La sovranità del papa a grado a grado dai violenti occupatori si disfaceva. Commettevano il male, non volevano che si sapesse. Soldati napoleoniani furono mandati alla posta delle lettere, dove, cacciate le guardie pontifizie, ogni cosa recarono in poter loro. Al medesimo fine invasero tutte le stamperie di Roma per modo che nulla, se non quanto permettevano essi, stampare si potesse.
Tolta al papa la forza civile, si faceva passo di togliergli la militare. Incominciossi dalle arti con subornare i soldati, le napoleoniche glorie e la felicità degli imperiali soldati magnificando. Pochi cessero, i più resisterono. Riuscite inutili le instigazioni, toccossi il rimedio della forza. I soldati furono costretti alle insegne napoleoniche, e mandati prima in Ancona, poscia nel regno italico per essere ordinati secondo le forme imperiali.
Restava il santo padre nel suo pontificale palazzo con poche guardie, piuttosto ad onore che a difesa. Vollero i Franzesi che quest'ultimo suo ricetto fosse turbato dalle armi forastiere, non contenti se non quando il sommo pontefice fosse in vero carcere ristretto. Andavano, il dì 7 aprile, all'impresa del prendere il pontificale palazzo; si appresentavano alla porta: il soldato svizzero, che vi stava a guardia, rispose che non lascerebbe entrare gente armata, ma solamente l'ufficiale che le comandava. Parve soddisfarsene il capitano napoleonico: fatti fermar i soldati, entrava solo; ma non così tosto fu lo sportello aperto, e l'ufficiale entrato, che, aggiungendo la sorpresa alla forza, fece segno a' suoi che entrassero. Entrarono; volte le baionette contro lo Svizzero, occuparono l'adito. Si impadronirono, atterrando romorosamente le porte delle armi delle papali guardie, i più intimi penetrali invasero.
Di tanti eccessi querelavasi gravissimamente il pontefice con Miollis; ma le sue querele non muovevano il generale, che anzi, negli eccessi moltiplicando, faceva arrestare da' suoi soldati monsignor Guidebono Cavalchini governator di Roma, ordinando che fosse condotto a Fenestrelle, fortezza alle fauci delle Alpi sopra Pinerolo.
A questi tratti il pontefice, fatto maggiore di sè medesimo, in istile grave e profetico, a Napoleone le sue parole rivolgendo: «Per le viscere, diceva, della misericordia di Dio nostro, per quel Dio che è cagione che il sole levante venne dall'alto a ritirarsi, esortiamo, preghiamo, scongiuriamo te, imperadore e re Napoleone, a cambiar consiglio, a rivestirti dei sentimenti che sul principiar del tuo regno manifestasti; sovvengati che Dio è re sopra di te; sovvengati ch'ei non rispetterà la grandezza di uomo che sia; sovvengati ed abbi sempre alla mente tua davanti, ch'ei si farà vedere, e presto, in forma terribile; perchè quelli che comandano agli altri saranno da lui con estremo rigore giudicati.»
Napoleone, cieco, e dal suo inevitabile destino tratto, non attendeva alle spaventevoli o fatidiche voci del pontefice. Decretava, il dì 2 aprile dello scorso anno, che, stantechè il sovrano attuale di Roma aveva costantemente ricusato di far guerra agl'Inglesi, e di collegarsi coi re d'Italia e di Napoli a difesa comune della penisola; stantechè l'interesse de' due reami e dell'esercito d'Italia e di Napoli esigevano che la comunicazione non fosse interrotta da una potenza nemica; stantechè la donazione di Carlo Magno, suo illustre predecessore, degli Stati pontifizii, era stata fatta a benefizio della cristianità, non a vantaggio dei nemici della nostra santa religione: stante finalmente che l'ambasciatore della corte di Roma appresso a lui aveva domandato i suoi passaporti; le provincie d'Urbino, Ancona, Macerata e Camerino fossero irrevocabilmente e per sempre unite al suo regno d'Italia; il regno italico, il dì 11 maggio, prendesse possessione delle quattro provincie, vi si pubblicasse ed eseguisse il codice Napoleone: fossero investite nel vicerè amplissime facoltà per l'esecuzione del decreto.
Il giorno stesso del 2 di aprile, l'imperatore, conoscendo quanti prelati natii delle provincie unite fossero in Roma ai servigi del pontefice, e volendo privare il santo padre del sussidio di tanti servitori ed amici, decretava che tutti i cardinali, prelati, ufficiali ed impiegati qualsivogliano appresso alla corte, di Roma, nati nel regno d'Italia, fossero tenuti, passato il dì 25 di maggio, di ridursi nel regno; chi nol facesse avesse i suoi beni posti al fisco; i beni già si sequestrassero a chi non avesse obbedito il dì 5 di giugno.
Nè solo la violenza del voler torre i servidori al papa si usò contro coloro ch'erano nati nel regno italico, ma ancora contro quelli che, sebbene venuti al mondo in Roma, possedevano ufficii spirituali in quel regno.
Eugenio vicerè, con solenne decreto del 20 maggio spartiva, le quattro provincie in tre dipartimenti, del Metauro, del Musone e del Tronto chiamandoli. Avesse il primo Ancona per metropoli, il secondo Macerata, il terzo Fermo. Fosse in Ancona ad ulteriore ordinamento di questi territorii un magistrato politico: chiamovvi Lemarrois presidente: due consiglieri di Stato.
Si esigevano nelle provincie unite i giuramenti di fedeltà all'imperatore, di obbedienza alle leggi e costituzioni. Il pontefice, che non aveva riconosciuto l'usurpazione, non consentiva ai giuramenti pieni. Da questo conflitto tra armi ed opinioni sorse nelle Marche, una volta sì prospere e felici, un disordine ed una infelicità dolorosissima.