L'assedio di Tortona, ora stretto, ora allargato più volte, secondo che i confederati ebbero comodità di adoperarvi le forze loro, o necessità di usarle altrove, s'incamminava dopo la vittoria di Novi al suo fine. Vi stava dentro il colonnello Gast, il quale con forse due mila Franzesi si difendeva molto virilmente. Fino dai primi giorni di luglio si erano cominciate dal conte Alcaini, uomo veneziano ai servigi d'Austria, a cui Suwarow aveva dato il carico dell'espugnazione, le trincee. Ma la bisogna lentamente procedeva per la resistenza degli assediati, per la natura del suolo, e per essere state le opere interrotte dalle vicine battaglie. Nondimeno, soprantendendo ai lavori della oppugnazione un ingegnere Lopez, fu tirata a perfezione nei primi giorni di agosto la prima trincea di circonvallazione. Ma si faceva poco frutto contro la piazza, perchè, stante il suo sito eminente, piuttosto con le bombe che con le palle si poteva espugnare. Laonde, continuando a lavorare indefessamente gli oppugnatori, tanto fecero che vennero a capo di ordinare la loro seconda trincea, e questa armarono di numero grande di cannoni e di mortai. Non si sbigottiva per questo Gast, perchè ed era uomo di gran cuore, e le casematte di grosse e triplicate volte non cedevano a quella orribile tempesta. Ciò non ostante, un guasto considerabile fu fatto dalle bombe negli artiglieri e nelle artiglierie della fortezza. I Franzesi con arte e costanza somma le riattavano, e continuavano a tuonare contro gli assalitori. Si vedeva che molta fatica e molto sangue bisognava ancora spendere per espugnare Tortona. Ma per la giornata di Novi non vedendo Gast speranza di poter più allungare la difesa, convenne di arrendersi, se infra un certo tempo non fosse soccorso. Stipulossi adunque il dì 22 agosto fra le due parti un accordo, pel quale si sospesero per venti giorni le offese, obbligandosi il Franzese a dare la piazza, se nel detto termine l'esercito non arrivasse a liberarlo; uscirebbe a tempo pattuito la guernigione con armi e bagagli, con le bandiere all'aria, col suono dei tamburi; deporrebbe le armi sulla piazza di San Bernardino, e per la più breve se n'andrebbe in Francia sotto fede di non militare contro gli alleati per quattro mesi. Il dì 11 settembre non essendo comparso aiuto da nissuna parte, uscivano i repubblicani dalla fortezza, entravanvi gl'imperiali.
Venne Suwarow in molta allegrezza per l'acquisto di Tortona, perchè il faceva sicuro della guerra genovese, e si vedeva aver ricuperato al nome del re quasi tutti i dominii del Piemonte, oggimai liberi dalla presenza dei repubblicani. Ora i principali suoi pensieri si volgevano ad assicurare il Piemonte superiore dalle armi franzesi con rompere la forza di Championnet e con espugnar Cuneo. Ma il compimento di queste fazioni lasciava a Melas ed a Kray, perchè egli se ne partiva con tutte le genti russe per alla guerra elvetica.
Partito Suwarow dalle terre italiche, ne fu molto diminuita la forza dei confederati in Piemonte. E però non poterono i capitani dell'imperator Francesco, innanzi che arrivassero nuovi rinforzi dagli Stati ereditarii, tentar cosa d'importanza. Solo attendevano a conservare gli acquisti fatti, e si apparecchiavano, quando gli aiuti fossero giunti, alla oppugnazione di Cuneo, piazza molto forte, e che, per essere vicina alle frontiere di Francia, è molto facile a venir difesa e soccorsa dai Franzesi. Dall'altra parte primo pensiero dei repubblicani era il conservare la possessione di Cuneo, e tribolare talmente il nemico intorno a lui, che ne nascesse una grave diversione in favor di Massena che aveva a fronte nella Svizzera l'arciduca Carlo, e presto avrebbe non solamente Suwarow con le genti vincitrici d'Italia, ma ancora Korsakow, ch'era vicino ad arrivare con nuovi squadroni di Russi. Ma l'aver voluto distendersi in una fronte tanto lunga con poche forze fu cagione che la guerra, che doveva esser grossa, si cangiò in guerra minuta e fastidiosa, con moltiplicate scaramucce ed affronti, che niuno effetto, non solamente terminativo, ma nemmeno d'importanza potevano partorire. Sarebbe troppo molesta narrazione il raccontar tutto: la somma fu che il forte di Santa Maria, che sta a difesa del golfo della Spezia, e soggetto principale di contesa, finalmente cadde in potestà degl'imperiali; il quale accidente aperse libero l'adito alle navi di Inghilterra in quel magnifico seno di mare, e fece facoltà agli Austriaci d'inoltrarsi di nuovo fino assai prossimamente, sentendosi sicuri alle spalle, a Genova, donde la poterono cingere di assedio, quando, alcun tempo dopo, le armi imperiali vennero a romoreggiarle intorno, anche dalla parte d'Occidente.
