Ma i rimedii riuscivano insufficienti senza le buone armi. In questo i repubblicani avevano molta fede in Mantonè, ministro della guerra, uomo di animo fortissimo, repubblicano gagliardo, e che appunto pel suo coraggio smisurato errò; egli era, per mandato del governo, ordinator supremo di quanto s'appartenesse all'armi ed alla difesa della repubblica. Chiamò a sè gli ufficiali e soldati che erano stati ai servigi del re; ma, non potendo l'erario bastare a tanto dispendio, poneva mano a rimedii straordinarii. I doni d'oro ed argento coniato o vergato, procurati da due gentildonne molto ragguardevoli, le duchesse di Cassano e di Popoli, bastarono ad ordinar tre legioni di veterani, che, rette da Schipani, da Ettore di Ruvo e da un Belpuzzi, marciavano contro Sciarpa, Proni e Ruffo. Per sicurezza poi di Napoli, Mantonè ordinava meglio la guardia urbana, e tentava ogni via di accalorarla in favore della repubblica. Basetta primo generale, secondo Gennaro Serra, terzo Francesco Grimaldi e Antonio Pineda, uomini valorosi; alla fede del generale Federici commessa la custodia di Napoli, a quella di Massa Castelnuovo, al principe di Santa Severina Castel dell'Uovo. Buoni ordinamenti erano questi, ma la guerra più forte di loro; nè Mantonè, o che non sel credesse egli pel gran coraggio che aveva, o che s'infingesse per non ispaventare, non aveva fatto provvedimenti più gagliardi. Si persuadeva che le legioni create fossero bastanti a frenare i regi nelle provincie, e ritornarle sotto l'obbedienza del governo popolare.
Ebbe la guerra assai diverso successo; perchè Belpuzzi conoscendo la impossibilità di far fronte ai regi, abbandonata l'impresa, se n'era ritornato a Napoli. Ferocemente aveva combattuto negli Abruzzi Ettore di Ruvo, ma assalito ed attorniato da un numero di nemici molto superiore, fu costretto a cercar ricovero contro il furor dei sollevati dentro le mura di Pescara, Schipani, rotto da Sciarpa, per ultimo rifugio si era ritirato a Napoli. Così Ruffo, vincitore in ogni parte, inondando con le sue genti tutto il paese all'intorno, si era avvicinato alla capitale. Vide allora Mantonè che i moti del cardinale erano per risolversi non in romori, ma in effetti, che la fortuna minacciava, e che i rimedii ordinarii più non bastavano.
Creata per custodia di Napoli una legione di fuorusciti calabresi, i quali, perchè parteggiavano per la repubblica, cacciati a furia dalle case loro per le armi di Ruffo, si erano riparati nella capitale, uomini fieri, bellicosi, arrabbiati per le ingiurie recenti, e che se i loro compatriotti militanti col cardinale si mostravano disposti a far cose enormi pel re, essi erano risoluti a farne per la repubblica delle ugualmente enormi; poi, detto al principe di Roccaromana che creasse un reggimento di cavalieri nei contorni di Napoli, partiva Mantonè stesso da Napoli con sei mila soldati, non senza esimio apparato per impressionar quel popolo, di cui l'immaginare è tanto forte. Abbellì quella partenza la liberazione dei prigionieri fatti da Macdonald nella conquista di Castellamare, provveduti ancora perchè potessero ritornare, come loro fosse a grado, alle patrie loro.
