L'Austria, percossa da tanto infortunio, quietava por la pace, ma era dolorosa la sua quiete. Oltre la scaduta potenza, l'infestava l'insolenza del vincitore, e la aggravavano le grossissime imposizioni. Soli i Tirolesi non cedevano al terrore comune, e con l'armi in mano continuavano a difendere quel sovrano, che già deposte per forza le sue, aveva per forza dato molte nobili parti del suo dominio e loro stessi in potestà del vincitore. Il principe Eugenio dalle sue stanze di Villaco gli esortava a posare, ma invano. Più volte combattuti dai Franzesi, dai Sassoni e dai Baveri, più volte batterono, e più volte anco battuti, più volte risorsero. Vinti, si ritiravano alle selve impenetrabili, ai monti inaccessibili; vincitori, inondavano le valli, e furiosamente cacciavano il nemico. Vinti, erano trattati crudelmente dai napoleoniani: vincitori, trattavano i napoleoniani umanamente; e siccome gente religiosa, vinti, con grandissima divozione pregavano dal cielo miglior fortuna alla patria; vincitori, coi medesimi segni il ringraziavano. E' furono visti, dopo di avere superato con incredibile valore i soldati di Lefevre, e restituito a libertà coloro che si erano arresi, scorrente ancora il sangue e presenti i cadaveri dei compatriotti e dei nemici, gettarsi tutti al punto stesso, dato il segnale di Hofer, coi ginocchi a terra ed in tale pietosa attitudine tra lacrimosi e lieti rendere grazie a Dio dell'acquistata vittoria. Eccheggiavano i monti intorno dei divoti e allegri suoni mandati fuori dai religiosi e santi petti. Infine, sottentrando continuamente genti fresche a genti uccise, abbandonati da tutto il mondo, anzi quasi tutto il mondo combattendo contro di loro, cessarono i Tirolesi, non dal volere, ma dal potere, e nei montuosi ricetti loro ricovratisi, aspettavano occasione in cui più potesse la virtù che la forza. Il bavaro dominio si restituiva nel Tirolo tedesco: cedè l'italiano in possessione del regno italico.
Sul finire del presente anno 1809 Andrea Hofer si ritirava con tutta la sua famiglia ad un povero casale fra montagne e nevi altissime, dolente per la patria, tranquillo per sè. Ma i Franzesi erano sitibondi del suo sangue. Perciò, fattolo con tutta diligenza cercare e ricercare, riuscì di trovarlo nel suo recondito recesso. Batterono alla porta i soldati; era la notte del 27 gennaio del 1810. L'aperse Hofer: veduto ch'era venuto in forza altrui, con semplicità e serenità mirabile: «Son io, disse, Andrea Hofer; sono in poter di Francia: fate di me ciò che vi aggrada: ma vi piaccia risparmiare la mia donna ed i miei figliuoli; sono eglino innocenti, nè dei fatti miei obbligati.» Così dicendo, diessi in potestà loro. Condotto a Bolzano, ultimo destino gli soprastava. Le palle soldatesche ruppero in Mantova il patrio petto di Andrea, lui, non che intrepido, quieto in quell'estrema fine.
Acquistata tanta vittoria dall'Austria, veniva a Napoleone in mente l'antica cupidigia di Roma. Decretava, il dì 17 maggio di quest'anno in Vienna stessa queste cose: Considerato che quando Carlo Magno imperadore dei Franzesi, e suo augusto antecessore, diede in dono ai vescovi di Roma parecchi paesi, glie li cedesse loro a titolo di feudo col solo fine di procurare sicurezza a' suoi sudditi, e senza che per questo abbia Roma cessato di esser parte del suo impero considerato ancora che da quel tempo in poi l'unione delle due potestà spirituale e temporale era stata, ed era ancora fonte e principio di continue discordie; che pur troppo spesso i sommi pontefici si erano serviti dell'una per sostenere le pretensioni dell'altra, e che per questo le faccende spirituali, che per natura propria sono immutabili, si trovarono confuse con le temporali sempre mutabili a seconda de' tempi; considerato finalmente, che quanto egli aveva proposto a conciliazione della sicurezza de' suoi soldati, della quiete e della felicità de' suoi popoli, della dignità e della integrità del suo impero colle pretensioni temporali dei sommi pontefici, era stato proposto indarno, intendeva voleva ed ordinava che gli Stati del papa fossero e restassero uniti all'impero franzese; che la città di Roma, prima sede della cristianità e tanto piena d'illustri memorie, fosse città imperiale e libera, e che il suo reggimento avesse forme speciali; che i segni della romana grandezza, che ancora in piè sussistevano, a spesa del suo imperial tesoro fossero conservati e mantenuti; che il debito del pubblico fosse debito dell'impero; che le rendite del papa si amplificassero fino a due milioni di franchi, e fossero esenti da ogni carico e prestanza; che le proprietà e palazzi del santo padre non fossero soggetti ad alcun aggravio di tasse e a nessuna giurisdizione o visita, ed, oltre a questo, godessero d'immunità speciali; che finalmente una consulta straordinaria il 1.º di giugno prendesse possessione a suo nome degli Stati del papa, ed operasse che il governo, secondo gli ordini della costituzione, vi fosse recato in atto il primo giorno del 1810; nè mettendo tempo in mezzo, chiamava, il giorno stesso del 17 maggio, alla consulta Miollis, creato anche governator generale e presidente, Saliceti, Degerando, Janet, Dalpozzo, e per segretario un Balbo, figliuolo del conte Balbo di Torino.
