attuarvi la coscrizione come in Francia; a Napoli ricusavano d'armare i lazzari volonterosi e invocavano dal direttorio un esercito; le poche legioni lombarde unite a Scherer nel primo scoppio della reazione furono insignificanti di opere e di aiuto, le liguri mandate da Moreau verso Macdonald alla Trebbia furono disperse al primo urto; Lahoz, il miglior generale italiano nella patria dei più grandi generali del mondo e nel paese che aveva vissuto dieci secoli di guerra e per la guerra, passò prontamente e senza gloria dai rivoluzionari agli imperiali. L'altro generale italiano, Pino, che lo prostrò in uno scontro ariostesco all'assedio di Ancona, era egli stesso guerriero di scarso valore. Non un diplomatico o uno statista apparve nelle tante republiche improvvisate, che richiamasse la gloria politica del medio evo e del rinascimento. Rivoluzione e reazione rimasero allo stesso livello intellettuale; la viltà dei principi fu compensata dalla declamatoria insufficienza o dall'inutile solitario eroismo dei rivoluzionari.