Ma ciò che non aveva fatto il senato senz'animo e senza forza, il faceva il popolo. Si adunava, correndo da ogni lato, principalmente dal porto, una gran massa di popolo minuto, carbonari, e facchini massimamente, ed opponendo allo improvviso grida a grida, nappe a nappe, armi ad armi, rendevano dubbia una vittoria che già pareva certa. Facevano risuonare per tutta la città voce festose ad un tempo e minacciose. Gli amatori del governo antico, siccome quelli che avevano a combattere coi libertini bene armati, anche di artiglierie a cagione della presa dell'arsenale, avvisavano d'impadronirsi dell'armeria, nella quale essendo entrati, distribuite a ciascuno l'armi, con ardore inestimabile si mettevano a correre contro la parte contraria. A loro si accostavano i soldati regolari rimasti fedeli alla repubblica, e fra questi alcuni che sapevano maneggiar le artiglierie. Si attaccava una battaglia asprissima, dove i padri combattevano contro i figliuoli, i fratelli contro i fratelli, ed il suono delle armi civili, già da lungo tempo insolito, si udiva da lungi ne' più segreti recessi de' liguri Apennini. Durava la battaglia parecchie ore; prevaleva finalmente la parte del senato, ricuperati, non senza molta fatica e sangue, dagli uomini fedeli a lui tutti i posti. Il quale fatto saputosi da' Morandiani, era cagione che precipitosamente abbandonassero l'impresa. La maggior parte fuggirono o nelle private case si nascosero: i più animosi, ristrettisi insieme, si facevano sforzatamente strada al ponte reale, che si teneva ancora per loro mediante il valore di Filippo Doria. Li seguitavano i vincitori, e s'accendeva a questo ponte una battaglia ostinatissima, combattendo dall'un dei lati la disperazione, dall'altro il furore, ed il numero ognor crescente delle genti. Erano finalmente oppressi i Morandiani con ferite e morte di molti: morì Doria medesimo. Usavano i vincitori molta crudeltà come nelle guerre civili: il cadavere di Doria fu lunga pezza ludibrio a quegli uomini infieriti.
In mezzo a quella furia perirono parecchi Franzesi, parte mescolati coi sollevati, parte non mescolati. Ciò fu in mal punto, perchè Buonaparte ne prese occasione per disfare il governo. Si vegliava la notte fra il dolore de' morti, il terrore de' vivi: s'accendevano i lumi alle case da chi per gioia, da chi per paura, perchè i carbonari minacciavano. Il senato vincitore per opera altrui, di nuovo si adunava per consultare sulle turbate cose. Mostravasi Giacomo Brignole doge al popolo, da cui era veduto e salutato con grandissimi segni di allegrezza. Faipoult, veduto che la forza de' novatori era stato indarno, tornava sull'esortare e più accesamente di prima insisteva sulla necessità delle riforme.
Si stava intanto per la signoria in grandissima apprensione del come l'avrebbe sentita Buonaparte. Gli scriveva il doge in nome del senato lettere molto sommesse di rammarico e di scusa pei Franzesi uccisi. Arrivavano, portate da Lavallette, aiutante del generalissimo, risposte funestissime: non potere, scriveva, la repubblica franzese tollerare gli assassinii e le vie di fatto di ogni sorte commesse contro i Franzesi in Genova da un popolo senza freno, suscitato da coloro che avevano fatto ardere la Modesta e maltrattare i Franzesi cittadini: se fra ventiquattr'ore i carcerati non si liberassero, se coloro che il popolo contro di loro avevano provocato non si carcerassero, se la feccia di quel popolazzo non disarmasse, aver vissuto la genovese aristocrazia e partirsi da Genova il ministro della repubblica: stare la vita de' senatori per quella de' Franzesi in Genova, tutto lo Stato per le proprietà loro. Del resto tale fu la forza della verità che Faipoult attestava ed affermava a Buonaparte, che il governo genovese aveva fatto in quell'accidente quanto per lui si era potuto per evitar i disordini; che in facoltà sua non era di comandare a coloro che, non che gli obbedissero, gli comandavano ed il difendevano; che delle uccisioni de' Franzesi i patriotti erano stati cagione per aver inalberato i tre colori; che senza questa insolenza democratica, nissun Franzese avrebbe perduto la vita; che i democrati soli avevano messo in pericolo i Franzesi; ch'essi avevano fatto oltraggio alla repubblica Franzese per aver usurpato i suoi colori nazionali: ch'essi finalmente avevano operato pazzamente per l'impeto sregolato, infamemente per l'apertura delle carceri e delle galere.