Le medesime minute fazioni tribolavano e repubblicani e imperiali sulla Scrivia e sulla Bormida, ed ancor più gli abitatori del paese, che si trovavano fra quelle due genti per loro strane, e l'una contro l'altra infuriate. Melas ponderate tutte le cose che accadevano, lasciando Kray alla guardia dei paesi in cui la Scrivia e la Bormida infondono le loro acque, andava a posarsi nei contorni di Bra con circa trenta mila soldati abili a campeggiare in quelle facili pianure. Era questo suo alloggiamento non senza fortezza, siccome quello che, posto tra il Tanaro e la Stura, si mostrava opportuno a sopravvedere i moti che potessero fare i Franzesi da Mondovì, di cui erano in possessione, dal colle di Tenda e dalle valli della Stura e di Pratogelato, che massimamente accennavano a quel luogo come a centro comune. Suo intendimento principalissimo era di guarentire il Piemonte, e di trovar modo di combattere felicemente nelle battaglie che aspettava, per andare a porre il campo sotto Cuneo. Nè i Franzesi ricusavano il cimento. Aveva Championnet, in cui, dopo la partenza di Moreau andato alle guerre del Reno, era investita l'autorità, suprema sopra tutte le genti che si distendevano dalla Magra per tutto il circuito, dei liguri Apennini e delle Alpi sino alla Dora Baltea, chiamato a sè la schiera di Victor, annestandola alla sua destra ala verso Mondovì. Al tempo stesso ordinava che si accostasse al suo fianco sinistro per Pinerolo e per Saluzzo una squadra di genti venute dall'Alpi Cozie, e condotta dal generale Duhesme.
Tutte queste genti unite insieme componevano un esercito quasi pari in numero a quello di Melas: la guerra, fin allora sparsa e vaga, si riscontrava in un solo punto, e tutto lo sforzo si riduceva nelle vicinanze di Fossano e di Savigliano: sulle rive della Stura era per definirsi quest'ultimo atto dell'italiana contesa ed il destino di Cuneo. Ardevano l'una parte e l'altra di venir alle mani: il che era da lodarsi dal lato di Melas, perchè assai gl'importava di combattere prima dell'arrivo di Duhesme, ma non parimente dal lato di Championnet, che doveva indugiarsi insino a tanto che la congiunzione di Duhesme avesse avuto intieramente il suo effetto. L'uno esercito nel momento stesso si avventava contro l'altro il dì 9 novembre. I primi ad attaccarsi furono Grenier ed Otto. Combatterono ambidue tra Savigliano e Marene con estremo valore, essendo il coraggio e la perizia militare uguali da ambe le parti. Fu lunga e forte e variata la mischia; gli uni con gli altri parecchie volte si mescolarono. Ma prevalendo gli Austriaci per le cavallerie (a questo fine appunto Melas aveva tirato il suo avversario sui campi aperti) furono finalmente i Franzesi costretti a ritirarsi a Savigliano, e di là cacciati, a retrocedere, incamminandoli a Genola. Le cose succedettero diversamente tra Esnitz e Victor. Uscito il primo da Fossano, aveva assaltato il secondo a Genola; ma il Franzese gli rispose con tanta gagliardia, che, quantunque il Tedesco per tre volte desse furiosamente la carica, ne fu sempre risospinto con grave danno, e fino sforzato a ritirarsi più che di passo dentro le mura di Fossano; donde poi uscendo di nuovo, per usar l'occasione, acquistava Genola, e perseguitava continuamente Victor alle spalle. Melas, raccolti i suoi, non volendo dar posa al nemico in su quel fervore della vittoria, assaltava Lavaldigi, e, dopo un lungo conflitto, se ne impadroniva. Ritiravansi i Franzesi parte a Centallo, parte a Marozzo. In questo mentre giungeva Duhesme sul campo in cui si era combattuto sul principio della battaglia, e trovato Savigliano con debole presidio, se ne rendeva padrone, poi marciava per combattere Marene. Diveniva la sua mossa molto pericolosa pei Tedeschi, e se fosse stata fatta qualche ora prima, sarebbe stata per loro pregiudiziale all'estremo. Ma già erano talmente in possessione della vittoria, che fu loro agevole il portar rimedio contro quell'improvviso accidente. Ordinava Melas al generale Sommariva che andasse a combattere Duhesme. Potè egli giungerlo, quantunque il giorno già inclinasse, e lo costrinse, fattasi dal generale franzese breve resistenza, perchè aveva ricevuto le novelle della rotta dei compagni, a ritirarsi fino a Saluzzo.
