La fermezza del generale Bixio e delle sue truppe assicurarono la ritirata del 3o Corpo di armata ed egli stesso si affrettò poi ad occupare Quaderni, per impedire al nemico di penetrare tra Villafranca e Valleggio.
Il combattimento del 24 giugno non fu affatto disonorevole per le truppe italiane. Il campo di battaglia rimase in parte agli austriaci, in parte a noi, e se noi ci ritirammo, si ritirarono essi pure.
Le nostre perdite furono sensibili, ma quelle del nemico furono maggiori. La maggior parte dei nostri combattenti fecero prodigi di valore, tanto è vero che gli austriaci, persuasi che l'armata italiana non è inferiore ad alcun altra, si astenne dal cimentarsi a molestare e ad impedirne la ritirata. Nove divisioni non avevano potuto prender parte a quel combattimento; due rimaste per ordine superiore a Villafranca; quella comandata da S. A. Reale il principe Umberto e l'altra comandata dal generale Bixio; e sette divisioni con 176 cannoni rimaste sul Po, sotto gli ordini del generale Cialdini.
La giornata di Custoza non ebbe la grande importanza che, gli si volle attribuire; tanto è vero che il 17 luglio le truppe sotto agli ordini di Cialdini passato il Po, costringevano la guarnigione di Borgoforte ad abbandonare quella forte piazza per ritirarsi in Mantova.
Per i volontari comandati da Garibaldi l'ordine di ritirarsi dalle posizioni conquistate era stato doloroso, ma bisognava ubbidire.
Il generale senza esitare, con la sua abituale rapidità, ordinò alle sue truppe di abbandonare i posti occupati e con tanto valore difesi, e li disponeva fra Brescia e Lonato.
Nella notte del 25 il comandante della flottiglia ordinava ad Elia di sbarcare tutto il materiale di guerra della sua cannoniera e di avvertire di non lasciare a bordo palle esplodenti; poichè dovevasi dar fuoco alla flottiglia e distruggerla.
Elia ubbidì quanto allo sbarco del materiale, che poteva essere stato richiesto dal Generale come necessario alla difesa di Brescia, ma credette di non poter egualmente permettere si abbruciasse la sua cannoniera. Raccomandò ai marinari del "Torrione" di fare buona guardia e, coll'autorità che gli dava il suo grado superiore, ordinò ai comandanti delle altre cannoniere di non dare esecuzione ad alcun ordine, che potesse compromettere la salvezza del naviglio loro affidato. Fatto ciò egli si diresse alla residenza del Capo di Stato maggiore e, trovato il generale Fabrizi ed il colonnello Guastalla, chiese loro quali erano gli ordini per la flottiglia e saputili, domandò carta bianca, ripromettendosi d'impedire che essa cadesse in mano agli austriaci, senza che vi fosse bisogno d'incendiarla e di distruggerla. Sua intenzione era di adoperare il sistema, che ebbe a riuscirgli così bene a Marsala col "Lombardo" di aprire all'ultimo estremo i rubinetti alle macchine per farle affondare. Avuta tale facoltà, mantenne una attivissima sorveglianza per non essere sorpreso dal lato del lago, mentre il colonnello Bruzzesi prendeva le sue precauzioni dal lato di terra, e non essendo accaduto nulla di straordinario, la flottiglia fu salvata con soddisfazione grandissima del generale Garibaldi, che alla notizia avuta della sua distruzione era andato su tutte le furie.
Venuto il giorno dopo a prendere il comando di Salò il generale Avezzana, questo con insistenza pregava Elia di accettare il comando della flottiglia, e sebbene a malincuore, perchè gli doleva lo stato di quasi inazione a cui era condannato, pur nondimeno dovette ubbidire, perchè alle istanze del generale Avezzana vi si aggiunse il comando del generale Garibaldi, che, venuto a bordo della cannoniera Torrione gli faceva elogio per la salvata flottiglia e gli ordinava di prenderne il comando. L'Elia non poteva rifiutarsi e chiese ed ottenne per suo Capo di Stato maggiore il capitano, amico suo carissimo, Alberto Mario.