In mezzo a tanti terrori erano Priocca e Ginguenè venuti alle strette per negoziare sulle condizioni dell'indulto, che il direttorio per pacificare il Piemonte voleva che concedesse ai sediziosi. Avrebbe l'ambasciator di Francia desiderato maggiore larghezza. Ma Priocca, che aveva avuto avviso dal Balbo da Parigi di quanto il governo franzese esigesse, non volle mai consentire ad allargarsi, e convenne con Ginguenè nelle seguenti condizioni: che il perdono comprendesse solamente i delitti politici anteriori e non gli estranei alla sedizione; non guardasse nel futuro, e in modo alcuno non impedisse il governo di usare la sua potenza a mantenimento della quiete; che in terzo luogo i perdonati si allontanassero dal Piemonte con aver tempo due anni a vendere i loro beni, ed in nissun modo, nè con pretesto alcuno ripigliassero le armi contro il re.
Brune, al quale Ginguenè aveva annunziato le condizioni dell'indulto, e che evidentemente mirava più oltre che alle servitù del re verso la Francia, non si mostrò contento; che anzi le medesime aggravando, voleva che si domandasse la consegnazione quale deposito, in mano dei Franzesi, della cittadella di Torino. Voleva inoltre che il re licenziasse i suoi ministri, che si negoziasse per lo scambio di Carrosio e pei compensi dovuti alla repubblica Ligure. Quanto alla cittadella, domandassela Ginguenè, e se la domanda gli ripugnasse, domanderebbela egli.
Non abborrì l'animo di Ginguenè da sì insolente proposta, benchè se ne potesse esimere, tanto più che gli era pervenuto comandamento espresso da Parigi di non aggravar le condizioni e di stipularle tali quali il governo glie le aveva mandate. Insistè adunque con apposita scrittura appresso il ministro Priocca, notificando che Brune si era risoluto a non accettar le condizioni; e aggiungendo di proprio capo molte esagerazioni sulle cose correnti, conchiudeva che in tale condizione di tempi, e per sicurezza sì del presente che dell'avvenire una sicurtà era necessaria, e quest'era la cittadella di Torino; che questo gran preliminare desiderava la Francia dal Piemonte, utile per ogni lato, dannoso per nissuno; che questa fede del Piemonte appianerebbe la strada a buona concordia: che i democrati armati deporrebbero le armi, vedendo l'indulto guarentito da tale atto; poserebbero la Cisalpina e la Ligure repubblica, e sarebbe la quiete dello Stato stabilmente confermato.
Persistettero Ginguenè e Brune nel volere la cittadella, sebbene il ministro Taleyrand scrivesse di nuovo all'ambasciatore che le condizioni non si dovevano aggravare, che la sana politica, la sicurezza, la gloria e gl'interessi del popolo franzese, stante la disposizione d'animo dei potentati d'Europa verso la repubblica, ciò richiedevano dalla Francia; che per questa cagione e per avere Sottin trasgredito questi ordini l'aveva il direttorio richiamato da Genova e soppresso la carica d'ambasciatore presso la repubblica Ligure. In fatti era stato Sottin richiamato per essersi mostrato troppo acceso nello spingere i Liguri alla guerra contro il re di Sardegna. Alla quale deliberazione del direttorio aveva non poco contribuito con le sue istanze e diligenza il conte Balbo a Parigi.
A così strana domanda si commosse il governo piemontese, e, già certo del suo destino, elesse di favellare onoratamente, giacchè combattere felicemente non poteva contro una forza tanto soprabbondante. Mandò primieramente il marchese Colli a Milano affinchè facesse opera con Brune che rivocasse la superba domanda. Poscia Priocca scriveva all'ambasciator di Francia parole che potrebbero servir di esempio ai governi ridotti agli estremi casi da chi fa suo dritto la forza.