Quest'era la condizione di Genova: il senato sbigottito, e servo della moltitudine, e diviso per le opinioni, tra il non poter inveire contro il popolo perchè lo avea salvato, ed il dover inveire perchè gli agenti del direttorio gridavano vendetta. La moltitudine armata, fatta la buona opera di redimere il principe, prorompeva, come suole, in opere ree, oltraggiando e manomettendo gli onesti cittadini, solo perchè gli aveva per sospetti. Già la casa di Morando spogliata da capo a fondo, incomiciavano a spogliar le case con solo degl'innocenti, ma ancora dei benemeriti. Ogni cosa piena di terrore. Insisteva più acerbo che mai Faipoult, perchè si scarcerassero i Franzesi, si arrestassero gli uccisori, si dichiarasse non aver i Franzesi avuto parte nella ribellione. Infuriava Lavallette e secondava Faipoult. Affermava che i carbonari erano stati pagati perchè uccidessero i Franzesi, e che per ordine espresso erano stati assassinati. Orrore, dolore, terrore prendeva i senatori alla richiesta. Resistevano in prima, poi, spinti dall'ultima necessità, arrendendosi facilmente quei della parte franzese, a loro malgrado consentirono.
Il fine principale a cui miravano tutte le arti, gli spaventi e le minacce, non era punto la liberazione di pochi carcerati, nè l'incarcerazione di pochi magistrati. Volevasi la mutazione. Perilchè, vintesi dagli agenti repubblicani le prime domande, insorgevano con maggior calore, richiedendo il senato riducesse lo stato a forma più democratica e facesse abilità ai legati che si volevano mandar al generalissimo, di accordar con lui il cambiamento che si desiderava; e alla richiesta aggiungendo rappresentazioni, considerazioni ed esortazioni calorosissime.
Cotali esortazioni fortissime in sè stesse, operavano gagliardamente. Pure trovava non poca difficoltà; perchè molti dei senatori vedevano in quei reggimenti democratici, non amore nè gratitudine per la rinunziazione dei privilegii, ma scherni e persecuzione, nè cambiando era andare dall'aristocrazia alla democrazia, ma bensì dal dominio consueto al dominio di una parte prepotente. Atterriva anche l'esempio di Venezia, che già si vedeva non avere, pel cambiamento fatto, trovato nè la libertà nè la concordia. Così si stava in pendente, e come accade nei casi dubbii e pericolosi, si amava lo stare solo perchè lo stare era consueto.
Mentre si deliberava nel piccolo consiglio di quanto si dovesse fare in quella occorrenza di suprema anzi di unica importanza per la patria, comparivano le prime squadre di Rusca, le quali, sparsesi prima per la Polcevera, si distendevano poscia insino alle porte di Genova. Si udiva eziandio che Serrurier poco lontano succedeva con le sue, e che da Cremona si muovevano nuovi soldati per dar rinforzo a Rusca ed a Serrurier ove da per sè non bastassero. Erasi alcuni giorni innanzi appresentata alla bocca del porto l'armata di Brueys; ma per la istanza del Senato e per la tempera del popolo, che non l'avrebbe lasciata entrare quietamente, aveva Faipoult operato, che l'ammiraglio se ne tornasse verso Tolone. Sebbene però quell'armata si fosse ritirata, si sapeva che andava volteggiandosi ora a vista ed ora poco lontana dalla riviera di ponente, e poteva dare animo e fare spalla facilmente ai novatori della riviera ed a quei della metropoli. Nè fu l'esito diverso dal prevedere; perchè tra la presenza di Rusca nella Polcevera, alcune squadre di soldati franzesi sparsi nella riviera e la prossimità di Brueys, si tumultuava in vari luoghi, non senza sangue; gli abitanti delle ville e delle montagne combattevano acremente i novatori. Ciò nonostante questi ultimi erano rimasti superiori in Savona, e già in essa e nel Finale e nel porto Maurizio avevano piantato l'albero che chiamavano della libertà. Il senato, minacciato da una setta potente nella sua sede medesima, attorniato da soldati forastieri, lacerato dalla guerra civile, stretto continuamente dagli agenti di Francia, che sempre parlavano dello sdegno del direttorio e di Buonaparte, non aveva più libertà di deliberare.
