Mentre la guerra continuava a travagliarsi con varii ma deboli accidenti, in Corsica, venne surrogato dalla signoria genovese al commissario Grimaldi il marchese Giuseppe Doria, il quale, come giunse in Bastia, mise innanzi ragionamenti di concordia, e procurò di indurre i popoli all'obbedienza colla dolcezza; ma la dolcezza del Doria non valse più dell'acerbità del Grimaldi.
La sperienza ammoniva i Corsi che dopo la morte del Gaffori niuno restava a cui con animi concordi la nazione concorresse, e che potesse stagliare quei gruppi di tante fazioni. Pure sapevano che la discordia mena a servitù. Di Matra poco si fidavano, che anzi un fiero sospetto era venuto loro in cuore, ed era, che avesse partecipato nella congiura per dar morte a Gaffori. Degli altri capi, nessuno avea tanto credito che riunire potesse in un sol volere ed in un solo sforzo e chi dissentiva e chi tiepido se ne stava. Volsero gli occhi in Corsica, li volsero fuori, per iscoprire se uomo al mondo vivesse, il quale fosse e sicuro per desiderio di libertà, e capace per ingegno, ed ammaestrato per esperienza di cose militari, onde di lui tanto promettere si potessero che divenisse liberatore e salvatore della patria. Sovvenne loro che vivea in Napoli, ai servigi militari di quella corona col grado di colonnello, Giacinto Paoli, antico loro capitano, che, disperate le cose dell'isola nel 1739 pei successi guerrieri di Maillebois, si era in quel regno ritirato. Aveva con sè allora il suo figliuolo Pasquale, che nella milizia napolitana occupava il grado di tenente, e nel quale, sebbene ancora nella giovane età di ventidue anni, risplendevano segni di animo libero ed invitto.
Qual fosse questo Pasquale, lo dice un autore anonimo, che scrisse con verità e senza adulazione ed odio per nissuna delle parti le cose di Corsica. Avuta il padre di lui favorevole accoglienza alla corte di Napoli, si pose in grado di dare al figlio la migliore educazione di cui potesse far copia quella città. Quivi fatti adunque Pasquale i suoi studii, tra' quali quelli di etica sotto Antonio Genovesi, senza dubbio uno de' principali ornamenti d'Italia, a ciò non si stette; ma risoluto di portare più oltre i passi nel sapere, quantunque entrasse al servizio militare assai per tempo, la sua grande ambizione fu d'informarsi a fondo degli antichi Stati di Grecia e Roma. Così ei si pose perfettamente in possesso Tucidide, Polibio, Livio e Tacito; nè per ostentazione, ma per uso, imperciocchè si studiasse di far sue proprie le loro cognizioni, ed ei medesimo confessasse essere sua speranza di formare sè stesso sui modelli d'uomini tali quali furono Cimone ed Epaminonda. E, a vero dire, egli si era loro avvicinato quant'è mai possibile nell'eleganza della condotta e nell'amore delle lettere, egualmente che in un appassionato desiderio di servire la sua patria. Trovossi in procinto di avere un reggimento, e lo tenne sempre come la più grande sventura che gli potesse accadere, come quella che gli dovea impedire di andar a liberare la sua patria dai Genovesi, come ebbe sempre in pensiero.
Ad una nazione incolta stava apprestando la provvidenza un uomo colto, ad uomini furibondi un uomo di pacato ingegno, a guerrieri, che meglio sapevano combattere le battaglie che non prepararle, un guerriero, in cui l'arte eguagliava il valore. E per frenare un'incomposta e disordinata furia, Paoli era molto accomodato; poichè, sebbene da Corso odiasse i Genovesi, d'indole sedata era, ed in lui l'operare procedeva piuttosto da fortezza abituale che da impeto passeggiero e facile a svanire. In somma, vero e sincero parto del secolo decimottavo fu Paoli, ma però prima che il secolo dagli abbaiatori e dagli ambiziosi si guastasse. A Pasquale Paoli pertanto pensarono i Corsi, e lui delle necessità della patria ammonirono, e a lei il pregarono che soccorresse.
Il dabbene e forte giovane vide qual difficile impresa gli si apprestava. La ferocia e l'ostinazione delle parti erano malagevoli, e forse impossibili, a domarsi; Genova ricca e forte in paragone della Corsica, per peggiore sua sorte notata di ribelle; le ambizioni degli antichi capi, massimamente quella del giovane Mario Matra, più ambizioso di tutti; nè ignorava che i capi de' Corsi, se infelici nell'amministrare la guerra, perdeano con essi la causa; se felici, erano a tradimento ammazzati: i casi di Sampiero e di Gaffori erano tali da spaventare qualunque più intrepido amatore della sua patria. Ma vinse in Paoli il desiderio della gloria, vinse il desiderio della libertà: rispose adunque essere parato, accingersi volentieri all'alto proposito, tutto dare sè stesso alla salute della patria.
Navigato felicemente, prese Pasquale Paoli terra a foce di Golo a dì 29 aprile; e soffermatosi alquanto d'ora al vescovato, volse poi i passi a Rostino, dove era nato. Come prima si sparse il grido essere arrivato il figliuolo di Giacinto, figliuolo degno di degno padre, concorsero i popoli bramosamente a vederlo, sperando che, se la somma delle cose loro reggesse, conservare potrebbero il nome e la libertà corsa.