A questo modo veniva Roma in potestà immediata di Napoleone, ed i papi, dopo una possessione di mille anni, furono spodestati del dominio temporale. Ad atto così grave ed insolito sclamava Pio, e con la sua pontificale voce a tutto il mondo gridava. E il giorno appresso, in cui mandava fuori le sue lamentazioni, fulminava la scomunica contro l'imperator Napoleone e contro tutti coloro che con lui avessero cooperato all'occupazione degli Stati della Chiesa, e massimamente della città di Roma. Fulminò altresì l'interdetto contro tutti i vescovi e prelati sì secolari che regolari, i quali non si conformassero a quanto aveva statuito circa i giuramenti e le dimostrazioni pubbliche verso il nuovo governo.
Data la sentenza, si ritirava nei penetrali del suo palazzo, attendendo a pregare, ed aspettando quello che la nemica forza fosse per ordinare di lui. Fe' chiudere diligentemente le porte e murare gli aditi del Quirinale, acciocchè non si potesse pervenire nelle interne stanze sino alla sua persona, se non con manifesta violazione del suo domicilio. Informarono i napoleoniani il loro padrone dello sdegno del papa e della fulminata sentenza; pregarono, ordinasse che avessero a fargli. Rispose, rivocasse il papa la scomunica, accettasse i due milioni: quando no, l'arrestassero, ed il conducessero in Francia. Duro comando trovò duri esecutori. Andarono la notte del 5 luglio sbirri, manasdieri, galeotti, e con loro, cosa incredibile, generali e soldati alla violazione della pontificia stanza. Gli sbirri, i masnadieri ed i galeotti scalarono il muro alla panattiera, dov'era più basso, ed entrati, aprirono la porta ai soldati, parte genti d'armi, parte di grossa ordinanza. Squassavansi le interne porte, scuotevansi i cardini, rompevansi i muri: il notturno rumore di stanza in stanza dell'assaltato Quirinale si propagava; le facelle accese accrescevano terrore alla cosa. Svegliati a sì grande ed improvviso fracasso, tremavano i servitori del papa; solo Pio imperterrito si mostrava. Stava con lui Pacca cardinale, chiamato a destino peggiore di quello del pontefice, per avere in tanta sventura e precipizio serbato fede al suo signore: pregavano, e vicendevolmente si confortavano. Ed ecco arrivare i soldati, atterrate o fracassate tutte le porte, alla stanza dell'innocente e perseguitato pontefice. Vestivasi a fretta degli abiti pontificali: voleva che rimanesse testimonio il mondo della violazione, non solamente della sua persona, ma ancora del suo grado e della sua dignità. Entrò per forza nella pontificia camera il generale di gendarmeria Radet, cui accompagnava un certo Diana, che per poco non aveva avuto il capo mozzo a Parigi per essersi mescolato in una congiura contro di Napoleone. Radet, pensando agli ordini dell'imperadore, venne tostamente intimando al papa, accettasse i due milioni, rivocasse la scomunica, altrimenti sarebbe preso e condotto in Francia. Ricusò non superbamente, ma pacatamente, il che fu maggior forza, il pontefice la proferta. Poi disse perdonare a lui, esecutore degli ordini; bene maravigliarsi che un Diana, suo suddito, si ardisse di comparirgli avanti, e di fare alla dignità sua tanto oltraggio; ciò non ostante, soggiunse, anche a lui perdonare. Fattosi dal papa il rifiuto, trapassava a protestare, dichiarando nullo e di niun valore essere quanto contro di lui, contro lo Stato della Chiesa e contro la romana Sede aveva il governo franzese fatto e faceva; poi disse essere parato; di lui facessero ciò che volessero; dessergli pure supplizio e morte, non avere l'uomo innocente cosa di che