Avevano gli Austriaci in mano loro la vittoria; restava che l'usassero. Il giorno seguente sforzarono a darsi un grosso squadrone lasciato a Ronchi, indi una schiera più grossa che stanziava a Murazzo. Avrebbe voluto Melas correre sulla destra della Stura per dar addosso a Lemoine; ma inteso che i Franzesi avevano fatto due campi, con intenzione di preservare Cuneo, condusse le sue genti vincitrici contro quei nuovi alloggiamenti del nemico; i Franzesi, non aspettandolo, si ritirarono ai monti. Se non che, premendo a Melas di fargli allargar da Cuneo, perchè l'oppugnazione della piazza non gli potesse venire sturbata, li perseguitava da tutte bande; li cacciava sino all'erto giogo di Tenda, occupava le Barricate e l'Argentiera, Dronero, e sforzava Duhesme e tornarsene nella valle d'Icilia, alle radici del monte Ginevra. Restava che gli Austriaci togliessero ai Franzesi Mondovì, dove si erano riparati Victor, Lemoine e Championnet. Riuscì lor la fazione, perchè, sloggiati i Franzesi sforzatamente da due subborghi e dalle eminenze che dominano la città, l'abbandonarono, ritirandosi ai luoghi più alti della valle del Tanaro. Occuparono i Tedeschi, sempre ritirandosi i Franzesi, Garessio, Ormea, e si spinsero avanti fino al ponte di Nava, ch'è il passo più difficile e quasi la chiave della strada che porta su quelle alture. Per tal guisa i varii corpi di Championnet, che, partendosi da diversi punti di una larga periferia, eran venuti a concorrere, quasi come in centro comune, nelle vicinanze di Fossano e di Savigliano, dopo la battaglia ivi combattuta, che alcuni chiamano di Fossano, altri di Genola, dispersi, e l'uno dall'altro discostandosi di nuovo, si allargarono, ed ai punti medesimi della periferia ritornarono. Ritirossi il capitano del direttorio, Championnet, a Nizza, dove, tra varie cagioni di cordoglio e l'infezione di una malattia gravissima, che quasi a guisa di peste infuriava, passò da questa all'altra vita.
Travagliavansi gli Austriaci intorno a Cuneo, piazza forte e di molta importanza pel suo sito. Conoscevano questa importanza i generali dell'imperatore, e però, sebbene la stagione già divenisse sinistra alle opere di oppugnazione, si accinsero all'impresa, sperando di compensar con le forze soprabbondanti la contrarietà del tempo.
Obbediva il presidio al generale Clement. Sommava il numero di due mila cinquecento soldati, ma disanimati per le sconfitte e pel desiderio di tornarsene in Francia, parendo loro disperate le cose d'Italia; oltre a questo, non era bene provvista la piazza di munizioni nè da bocca nè da guerra, perchè e per le ingordigie solite e per l'angustia dei tempi non era stata mai sufficientemente empiuta. Ciò nonostante, Clement, non perdutosi d'animo, fece quello che per capitano valoroso si poteva, a fine di sturbare le opere del nemico, ora sortendo a combattere, ed ora fulminando con tutte le artiglierie contro coloro che si affaticavano alle trincee. Ma tanti erano i soldati dell'Austria, e tanti i paesani accorsi, che in brevissimo tempo fu condotta a perfezione la prima parallela e vi si piantarono diciannove batterie pronte a bersagliare gli assediati. Tirarono con tanto impeto il 2 dicembre, che i difensori furono obbligati ad abbandonare le opere esteriori, ritirandosi di tutto allo interno della piazza. Al tempo stesso arse una conserva di polvere con orribile fracasso, e schiantò fin dalle fondamenta un ridotto. Usarono gli assalitori l'occasione, facendo, la notte che seguì, un alloggiamento nelle ruine, ed attendendo a tirar avanti la seconda trincea di circonvallazione. Ma già un altro magazzino scoppiava, le case vicine ardevano, il fuoco, rapidamente distendendosi, minacciava generale incendio. Nè vi era modo o volontà di spegnerlo, perchè i soldati stavano sulle mura a combattere, i cittadini spaventati non avevano più consiglio; la tempesta mandata continuamente dal nemico accendeva l'intero; tanta era la quantità che soprabbondevolmente gittava Lichtenstein di palle, di bombe e di granate reali. Mandarono i Cunesi, pregando che avesse compassione di loro, od almeno risparmiasse le case, posciachè eglino non combattevano. Rispose non farsi alcun divario, quando si oppugnano le piazze, fra chi combatte e chi non combatte: capitolasse il Franzese; cesserebbe la tempesta.
Vedeva Clement la necessità della dedizione, perchè già la fortezza era straziata, la breccia si preparava, nissun soccorso gli appariva da nissuna parte, ed erano mancati tutti i fondamenti del difendersi. Chiese perciò i patti e gli ottenne. Fu stipulato ai 5 dicembre che la guernigione uscisse onorevolmente al modo di guerra, che deponesse le armi sullo spalto, che fosse condotta sotto scorta, come prigioniera, negli Stati ereditarii, che si avesse cura degli ammalati e dei feriti: erano ottocento. A questo modo fu domato per forza, in men di dieci giorni, Cuneo, che aveva vinto la gara contro le forze di Francia nel 1691 e nel 1744.
La presa di Cuneo e la stagione avversa ebbero posto fine alla guerra nella superiore Italia, e sgravarono gli eserciti confederati di molte fatiche. Tuttavia, sebbene il Piemonte fosse governato in nome del re, non si consentì mai ch'ei vi tornasse, nè che il duca d'Aosta vi comparisse.