Le ruine si moltiplicavano: la Spagna ardeva, l'Italia e la meridional parte della Germania sotto l'imperio diretto di Napoleone, l'Austria perplessa, la Prussia serva, la Russia devota, la Turchia aderente, la terraferma europea tutta obbediente a Napoleone o per forza o per condiscendenza. Un solo principe vivente nel cuor dell'Italia, debole per soldati, forte per coscienza, resisteva alla sovrana volontà. Napoleone, spinto dalla ambizione e acciecato dalla prosperità, aveva messo fuori certe parole sull'imperio di Carlo Magno, suo successore nei diritti e nei fatti intitolandosi, come se gl'impiegati di Francia, che da lui traevano gli stipendii, avessero potuto, imperadore dei Franzesi chiamandolo, dargli il supremo dominio e l'effettiva possessione, non che della Francia, di tutta la Italia, di tutta la Germania, di quanto insomma componeva l'imperio di Occidente ai tempi di quel glorioso imperadore.
Adunque con quell'insegna di Carlo Magno in fronte si avventava contro il papa. Non poteva pazientemente tollerare che Roma, il cui nome tant'alto suona, non fosse ridotta in sua potestà, e gli pesava che ancora in Italia una piccola parte fosse che a lui non obbedisse. Dal canto suo il papa si mostrava renitente al consentire di mettersi in quella condizione servile, nella quale erano caduti, chi per debolezza e chi per necessità, quasi tutti i principi di Europa. Così chi aveva armi, cedeva, chi non ne aveva, resisteva. Pio VII, non che resistesse, fortemente rimostrava al Signore della Francia, acerbamente dolendosi che per gli articoli organici e pel decreto di Melzi fossero stati due concordati guasti a pregiudizio della sedia apostolica, ed anche a violazione manifesta dei concilii e del santo Vangelo stesso. Si lamentava che nel Codice civile di Francia, introdotto anche per ordine dell'imperadore in Italia, si fosse dato luogo al divorzio tanto contrario alle massime della Chiesa ed ai precetti divini. Rimproverava che in un paese cattolico, quale si protestava essere ed era la Francia con legge uguale si ragguagliassero la religione cattolica e le dissidenti, non esclusa anche l'ebraica, nemica tanto irreconciliabile della religione di Cristo.
Di tutte queste cose ammoniva l'imperadore, dell'esecuzione delle sue promesse a pro della cattolica religione richiedendolo. Ma Napoleone vincitore delle maggiori potenze, non era più quel Napoleone ancor tenero ne' suoi principii. Per la qual cosa, volendo ad ogni modo venir a capo del suo disegno di farsi padrone di Roma, o che il papa vi fosse o che non vi fosse, mandava dicendo al pontefice, che essendo egli il successore di Carlo Magno, gli stati pontifizii, siccome quelli che erano stati parte dell'impero di esso Carlo Magno, appartenevano all'impero franzese; che se il pontefice era il signore di Roma, egli ne era l'imperadore, e che a lui, come a successore di Carlo Magno, il pontefice doveva obbedienza nelle cose temporali, come egli al pontefice la doveva nelle spirituali; che uno dei diritti inerenti alla sua corona era quello di esortare, anzi di sforzare il signore di Roma a fare con lui e co' suoi successori una lega difensiva ed offensiva per tutte le guerre presenti e future; che il pontefice, essendo soggetto all'imperio di Carlo Magno, non si poteva esimere dall'entrare in questa lega e dall'avere per nemici tutti coloro che di lui Napoleone fossero nemici. Aggiungeva, che se il pontefice a quanto da lui si esigeva non consentisse, aveva egli il diritto di annullare la donazione di Carlo Magno, di spartire gli Stati pontifizii e di dargli a chi meglio gli paresse; che nella persona del pontefice separerebbe l'autorità temporale dalla spirituale; che manderebbe un governatore con potestà di reggere Roma, e che al papa lascerebbe la semplice qualità di vescovo di Roma.
Queste estreme intimazioni fatte al pontefice, che non aveva dato a Napoleone alcuna cagione di dolersi di lui, e che anzi con tutta l'autorità sua l'aveva aiutato a salire sul suo seggio imperiale, dimostravano in chi le faceva una risoluzione irrevocabile. Rispondeva il pontefice, e troppo seriamente rispondeva alle allegazioni di Napoleone, perchè niuno meno le stimava che Napoleone stesso. Instava adunque minacciosamente l'imperatore col pontefice, entrasse nella confederazione italica coi re d'Italia e di Napoli, e per nemici avesse i suoi nemici, e per amici gli amici. Ma avendo il papa costantemente ricusato di aderire, si era ridotto a richiedere che il pontefice facesse con lui una lega difensiva ed offensiva, e medesimamente tenesse i suoi amici per amici, i suoi nemici per nemici: quando no, lo stimerebbe intimazione di guerra, avrebbe il papa per nemico, Roma conquisterebbe.