temere si abbia. A questo passo, preso con una mano un crocifisso, coll'altra il breviario, ciò solo gli restava di tanta grandezza, in mezzo ai vili uomini rompitori del suo palazzo ed ai soldati che non avevano abborrito dal mescolarsi con loro, s'incamminava dove condurre il volessero. Gli offeriva Radet desse il nome dei più fidi cui desiderasse aver compagni al suo viaggio. Diedelo; nessuno gli fu conceduto. Fugli per forza svelto dal grembo Bartolommeo Pacca cardinale. Poi fu con presto tumulto, condotto assiepandosegli d'ogni intorno le armi soldatesche, nella carrozza che a questo fine era stata apparecchiata, e con molta celerità incamminato alla volta di Toscana. Solo era con lui Radet. Mentre gl'indegni fatti notturnamente si commettevano nel pontificale palazzo, Miollis, sorto a vegliare la impresa, se ne stava ad udire i rapporti che ad ogni momento gli pervenivano, nel giardino del contestabile passeggiando.
Stupore ed orrore occuparono Roma quando, nato il giorno, vi si sparse la nuova della commessa enormità. Portavano i carceratori il pontefice molto celeremente pei cavalli delle poste per prevenir la fama. Trasmettevansi l'uno all'altro i gendarmi di stazione in stazione il captivo e potente Pio. Quel di Genova temendo qualche moto in Riviera di levante, l'imbarcava sur un debole schifo che veniva da Toscana. Addomandò il pontefice al carceratore se fosse intento del governo di Francia di annegarlo. Rispose negando. Posto piede a terra, il serrava nelle apprestate carrozze in Genova: pena di morte, se i postiglioni non galoppassero. Sostossi in Alessandria, come in luogo sicuro per le soldatesche, a desinare. Poi traversossi il Piemonte con velocità di volo. A Sant'Ambrogio di Susa, il carceratore apprestava i cavalli per partire con maggiore celerità che non era venuto. Lasso dall'età, dagli affanni, dal viaggio, l'addomandava il pontefice, se Napoleone il voleva vivo o morto. Vivo, rispose. Soggiunse Pio: Adunque starommi questa notte in Sant'Ambrogio. Fu forza consentire. Varcavano il Cenisio: gl'italiani popoli, non avendo potuto per la velocità venerare il pontefice presente, il venerarono lontano, pietosamente visitando i luoghi dove aveva stanziato, per dove era passato: sacri li chiamavano per isventura, sacri per dignità, sacri per santità. Pacca fedele fu mandato, come se fosse un malfattore, nel forte di Pierrechateau presso a Bolley. Fu lasciato il papa fermarsi qualche giorno a Grenoble, poi messo di nuovo in viaggio. Come se altra strada non ci fosse, fu fatto passare a Valenza di Delfinato, stanza di morte di Pio VI, atto tanto più incivile quanto non necessario. Per Avignone, per Aix, per Nizza di Provenza il condussero a Savona, strano viaggio da Roma per Francia a Savona. Ma celavasi la partenza, celavasi il viaggio: salvo coloro che presenti vedevano il pontefice, niuno sapeva; perchè delle lettere dei privati poche parlavano, delle gazzette niuna, dove fosse, nè dove andasse. I Franzesi con la medesima riverente osservanza l'onoravano, con cui lo avevano onorato gl'Italiani: il trattarono i prefetti dei dipartimenti con sentimento e rispetto: così aveva comandato Napoleone.
Napoleone vincitore tornava in Francia nella imperial sede di Fontainebleau. I deputati italiani già l'aspettavano per le adulazioni. Moscati, orando pel regno italico, ringraziò delle date leggi; Zondadari cardinale, per la Toscana, della data Elisa. Per Roma vi fu maggior magniloquenza. Braschi, oratore della città dei sette colli, favellò degli Scipioni, dei Camilli, dei Cesari, del padre Tevere.
