Però la sorpresa essendo fallita, l'assalto diventa al tempo stesso impossibile ed inevitabile.
La guerra, appena incominciata, sta per essere finita colla presa della capitale; la battaglia si muta in delirio. I garibaldini stremati, male armati, poco ordinati, si slanciano all'assalto; tutto cede al loro impeto; entrano travolti dalla fuga del nemico nella città. Ma il presidio, forte di quindicimila uomini, resiste ancora dominando e tuonando dal castello colle artiglierie; la popolazione tituba; s'improvvisano barricate. I borbonici bombardano; per tre giorni una bufera di fuoco e di sangue rugge per l'antica metropoli, drammi sublimi ed orribili vi si amalgamano, monaci e suore incuorano i ribelli; i regi sguinzagliati nelle vie si ostinano alla difesa e si vendicano colla strage. I generali Bosco e Mekel delusi a Corleone ritornano su Palermo, la flotta dal porto fulmina le vie diritte della città; le munizioni scarseggiano; i palermitani, malgrado il crescente entusiasmo, non si armano e non combattono abbastanza. Per un momento tutto parve perduto. Una fregata sarda, alla quale Garibaldi chiese aiuto di munizioni, lo rifiutò mentre l'ammiraglio inglese Mundy con magnanima improntitudine imponeva alla flotta borbonica di cessare il fuoco contro la città. Fortunatamente la viltà del generale borbonico Lanza ridonò la vittoria a Garibaldi, domandandogli un armistizio per ventiquattro ore e prolungandolo poi per tre giorni. In questo tempo venne da Napoli l'ordine di capitolare, sgombrando Palermo. Lo sgombro durò tredici giorni, dal 7 al 20 giugno.
Allora a Palermo tra una festa frenetica, nella quale il popolo smantella notte e giorno l'antica fortezza, si allestisce il governo. Francesco Crispi, il più ostinato persuasore dell'impresa, ne diviene braccio e mente. Anzitutto bisogna spingere oltre la rivoluzione, propagandone l'entusiasmo che alla necessità dei primi sacrifici sta per agghiacciarsi, e domare ripetute atroci reazioni di brigantaggio, nelle quali si prepara forse una regia sollevazione. La minaccia della coscrizione sureccita già gli animi della moltitudine; l'egoismo di una mal celata autonomia vorrebbe sottrarsi alle spese di denaro e di sangue necessarie al compimento della rivoluzione. Fortunatamente, i comitati organizzati per tutta Italia e diretti da Agostino Bertani suppliscono miracolosamente ai bisogni. La Società Nazionale del La Farina, d'accordo con Cavour non aveva dato che poche migliaia di lire: Bertani ne raccolse presto ottocentocinquantamila. Fra difficoltà politiche, economiche, commerciali, militari, tecniche, questo medico nel quale la scienza sperava un illustre e la patria trovò un eroe, seppe improvvisarsi organizzatore come Carnot. Alla prima spedizione dei Mille ne seguirono a minimi intervalli altre. Il disegno, suggerito da Garibaldi prima della partenza e caldeggiato con disperato amore da Mazzini, di una invasione negli stati pontifici per discendere dagli Abruzzi nel Napoletano, mentre il dittatore vittorioso lo risalirebbe dalla punta delle Calabrie, diventava l'inevitabile corollario della spedizione di Marsala, dopo la vittoria di Palermo. Per assicurare la Sicilia bisognava assalire il Reame.
Il fermento aumentava nel paese: volontari accorrevano da ogni parte a Genova per salpare verso il sud, e s'addensavano sui confini dello stato pontificio a minaccia; nell'esercito piemontese spesseggiavano le diserzioni; ufficiali e colonnelli entrativi colla rivoluzione si dimettevano per cacciarsi nella nuova guerra; il moto unitario si dilatava veemente ed irresistibile. Mazzini, sempre più infervorato per un pronto assalto nello stato pontificio, s'era condotto a Genova, e vi operava, nascosto dall'amore dei popolani alla vigilanza della polizia piemontese; d'accordo con Bertani, cercava un altro capitano, cui affidare l'impresa del centro. Medici era già partito con 2000 uomini per la Sicilia; il 2 luglio Cosenz lo seguì con altrettanta truppa; poco dopo il colonnello Corte vi sbarcò con un terzo reggimento.
Garibaldi, agile fra tante difficoltà politiche del governo improvvisato, si sbarazza del La Farina. Poichè la gelosia dell'ascendente guadagnato da Crispi nell'isola spingeva questo agente cavouriano a precipitare le annessioni, per impegolare la rivoluzione entro un immediato impianto di governo piemontese, il dittatore lo imprigiona, lo rimanda in Piemonte, e nomina al suo posto Agostino Depretis, abile parlamentare, più atto ad intendersi col Crispi. Naturalmente questa improvvisazione di governo procede sbattuta fra le contraddizioni delle tendenze piemontesi e rivoluzionarie: quelle, temendo di una dichiarazione di autonoma o di una proclamazione republicana malgrado la ripetuta abdicazione di Mazzini e il motto di Garibaldi: «Italia e Vittorio Emanuele», tirano a sminuire l'opera e l'importanza del dittatore. Si teme il contagio dell'entusiasmo, si diffida sopratutto dei consiglieri di Garibaldi, tutti republicani o quasi; ma questi, più generosi e trascinati dalla fatalità dell'impresa, badano invece ai mezzi di compierla; hanno forse in cuore riserve democratiche, ma sentono già che la monarchia è invincibile.