Allora, esposto il papa Pio con gravissime querele l'animo suo a Napoleone, andava protestando, che se per gli occulti disegni di Dio l'imperatore volesse consumare le sue minaccie, impossessandosi degli Stati della Chiesa a titolo di conquista, non potrebbe sua Santità a tali funesti avvenimenti riparare, ma protesterebbe come di usurpazione violenta ed iniqua. L'imperatore perseverò nel dire che a questo principio mai non consentirebbe, che i prelati non fossero sudditi del sovrano, sotto il dominio del quale son nati, e che intenzion sua era che tutta l'Italia, Roma Napoli e Milano, facessero una lega offensiva e difensiva per allontanare dalla penisola i disordini della guerra. Questa sua ostinazione corroborava col pretesto che la comunicazione non doveva e non poteva essere interrotta per uno Stato intermedio che a lui non si appartenesse tra i suoi Stati di Napoli e di Milano. Inoltre voleva e comandava che i porti dello Stato pontificio fossero e restassero serrati agli Inglesi. Rimostrò nuovamente il papa; e quanto al serrare i porti agl'Inglesi, sebbene fosse da temersi che ciò non potesse essere senza qualche pregiudizio dei cattolici che abitavano l'Irlanda, l'avrebbe nondimeno il pontefice consentito, per amor della concordia, all'imperatore.
Napoleone, al quale sempre pareva che la corona imperiale fosse monca, se non fosse padrone di Roma, si apprestava a disfar quello che aveva per tanti secoli durato fra tante rivoluzioni e di Italia e del mondo. Perchè poi la forza fosse aiutata dall'arte, accompagnava le sue risoluzioni con parole di umanità e di desiderio di libertà per la potestà secolare. Quindi instantemente richiedeva, anche con la solita minaccia di privarlo della potenza temporale, se non consentisse, il papa che riconoscesse in lui il diritto d'indicare alla santa Sede tanti cardinali franzesi, quanti bastassero perchè il terzo almeno del sacro collegio si componesse di cardinali franzesi. Se il papa consentiva, acquistava Napoleone preponderante autorità nelle deliberazioni, e massimamente nelle nomine dei papi; se ricusava, avrebbe punito alla nazione franzese che egli le negasse ciò che per la sua grandezza credeva meritarsi, punto questo che all'imperatore molto caleva. Non potere, rispose il pontefice, consentire ad una domanda che vulnerava la libertà della Chiesa ed offendeva la sua più intima costituzione, e ciò dimostrava con sane e sante ragioni.
Non si rimaneva l'imperatore dalla presa deliberazione; mandò di nuovo dicendo al papa, o gli desse il terzo dei cardinali o si piglierebbe Roma. Tentato di render Pio odioso ai Franzesi, il volle far disprezzabile al mondo. Imperiosamente intimava al pontefice, cacciasse da Roma il console del re Ferdinando di Napoli. Rispondeva Pio, ch'egli non aveva guerra col re, che il re possedeva ancora tutto il reame di Sicilia, che era un sovrano cattolico, e che egli non sarebbe mai per consentire a trattarlo da nemico, cacciando da Roma coloro che a Roma il rappresentavano.