Nel mese di luglio fecesi, per mezzo de' capi eletti, un parlamento di tutta la nazione a Sant'Antonio di Casabianca, paese della pieve d'Ampugnani. Paoli, trovato ne' cittadini riscontro ai suoi desiderii, v'intervenne. Fu con consentimento unanime chiamato generale delle armi e capo della parte economica e politica del regno, con autorità piena e libera, fuorchè nei casi ne' quali si trattasse di materie di Stato, sopra cui deliberare non potesse senza l'intervento di due consiglieri di Stato e dei rispettivi rappresentanti di ciascuna provincia. Legossi per fede, e giurò, in cospetto della nazione a parlamento adunata, che fedelmente ed in benefizio della libertà le potestà userebbe che la patria gli dava.
In sul limitare stesso del preso magistrato poco mancò che Paoli non perisse. L'invidia degli emuli gli fu subito addosso. Mario Matra, sopra tutti, giovane, siccome si è osservato più sopra, ambizioso e feroce, e per nascita nobile e per sostanze dovizioso, con grave sdegno aveva sentita l'esaltazione del capitano generale, ed ogni mezzo andava macchinando ed ogni via cercando per torgli quella superiorità, cui cotanto egli odiava. Immenso odio in sè medesimo annidando, dovunque vedeva un uomo odiatore di Paoli; od in qualunque modo amatore di risse e di scandali, tosto a lui ricorreva, il tentava, e contro l'emulo lo spingeva. E pretesseva anche parole di libertà, accusando il capitano generale del volersi servirò dell'autorità datagli per istabilire la tirannide. Sommovitrici parole sono sempre queste pe' popoli, più sospettosi di perdere la libertà, che savii per conservarla. Ma i popoli corrono dietro, come pecore, agli ambiziosi che gridano tirannide, quando c'è libertà. Matra gridava e chiamava Paoli tiranno; non pochi si lasciavano sollevare dagli umori torbidi di questo commovitore, intorno a cui si faceva concorso. Ai sospetti, alle maldicenze si aggiunsero alcuni privati sdegni. Il vecchio vizio, vogliam dire l'amore della vendetta, tuttavia predominava, e per quanto avessero fatto i governi precedenti per estirpare questa velenosa pianta, nuovi rampolli ella sempre mandava fuori, se non peggiori, almeno altrettanto maligni dei primi. Solo aveva tregua il feroce talento quando i popoli andavano alle battaglie contro i Genovesi; ma finite le battaglie, i Corsi si ammazzavano partigianamente fra loro.
Paoli, che intendeva non solamente a libertà, ma ancora a civiltà, applicò tosto l'animo a sanare questa peste. Cominciò colle persuasioni, cui davano peso il suo nome, l'amore dei popoli, la fresca autorità; che non mai dal collo si leverebbero Genova, se con le proprie mani continuassero a distruggersi; fare loro, insanguinandosi nel sangue corso, ciò appunto che i loro nemici desideravano; non le mani raffreddate dalla morte, ma le vive alcuna cosa potere contro gli oppressori, nè mai esservi di mani vive troppa copia contro di chi tanto può. Quindi, dalle parole venendo ai fatti, stabilì in ciascuna provincia, ed in altri luoghi che gli parvero opportuni, certi magistrati con facoltà di giustizia pronta e sommaria a terrore de' feritori e degli omicidi. La giustizia sempre è più rispettata quando ella è più imparziale, e si esercita egualmente senza eccezione di persone, quali esse sieno e di qual nome si chiamino. Ora accadde che un parente di Paoli, trovato reo di omicidio, fu sentenziato a morte; i parenti pregavano per la grazia; i popoli stavano a vedere che si facesse. Comandò che si facesse giustizia, il reo fu passato per l'armi: fruttifero esempio. Da allora in poi divennero rari gli omicidii, benefizio immenso del giovane capitano chiamato a sanazione della Corsica, il quale maggiormente poscia il confermò con andar esso stesso girando per l'isola, principalmente col fine di vedere se si ministrasse buona e retta giustizia.
Ma un altro caso avvenne che fu cagione di atroci sdegni, e, destando molti a nemici pensieri, accrebbe forza alla fazione del Matra. Trovandosi Paoli a Campoloro, bandì dell'isola e castigò colla confisca de' beni un Ferdinando Agostini, reo di tentato omicidio. Era parente di costui Tommaso Santucci di Alessani, stato poc'anzi uno de' quattro membri del consiglio segreto di Stato. Sendo personaggio d'importanza, credettesi di ottenere facilmente la remissione della pena, ed a tal fine pregò il capitano generale. Ma Paoli, che al pro di tutti non di alcuno solamente mirava, e che già un suo parente stesso aveva lasciato al corso della giustizia, la preghiera inflessibilmente sostenne, e per quanta pressa gli si facesse intorno, non volle consentire. Santucci sdegnato, e segnatasi altamente nell'animo l'ingiuria che si credeva di avere ricevuto, andò ad unirsi a Matra, a cui già erano venuti, per odii occulti o palesi o per mera ambizione, altri principali Corsi, per modo che già formavano un'intera intelligenza considerabile. Vi vennero un secondo Santucci, un Angelo Colombani, un Cotani, un Paganelli con molti seguaci, ed adunatisi nel convento dei Francescani, chiamarono loro capo contro Paoli il Matra. Questo moto si andava ingrossando per la giunta di nuovi settarii e di ogni facinoroso avido di fare il suo pro nelle turbate cose.