Mantonè, condotte le repubblicane squadre alla campagna, sbaragliava e fugava facilmente i corridori dell'esercito regio; ma quando più oltre si fu spinto, si accorse che per lui nè pe' suoi altro scampo non restava se non quello di tornarsene prestamente là dond'era venuto. Il suo ritorno in Napoli costernava le genti: per ultima speranza aspettavano quello che fosse per partorire il valore di Schipani; ma ebbero tosto le novelle ch'egli, per aver udito la ritirata di Mantonè, si era condotto alla Torre dell'Annunziata, combattuto quivi aspramente dai Russi, dai regi e da una parte de' suoi soldati medesimi mutatisi a favore del re, era stato preso, dopo di aver veduto lo sterminio quasi intero de' suoi compagni. Sentissi a questo momento ancora che Roccaromana aveva bene levato ed ordinato il reggimento di cavalli, ma che invece, di farlo correre in aiuto dei repubblicani, lo aveva condotto al cardinale, dal quale aveva avuto le grate accoglienze. Il precipizio era evidente. Decretava il direttorio essere la patria in pericolo. Ritiravasi col corpo legislativo ai castelli Nuovo e dell'Uovo; quel di Sant'Elmo, più forte, e che dominava Napoli, era in mano del presidio franzese lasciatovi da Macdonald: un terrore senza pari occupava le menti. La legione Calabra sola non si spaventava, perchè dal vivere al morire, purchè si vendicasse, non faceva differenza. Parte stanziava in Napoli, parte presidiava il castello di Viviena, per cui Ruffo doveva passare per venire a dar l'assalto alla città dal lato del ponte della Maddalena.
Udissi tutto ad un tratto nella spaventata Napoli un romore come di tuono; tremò la terra; pure il Vesuvio non buttava: veniva dal forte di Viviena. Lo aveva il cardinale con tutte le sue forze assaltato; si difesero i Calabresi, non come uomini, ma come lioni. Pure i regi, combattendolo da tutte parti con l'artiglieria, l'avevano smantellato, e non una, ma più, brecce e piuttosto una ruina di tutte le mura apriva l'adito ai vincitori. Entraronvi a forza ed a furia: gente disperata, ammazzava gente disperata, nè solo i vinti perivano. Nissuno s'arrendè, tutti furono morti; date, a chi gli uccideva, innumerevoli morti. Restavano una mano di pochi: la rabbia li trasportava; feriti ferivano, minacciati ferivano, ammoniti dell'arrendersi, ferivano. Pure l'estrema ora giungeva. Anteponendo la morte di soldato alla morte di reo, nè soffrendo loro l'animo di venir in forza di coloro che con tanta rabbia abborrivano, un Antonio Toscano, che li comandava, e che già stava con mal di morte per le ferite e pel sangue sparso, strascinossi a stento a carpone al magazzino delle polveri, e con uno stoppaccio acceso postovi fuoco, mandò vincitori, vinti e rovinate mura all'aria. Tutti perirono: questa fu la cagione del tuono e dello spavento di Napoli.
Ruffo, espeditosi dall'intoppo del forte, passava e si accingeva a dar l'assalto alla capitale da tre bande. I repubblicani carcerarono come ostaggi alcuni sospetti, e condussero in Castel nuovo ed in Castel dell'Uovo un fratello del cardinale, ed i parenti degli ufficiali dell'esercito regio. Passarono per le armi i fratelli Bacher con quattro lazzaroni mescolati in congiure. Poi partiti in tre schiere, se ne givano contro Ruffo: Writz li conduceva alla Maddalena, Bassetta a Foria, Serra a Capodimonte. Caracciolo con le navi sottili accostatosi al lido, batteva di fianco le genti del re. Animavansi con vicendevoli conforti l'un l'altro, e così diedero dentro ai regi: sorse una furiosissima zuffa alla Maddalena, luogo del principale sforzo: repubblicani e regi eleggevano piuttosto il morire che il cedere.