L'appetita Roma veniva in mano di lui. Se vi fu ingiustizia nei motivi, fuvvi inganno nell'esecuzione. Si avvicinavano i napoleoniani all'antica Roma, nè ancora confessavano di marciare contro di lei. Pretendevano parole di voler andare nel regno di Napoli: erano sei mila; obbedivano a Miollis. Nè bastava un generale per un papa: Alquier, ambasciatore di Napoleone presso la santa Sede, anch'egli vi si adoperava. Usava anzi parole più aspre del soldato. Era giunto il mese di gennaio 1808 al suo fine, quando Alquier mandava dicendo a Filippo Casoni, cardinale segretario di Stato, che sei mila napoleoniani erano per traversare, senza arrestarvisi, lo Stato romano: che Miollis prometteva che passerebbero senza offesa del paese, e che il generale era uomo di tal fama che la sua promessa doveva stimarsi certezza. Mandava Alquier con queste lettere l'itinerario de' soldati, dal quale appariva che veramente indirizzava verso il regno di Napoli il loro cammino, e non dovevano passare per la città. Pure si spargevano romori diversi. Affermavano questi che andassero a Napoli, quelli che s'impadronirebbero di Roma. Il papa interpellava formalmente, per mezzo del cardinal segretario, Miollis, dicesse e dichiarasse, apertamente e senza simulazione alcuna, il motivo del marciare di questi soldati, acciocchè Sua Santità potesse fare quelle risoluzioni che più convenienti giudicherebbe. Rispondeva, aver mandato la norma del viaggio dei soldati, e sperare che ciò basterebbe per soddisfare i ministri di Sua Santità. Il tempo stringeva: i comandanti napoleonici marciando, e detti i soliti motti e scherni sui preti, sul papa e sui soldati del papa, minacciavano che entrerebbero in Roma, e l'occuperebbero. Novellamente protestava il papa, fuori delle mura passassero, in Roma non entrassero; se il facessero, l'avrebbe per caso di guerra, ogni pratica di concordia troncherebbe. Già tanto vicini erano i napoleoniani, che vedevano le mura della romana città. Alquier tuttavia moltiplicava in protestazioni col santo padre, affermando con osservazione grandissima che erano soltanto di passo e non avevano, nessuna intenzione ostile. I napoleoniani intanto, arrivati più presso, assaltarono armata mano, il dì 2 febbraio, la porta del popolo, per essa entrarono violentemente, s'impadronirono del castel Sant'Angelo, recarono in poter loro tutti i posti militari, e tant'oltre nell'insolenza procederono, che piantarono le artiglierie loro con le bocche volte contro il Quirinale, abitazione questa del pontefice. Perchè poi niuna parte di audacia mancasse in questi schifosi accidenti, Miollis domandava, per mezzo di Alquier, udienza al santo padre; ed avendola ottenuta, si scusò con dire che non per suo comando le bocche dei cannoni erano state volte contro il quirinale palazzo, come se l'ingiuria fatta al sovrano di Roma ed al capo della cristianità consistesse in questa sola violenza che certamente era molto grave. Della occupazione frodolenta ed ostile di Roma, ch'era pure l'importanza del fatto, non fece parola.
Gli oltraggi al papa si moltiplicavano. L'accusavano dell'aver dato asilo nei suoi Stati a Napolitani briganti, ribelli, congiuratori contro lo Stato di Murat; per questo, affermavano, aversi occupata Roma; il papa stesso accagionarono di connivenza. Alquier già ne fece querele; del rimanente voleva, non so se per pazzia o per ischerno, che il papa avesse e trattasse ancora come amiche le truppe che violentemente avevano occupato la sua capitale e la sede del suo governo, e fatto contro il pacifico ed inerme suo palazzo quello che contro le fortezze nemiche ed armate solo si suol fare. A questo tratto non potè più contenere sè medesimo il pontefice: sdegnosamente scrisse all'ambasciatore napoleonico, non terrebbe più per amici quei soldati che, rompendo le più solenni promesse, erano entrati in Roma, avevano violato la sua propria residenza, offeso la sua libertà, occupato la città ed il castello, voltato i cannoni contro la propria abitazione, e che inoltre con intollerabile peso si aggravavano sopra il suo erario e sopra i suoi sudditi. A questo aggiungeva che, essendo privato della sua libertà, e ridotto in condizione di carcerato, non intendeva più nè voleva negoziare, e che solo allora si risolverebbe a trattare delle faccende pubbliche con Francia, che sarebbe restituito alla sua piena e sicura libertà.
Le amarezze del papa divenivano ogni giorno maggiori. Il comandante napoleonico intimava ai cardinali napolitani, nel termine di ventiquattr'ore partissero da Roma, tornassero a Napoli. Se nol facessero, gli sforzerebbero i soldati. Quindi l'intimazione medesima, termine tre ore a partire, fu fatta dal soldato medesimo ai cardinali del regno italico. Risposero stare ai comandamenti del pontefice; farebbero quanto ordinasse. A tanto oltraggio il pontefice, quantunque in potestà di altrui già fosse ridotto, gravemente risentissi. Scrisse ai cardinali, non potere Sua Santità permettere che partissero: proibirlo anzi a tutti ed a singoli in virtù di quella obbedienza che a lui giurato avevano.