Brune che fomentava le sollevazioni contro il re per ridurlo agli estremi spaventi perchè rimettesse in sua mano la cittadella di Torino, non voleva a modo niuno udire che ella non gli si consegnasse: ed ora spaventando con minaccie di nuove ribellioni, ed ora allettando con isperanze di quiete, se si acconsentisse alla sua domanda, perseverava tenacissimamente nel suo proposito. Invano rappresentavano instantemente in contrario i ministri che in un caso tanto grave ed in cui il generale non aveva avuto da Parigi comandamento alcuno, si rimetterebbero volentieri in arbitrio del direttorio. Si risolvettero finalmente a consentire, in ciò mostrando una debolezza inescusabile a quella condizione che toglieva al re le ultime reliquie della sua dignità e della sua independenza.
Stipulavasi il dì 28 giugno a Milano fra Brune da una parte ed il marchese di San Marsano dall'altra un accordo, i principali capitoli del quale erano i seguenti: che i Franzesi occupassero il 3 di luglio la cittadella di Torino; che il presidio franzese di lei non potesse mai passare armato per la città; che il parroco si rispettasse, e liberamente e quietamente potesse esercitare il suo ufficio, nè fosse lecito ad alcuno insultare o cambiare quanto si appartenesse alla religione; che il governo franzese si obbligasse a cooperare alla quiete interna del Piemonte, nè direttamente, nè indirettamente desse soccorso o protezione a coloro che volessero turbare il governo del re; che Brune con atto pubblico ordinasse e procurasse con ogni mezzo che in suo potere fosse, che le cose quietassero sulle frontiere del Piemonte; che in fine usasse il generale tutta l'autorità e tutti i mezzi suoi, perchè ogni ostilità da parte della repubblica Ligure cessasse, la Cisalpina da ogni aggressione si astenesse; e la buona vicinanza e l'antico assetto di cose si ristaurassero. Per tutto questo si obbligava il re a perdonare agli amici di Francia sollevati, a consentire che ritornassero a vivere sotto le sue leggi; se a ciò non si risolvessero, potessero godere i loro beni, o disporne a loro talento; che farebbero finalmente ogni opera, perchè il viaggiar per le strade del Piemonte fosse a tutti libero e sicuro.
Per condurre, ad effetto l'accordo di Milano pubblicava il re patenti d'indulto a favore dei sollevati, Brune da Milano il dì 6 luglio pubblicava altre cose, al fine delle quali esortava ed ammoniva tutti gli amici dei Franzesi, che a ciò condotti dalle ingiurie, dalle minacce e dalle persecuzioni della parte contraria, avevano prese le armi per difendere la vita e l'onore, deponessero queste armi e tornassero alle sedi loro, dove troverebbero sicura e quieta vita. Circa quelli poi, minacciava, che tenute in niun conto queste solenni ed amichevoli esortazioni, si adunassero a far corpi armati, non dipendenti dagli ordini dell'esercito franzese o dalle truppe dei governi d'Italia, gli chiamerebbe nemici della Francia, partigiani dell'Inghilterra, autori di sedizioni e come gente di tal fatta li perseguiterebbe.
A dì 3 di luglio entravano i Franzesi condotti da Kister nella cittadella di Torino, essendone uscito al tempo stesso il reggimento di Monferrato che la presidiava. Fuvvi dolore pei fedeli, festa pei novatori, sdegno per chi abbominava le violenze e le fraudi. Le curiose donne ed i galanti giovani concorrevano volentieri, essendo il tempo bellissimo, a vedere quest'ultimo sterminio della patria loro. Così, contro la data fede e contro ogni rispetto sì divino che umano, viveva il re di Sardegna sotto le bocche dei cannoni repubblicani di Francia.
Al fatto della cittadella i ministri di Russia e di Portogallo e l'incaricato di affari d'Inghilterra instarono appresso ai sovrani loro per aver licenza di ritirarsi da Torino, allegando essere Carlo Emmanuele non più re di Sardegna, ma servo di Francia e l'ambasciator franzese vero e reale sovrano del Piemonte.