Cedevano i padri, perchè il contrastare era impossibile. Statuivano, si riformerebbe lo Stato; la mutazione, quantunque in termini generali, al popolo si annunzierebbe. Mandavano poi legati a Buonaparte, con facoltà di accordare con lui la forma futura degli ordini politici, i nobili Michiel Angelo Cambiaso, Luigi Carbonara, Gerolamo Serra. Partivano i deputati per Montebello, alloggiamento di Buonaparte. Partivano anche, conseguito l'intento, per alla volta medesima Faipoult e Lavallette, per informare il generale dell'adempimento delle commissioni loro, e per consigliarlo intorno alle persone che per gl'interessi della Francia si convenisse introdurre nel nuovo reggimento.
Il doge, i governatori ed i procuratori della repubblica avvertivano del fatto il pubblico; esortando se ne vivessero intanto quieti e non corrompessero con moti inopportuni un'occasione dalla quale dipendevano il riposo e la felicità di tutti. Spedivano al tempo stesso il nobile Stefano Rivarola a Parigi, comandandogli in una faccenda di tanto momento per la repubblica s'ingegnasse con ogni possibil modo di fare, che la forma antica il meno che fare si potesse si alterasse e la integrità dei territorii in sicuro si ponesse.
Il direttorio di Francia era per le cose d'Italia piuttosto servo che padrone di Buonaparte, e però a Montebello piuttosto che a Parigi si doveva definire il destino di Genova. Quivi consuonando i pensieri di Buonaparte, che la somma delle cose si confidasse non a gente fanatica e spaventevole ai re, ma bensì ad uomini temperati e savii, che o per necessità consentivano al cambiamento o volevano la democrazia mista con leggi, non pura e senza leggi, con quelli dei legati, ed anche la volontà del vincitore non essendo contrastabile, non fu lungo il negoziare, e a dì 5 giugno si concludeva un accordo per mezzo loro tra la repubblica di Francia e quella di Genova, pei principali capitoli del quale si statuiva: che il governo rimettesse alla nazione, così richiedendo la felicità della medesima, il deposito della sovranità che gli aveva confidato; ch'ei riconoscesse la sovranità stare nella universalità dei cittadini; che l'autorità legislativa si commettesse a due consigli rappresentativi, uno di trecento, l'altro di cencinquanta consiglieri; che la potestà esecutiva fosse investita in un senato di dodici e a cui presiedesse un doge; il doge ed i senatori dai consigli si eleggessero; ogni comune avesse ad esser retto da ufficiali municipali, ogni distretto da ufficiali distrettuali; le potestà giudiziali e militari, e così pure le divisioni dei territorii secondo il modello da farsi in una congregazione a posta si ordinassero, con ciò però che la religione cattolica salva ed intera si serbasse; i debiti dei pubblico si guarentissero; il porto franco ed il banco di San Giorgio si conservassero; ai nobili poveri, per quanto possibil fosse, si provvedesse; che ogni privilegio per abolito si avesse; che intanto si creasse un reggimento temporaneo di ventidue, ed a cui il doge presiedesse; che questo reggimento prendesse il magistrato il dì 14 di giugno. Statuisse delle indennità dei Franzesi offesi nei giorni 22 e 23 maggio; finalmente la repubblica perdonasse a tutti che l'avessero offesa nei giorni suddetti, e mantenesse l'integrità dei territorii della repubblica genovese.