La guerra ricomincia. Colla stessa rapidità della prima mossa da Calatafimi a Palermo, Garibaldi si dirige dalla capitale su Messina: il suo esercito diviso in tre colonne, traversando l'isola con marcia convergente, deve riunirsi all'assalto della grossa città, dalla quale il generale Bosco, unico prode fra i regi, s'inoltra minacciosamente. La battaglia scoppia (20 luglio) a Milazzo, ostinata, sanguinosa, perchè i borbonici questa volta si battono davvero entro formidabili posizioni: Garibaldi stesso ci resterebbe prigioniero, se Missori e Statella, due ufficiali delle sue guide, con valore ariostesco non lo salvassero da un viluppo di cavalieri; ma finalmente l'irresistibile valore dei volontari trionfa. Milazzo è presa, Messina poco dopo capitola.
Ultime resistenze dei governi borbonico e piemontese.
La Sicilia è conquistata; ma staccata dal Reame e annessa al Piemonte non sarebbe che un'altra Sardegna. L'impresa di Napoli diventa fatale, l'unità italiana è imminente. A Napoli il meraviglioso approdo di Marsala, la presa di Palermo, la cacciata dei 30,000 regi esaltano le fantasie; gli echi della stampa europea, sonante di inni al vincitore, coprono le critiche più ostinate; l'esercito, diffidente dei generali e mal disposto a guerra, tituba; la corruttela di tutti gli impiegati moltiplica i tradimenti alla vigilia del pericolo; la corte in preda al terrore non osa alcun partito. Russia e Prussia non le prestano più che un appoggio morale, l'Austria non ardisce ridiscendere in guerra, Napoleone III le consiglia di ridare la costituzione secondando l'idea nazionale. Troppo tardi! Il giovane re, incapace di mettersi alla testa dell'esercito e di gettarsi alle campagne per infiammarne la superstizione politico-religiosa, soffoca fra l'imbroglio dei partiti. La costituzione concessa il 25 giugno non contenta e non persuade alcuno; nel ministero composto dallo Spinelli compaiono uomini ignoti; De Martino, scaltro diplomatico, assume il portafoglio degli esteri, don Liborio Romano, settario amnistiato da Ferdinando II nel 1854, prende la direzione della polizia. Naturalmente i dissidenti liberali aumentano d'importanza e di numero; patrioti esuli o prigionieri ritornano frementi di vendetta e di libertà; la plebaglia venduta ai sanfedisti tenta indarno una delle solite reazioni al grido di: «Viva il re e abbasso la costituzione!», irritando maggiormente gli animi di tutti i partiti contro la corte. In questa pure scoppiano dissidi: i conti di Aquila e di Siracusa liberaleggiano, quello di Trapani invece si accanisce a reazione. La milizia civica, tosto costituita, tutela la sicurezza publica, mentre il ministro di polizia si acconta coi liberali, e mercenari stranieri difendono ancora la reggia. I comizi indetti pel 19 agosto e il parlamento convocato pel 10 settembre sembrano a tutti l'ultima insidia e l'estrema farsa della decadenza borbonica; le defezioni aumentano tutti i giorni; il generale Nunziante, già insanguinatosi tristamente in repressioni contro i patrioti e poco dianzi offertosi al re per spazzare dalla Sicilia i filibustieri di Garibaldi, per gelosia del generale Pianell nominato ministro della guerra, si dimette con ignobile teatralità dall'esercito, dirigendogli un proclama di rivolta.
Naturalmente la politica del nuovo governo napoletano non poteva essere che un'alleanza col Piemonte per resistere a Garibaldi. Il ministro Manna e il barone Winspeare, mandati a Torino per concertare una lega, offerivano di riconoscere le annessioni dell'Italia centrale alla Sardegna, di costituire nello stato pontificio due vicariati, uno delle Legazioni pel re di Piemonte e l'altro delle Marche pel re di Napoli, libera la Sicilia di convocare il proprio parlamento secondo la costituzione del 1812 per darsi governo proprio con un principe della casa regnante per vicerè, alleanza offensiva e difensiva contro l'Austria per la futura liberazione di Venezia.
Era l'antico disegno cavouriano, riproposto a Cavour quando già l'impresa dell'unità cominciava a trionfare; ma l'abile statista, pur fingendo di non respingere quest'alleanza, seguitava a trattare coi liberali di Napoli, per tenersi aperta la via a maggiori speranze. Puntellare il trono dei Borboni in tal momento sarebbe stato uno scrollare le basi di quello del Piemonte, scriveva egli apertamente in una nota al legato sardo a Pietroburgo. La sua intensa preoccupazione era invece la rivoluzione di Sicilia. Garibaldi, per forzare la mano al governo piemontese, vi ritardava le annessioni, dichiarando che si farebbero ad impresa finita: bisognava ancora conquistare Napoli, e dopo Napoli, Roma. Il partito rivoluzionario faceva miracoli d'organizzazione e di valore; esercito e governo borbonico non potevano presentare oramai seria resistenza; la conquista di tutto il Reame, compiuta in due mesi da Garibaldi, avrebbe potuto produrre un ultimo duello fra republica e monarchia. Cavour sapeva Garibaldi incapace di tradire; ma il solo principio politico del grande dittatore era il rispetto della volontà popolare, e se questa avesse proclamata la republica, Garibaldi ne sarebbe stato l'invincibile generale. Quindi il disegno di Cavour non poteva essere che doppio: impedire a Garibaldi il passaggio sul continente, lasciando compiere ai Borboni l'ultimo esperimento costituzionale ed aspettando dalla prima complicazione che il Piemonte potesse impadronirsi di Napoli, o promuovervi, prima ancora che Garibaldi vi entrasse vittorioso, una rivoluzione in senso monarchico-unitario.