I repubblicani, massimamente quei Calabresi inferociti, non punto sbigottitisi alla morte di Writz, loro prode e fedele capitano, continuavano a menar le mani ed a tener lontani dalle dilette mura le genti regie. Dal canto loro Bassetta e Serra ottimamente facevano il debito loro. Non inclinava ancora la sorte da alcun lato, quand'ecco sorgere grida di viva il re alle spalle dei democrati. Erano una moltitudine di lazzaroni che, stimolati dai partigiani del governo regio, si levarono a rumore. Rivoltaronsi addosso a loro i repubblicani e gli ammazzarono tutti. Ma Ruffo, usando l'occasione che gli si era aperta, perchè i nemici assaliti alle terga avevano rimesso dalle difese, entrava il 13 giugno per viva forza ed inondava la città, solo a lui contrastando quei Calabresi indomabili. Quivi il raccontare le cose che seguirono parrà certamente impossibile, se si si farà a considerare quella rabbia immensa, le ingiurie fatte, il sangue sparso, il sangue caldo, la natura estrema di quei popoli, l'immanità della più parte dei combattenti da nissuna civiltà temperata. Primieramente il castello del Carmine, che domandava i patti, fu preso per assalto e tutto il presidio senza pietà passato a fil di spada. Carnificina più grande e più orribile si faceva per le contrade. Vi si uccidevano gli uomini a caccia per diletto, come se fossero stati fiere; nè età, nè sesso, nè condizione, nè grado si risparmiavano. Uccidevansi i repubblicani per odio pubblico, i non repubblicani per odio privato; nè quei carnefici si contentavano di uccidere, che ancora voleano tormentare, e varii erano i generi delle morti, uno più crudo e più orribile dell'altro. Godevano i barbari, a guisa di veri cannibali, e facevano le loro tresche, le loro grida, le loro danze festevoli intorno alle vittime. Vedeva Ruffo queste cose, e non volle o non potè frenarle. Cercavano e chi era reo e chi era innocente di repubblica, scampo a furore tanto barbaro. Chi fuggiva in abito di donna, e questo ancora nol salvava; chi fuggiva sotto cenci da lazzarone, e non si salvava. Ma quelli a cui la fortuna aveva aperto uno scampo per le contrade gliel toglieva per le case; poichè i padroni ne li cacciavano, sapendo che, se li ricettassero, le case loro sarebbero saccheggiate ed incese ed essi uccisi. Vidersi fratelli chiuder le porte ai fratelli, spose agli sposi, padri a' figliuoli. Risospinti dalle case, i miseri perseguitati si nascondevano nelle fogne, donde di notte tempo e di soppiatto uscivano, cacciati dalla fame e dalla puzza. Se ne accorsero i lazzaroni; si mettevano in agguato alle bocche, come se aspettassero fiere al varco, e quanti uscivano, tanti ammazzavano. Felice chi moriva senza tormenti! Durò lo stato orribile due giorni. Infine si risolvè il cardinale, o perchè la umanità finalmente il movesse, o perchè volesse attendere all'assedio dei castelli, fazione impossibile a tentarsi in tanto scompiglio a frenare il furore de' suoi; Napoli, atterrita per le morti, diventò lagrimosa pei morti.
Restavano ad espugnarsi i castelli; a questo espugnazione applicò l'animo il cardinale, piantando le batterie. Veduto il pericolo, i repubblicani ch'erano dentro a Castel dell'Uovo si accordavano con quelli di Castel Nuovo e di Sant'Elmo per fare tutti uniti una fazione notturna contro la batteria di Posilippo, eretta a percuotere il Castel dell'Uovo, il più importante pel suo sito. Dopo un infelice errore che scambiaronsi gli amici per nemici, e ne sorse con parecchie morti molto spavento, finalmente riconosciutisi, e ripreso animo, se ne andarono con incredibile audacia alla fazione; e tanto fu l'ardire e la prestezza loro che, uccise le guardie, e sopraggiungendo improvvisi alla batteria, la presero, arsero i carretti, chiodarono i cannoni, e tornarono sani e salvi al castello.