Rispose il sire ai Romani, sempre pensare alle famose geste dei loro antenati; passerebbe le Alpi per dimorarsi qualche tempo con esso loro; gl'imperatori franzesi suoi predecessori avergli scorporati dall'impero e dati in feudo ai loro vescovi, ma il bene de' suoi popoli non ammettere più alcuna divisione. Sotto le medesime leggi, sotto il medesimo signore aver a vivere Francia ed Italia; del resto, aver loro bisogno di un braccio potente, e lui avere questo braccio, e volerlo usare a benefizio loro: ciò non ostante non intendere che alcun cambiamento fosse fatto nella religione dei loro padri; figliuolo primogenito della Chiesa, non voler uscire dal suo grembo; non avere mai Gesù Cristo creduto necessario dotare San Pietro di una sovranità temporale: la romana sede essere la prima della cristianità, essere il vescovo di Roma capo spirituale della Chiesa, lui esserne l'imperadore: voler dare a Dio ciò ch'è di Dio, a Cesare ciò ch'è di Cesare.
Intanto in Roma francese, la romana consulta, come prima prese il magistrato, pensò alla sicurezza del nuovo Stato, sapendo quanti mali umori e quante avverse opinioni covassero: parve bene spiare sul bel principio i pensieri più segreti degli uomini: ordinava la polizia: creonne direttor generale Piranesi, uomo molto atto a questo carico. Ciò quanto ai detti ed ai fatti segreti; quanto agli scritti, anche segreti, fu tolta agl'impiegati del papa la posta delle lettere, e data al direttore della posta di Francia. Nè la cosa fu solo in nome; perchè con dannabilissima licenza si aprivano e si leggevano le lettere che s'indirizzavano a Savona dov'era il papa. Si usava in questo un rigore eccessivo. Importava che, a confermazione della quiete, si unisse la forza alle notizie, nè potendo i soldati di Francia essere in ogni luogo, si crearono le guardie, urbane in Roma, provinciali nelle provincie, legioni chiamandole. Della legione di Roma fu eletto capo il conte Francesco Marescotti, uomo dedito a Francia. Questi uomini furono buoni per impedire i moti politici, non a frenare gli uomini di mal affare, che infestavano l'agro romano e le vicinanze stesse di Roma. Trapassossi a partire il territorio, con fare due dipartimenti, di cui chiamarono l'uno del Tevere e l'altro del Trasimeno; nominaronsene a tempo i due prefetti, un Giacone ed un Olivetti. Trassersi gli ufficiali municipali; furono le elezioni di gente buona e savia; faceva la consulta presto, ma faceva anche bene. Ostava alla nuova amministrazione dei comuni l'ordine del buon governo, il quale, creato da Sisto V ed attuato da Clemente VIII, aveva l'ufficio di amministrar i comuni, nè senza grande utilità loro. La consulta l'abolì, sostituivvi le forme franzesi. Il consiglio municipale di Roma chiamò senato; elessevi personaggi di gran nome, i principi Doria, Albani, Chigi, Aldobrandini, Colonna, Barberini, i duchi Altieri, Braschi, Cesarini, Fiano. Braschi fu nominato maire, o vogliam dire sindaco di Roma. Intanto si scrivevano i soldati per le guerre forestiere, anche nella città imperiale e libera di Roma. Nè le leggi civili e criminali di Francia si omettevano; che anzi, per ordinazione della consulta, si promulgavano sì quanto alle persone, sì quanto alle cose, sì quanto ai diritti, e sì quanto agli ordini giudiziali. Fu chiamato presidente della corte di appello Bartolucci, un uomo di mente vasta e profonda, di non ordinaria letteratura, e di giudizii e di stato molto intendente. Chiamato consigliere di Stato a Parigi, vi diede saggi di quell'uomo dotto e prudente ch'egli era.
Le casse intanto più di ogni altra cosa premevano; Janet ne aveva cura. Conservò la imposizione dativa, che doveva gettare un milione e mezzo di franchi, la tassa del sale, il cui ritratto si supputava circa ad un milione, ed il dazio della mulenda, che si estimava ad una valuta circa di cinquecento mila franchi. Tra il lusso dei primi magistrati, la miseria del paese, i debiti di ognuno, il frutto di queste tasse non poteva bastare a dar vita alla macchina politica. Pure buon uso faceva la consulta di una parte del denaro del pubblico. Propose a Napoleone, e da lui impetrò anche facilmente, che si pagasse sufficiente denaro alla duchessa di Borbone parmense ed a Carlo Emmanuele re di Sardegna, che tuttavia se ne viveva in Roma tutto intento alle cose della religione; nobile atto e da non tralasciarsi negli annali.