La fazione della punta di Posilippo, la ferocia dei repubblicani calabresi, l'atto disperato del comandante di Viviena ed il coraggio smisurato dimostrato in tutti i fatti dai democrati avevano dato molto a pensare a Ruffo, il quale si era persuaso che senza molto sangue e forse senza lo sterminio di tutta la città non avrebbe poluto riuscire a fine della sua impresa. Considerate e maturamente ponderate tutte le cose che allora accadevano, stimando che non si convenisse mettere i repubblicani nell'ultima disperazione, si deliberarono gli alleati ad offerir loro patti, perchè i castelli e la città si conservassero salvi, e fosse rimesso il pericolo che sovrastava al navilio d'Inghilterra per la flotta di Brest già comparsa allo stretto di Gibilterra. Il cardinale, per mezzo di Mejean, comandante per Francia del castello di Sant'Elmo, col quale aveva avuto qualche pratica, mandò dicendo ai repubblicani che, se volessero patteggiare, vi si sarebbe volentieri risoluto. Rappresentò loro Mejean quello che era vero, cioè che oramai ogni difesa era inutile, e che migliore e più savio partito era il serbar la vita a tempi migliori per la repubblica, che il perire senza frutto per lei: accettassero i patti, esortava, che loro si venivano offerendo. I repubblicani, consultato fra di loro, inclinarono l'animo al partito più ragionevole, e, risolvendosi al trattare, proposero in un modello scritto le condizioni per mezzo delle quali promettevano di lasciare castel Nuovo e Castel dell'Uovo, non potendo stipulare per Sant'Elmo, come in potestà di Francia. Parvero sulle prime al cardinale le condizioni superbe, e penava al ratificarle. Infine, stringendo il tempo, temendo vieppiù della vita dei suoi congiunti, e moltiplicando gli avvisi dell'avvicinarsi della flotta franzese, con pari consentimento degli alleati, si risolvette ad accettarle. Furono queste: fossero Castel Nuovo e Castel dell'Uovo dati in potere dei comandanti del re delle Due Sicilie e de' suoi alleati il re d'Inghilterra, l'imperatore di tutte le Russie e la Porta Ottomana, e così parimente ad essi fossero consegnate le munizioni da guerra e da bocca, con le artiglierie ed altri arnesi che si trovassero nei forti; uscisse il presidio onorevolmente a modo di guerra; le persone e le proprietà sì mobili che stabili di ognuno che si appartenesse ai due presidii si serbassero salve ed inviolate; potessero le persone medesime ad elezione loro imbarcarsi sopra bastimenti di tregua che loro sarebbero forniti, per essere trasportate a Tolone, o potessero ancora rimanersi in Napoli, dove nè esse nè le famiglie loro potessero a modo niuno essere molestate; le medesime condizioni fossero e s'intendessero concedute a tutti coloro fra i repubblicani che nelle battaglie succedute fra loro e le truppe del re o de' suoi alleati fossero stati fatti prigionieri; l'arcivescovo di Salerno, i cavalieri Micheroux e Dillon, ed il vescovo d'Avellino detenuti nei castelli si consegnassero al comandante di Sant'Elmo, e vi restassero come ostaggi, insino a tanto che si avessero le novelle certe dell'essere i repubblicani arrivati a Tolone; tutti gli altri ostaggi o prigioni per ragion di Stato si rimettessero in libertà, tosto che la capitolazione fosse sottoscritta; non isgombrassero i repubblicani dai castelli se non quando ogni cosa fosse presta all'imbarcarli.
Fu la capitolazione approvata e sottoscritta dal cardinal Ruffo in qualità di vicario generale del regno, da un Kerandy per l'imperadore di tutte le Russie, da un Bonjeu per la Porta Ottomana e da un Foote pel re d'Inghilterra. Non s'indugiò a dar mano all'esecuzione dei patti. Da una parte gli ostaggi nominati dai repubblicani si condussero in Sant'Elmo, dall'altra entrarono i regi nei due castelli. Il cardinale a nome del re, e come vicario generale del regno di qua dal Faro, pubblicò per tutto il reame un editto, per cui perdonava ogni colpa e pena ai repubblicani, promettendo piena ed intera salute a tutti coloro che restassero, e facoltà d'imbarcarsi per Marsiglia a tutti quelli che amassero meglio, lasciando la patria, andarsi vivere in lontane e forastiere contrade. Mandava espressamente il trattato a Pescara, in cui tuttavia si teneva Ettore di Ruvo, affinchè cedesse la piazza a Proni, e se ne venisse con tutti i suoi a Napoli, scortato per sua sicurezza dai regi.