L'affettuosa madre Maria Fumantina coltivò di buon'ora i talenti del fanciullo, e gl'insegnò il latino, ch'essa conosceva a segno da poter tradurre Terenzio: non furono risparmiate spese per l'educazione di esso: e sotto Marcello Vergilio, secretario della repubblica fiorentina, ebbe valenti condiscepoli, Francesco Medici, Alessandro Capponi, Angelo e Pandolfo Stufa, Francesco Rafaele Ricci e, miglior umanista di tutti, Pietro Vettori. A sedici anni dalla corruttela del secolo rifuggitosi nel chiostro, si fe canonico regolare agostiniano a Fiesole, mentre sua sorella Felicita entrava nelle monache di San Pietro Martire. Ne provò dolore, pur non senza compiacenza, il loro padre, ch'era uno dei devoti a frà Savonarola, e che morendo lasciò parte de' suoi beni all'Albergo de' Forestieri in sussidio dei poveri.
A Fiesole Pietro Martire trovò grande opportunità agli studj; e massime alle sacre scritture dava grand'attenzione, e se ne metteva a mente dei pezzi, del che si giovò in appresso grandemente. Dopo tre anni passato nel convento di San Giovan di Verdara presso Padova onde frequentare quella Università, vi studiò otto anni le varie opinioni filosofiche e teologiche; e poichè la filosofia d'Aristotele c'era in voga, nè egli si soddisfaceva della traduzione latina, s'applicò al greco assiduamente: mentre nella teologia l'istruivano due professori domenicani ed uno eremitano. Di ventisei anni si pose a predicare; al che gli Agostiniani di solito erano scelti nell'advento e nella quaresima, serbandosi le prediche ordinarie dell'anno ai Domenicani. Fece il primo saggio a Brescia, indi a Roma, Bologna, Venezia, Mantova, Bergamo, Pisa, Casal Monferrato; oltre che leggeva scrittura sacra in varj conventi del suo Ordine, a Padova, a Ravenna, a Bologna, a Vercelli, dove legò amicizia con Benedetto Cusano vercellese, buon grecista e traduttore d'Omero, e da cui siamo informati degli studj assidui di quello.
Dapprincipio la devozione di suo padre l'ebbe innamorato del Savonarola, e ne ammirava l'intrepidezza al predicare e al soffrire. Egli stesso predicando seguiva i metodi scolastici; leggeva i Padri, e non trovandoli concordi, si appigliò al Vecchio e Nuovo Testamento, e per meglio comprenderlo apprese l'ebraico da Isacco, medico israelita. Investito dell'abazia di Spoleto, mostrò capacità agli affari e prudenza; molte irregolarità vedute in conventi e monasteri cercò emendare, come pure di riconciliare i partiti della città.
Accettato quindi nel convento di San Pietro ad Ara di Napoli, maggiore in dignità, quivi gli capitarono i commenti del Bucer sul vangelo e sui salmi, stampati il 1527, e tradotti in italiano sotto il falso nome del Arezzo Felino; poi la Vera e falsa religione di Zuinglio, ed altre opere di Riformati. Se ne invaghì e le meditava col Cusano e col poeta Flaminio, e più dopo che strinse relazione cogli amici del Valdes. Già intinto di questi principj, cominciò nel 1541 in San Pietro ad esporre l'epistola ai Corinti, con tal concorso, che, chi non v'andasse, era reputato mal cristiano. Un giorno prese per testo le parole della prima, delle quali soleano valersi i teologi per appoggiar la credenza al purgatorio: «Il dì del Signore farà conoscere le opere di ciascuno; il fuoco proverà qual sia l'opera di ciascuno; se l'opera di alcuno brucerà, egli ne soffrirà il danno: ma sarà salvato, però per mezzo al fuoco». Aspettavansi la solita parenesi sulle anime purganti, e invece provò che quelle parole doveano prendersi in senso emblematico, significando l'intera distruzione dell'errore, e ciò sostenne con grandi autorità. I preti, e massime i Teatini, lo denunziarono, onde il vicerè Toledo gli interdisse di più predicare: ma Pietro Martire, sorretto da' suoi frati e da persone ragguardevoli, ricusò obbedire, n'appellò al papa, ottenne di continuare come prima, e così sparse quel seme che poi germogliò.
Se non che, avanti compiere il suo triennio, gittaronsi pericolose febbri, delle quali il Cusano morì, e Pietro Martire fu costretto cangiar aria. Allora destinato visitatore generale del suo Ordine in Italia, ebbe modo di riparare molti abusi, all'uopo consigliandosi col cardinal Gonzaga, protettore di quella religione, e rimovendo i contumaci: uno de' più resistenti fu relegato in vita nell'isola Diomedea.
Posto priore a San Frediano di Lucca (1541), meno velò le sue opinioni, e quasi ne aperse scuola, ed affinchè la gioventù fosse ben istrutta, chiamò Paolo Lazise, famoso aristotelico di Verona, a insegnare il latino; Celso Martinengo il greco, Emanuele Tranellio di Ferrara l'ebraico, ed eccitava i giovani a tenere ben d'occhio se egli spiegasse rettamente le epistole di san Paolo e qualche salmo. Così acquistò alle nuove credenze diciotto monaci, che nelle vicinanze le sparpagliarono, mentr'egli le predicava nella cattedrale di Lucca.
Il cardinale Contarini, tornando dal colloquio di Ratisbona, venne col maestro del Sacro Palazzo a far riverenza a papa Paolo III, ch'erasi reso a un congresso in Lucca con Carlo V, e quivi si trattenne con Pietro Martire in discussioni religiose, siccome le aveva intese in Germania, e per le quali il Fiorentino venne a confermarsi nelle sue idee[55]. Pure nella dimora del papa egli non ebbe disturbo. Ma presto a Roma se ne sussurrò, e il vescovo Bartolomeo Guidiccioni scrisse alla signoria di Lucca, lamentando vi si tollerassero i nuovi errori: ch'erano predicati anche apertamente da don Costantino priore di Fregonara.
Di Pietro Martire non è cenno in quelle lettere, forse per riguardo a' suoi molti amici. Ma egli temendo, e viepiù dopo che fu citato a un capitolo generale del suo Ordine in Genova, dispose ogni cosa, e secretamente ajutato da Cristoforo Brenta patrizio lucchese, partì col Lazise, col Trebellio e con Giulio Terenziano di Piacenza, il quale restò sempre suo fedele compagno. Da Pisa scrisse al cardinale Polo ed a' suoi amici di Lucca, sponendo le sue opinioni sui traviamenti della Chiesa romana. A Firenze persuase l'Ochino a imitarlo, e di due giorni il precedette per Bologna, Ferrara, Verona, accolto con favore dagli aderenti, e per l'Alpi retiche arrivò a Zurigo il 1542.
Bullinger, Pellicano, Rodolfo Gualter, Bibliander l'accolsero come fratello; passò quindi a Basilea, poi a Strasburgo[56], donde il 6 gennajo 1543 dirigeva una lettera alla sua diletta Chiesa di Lucca.
In cinque anni che colà dimorò, stampava prima il Catechismo ovvero esposizione del symbolo apostolico (Basilea, 1546), poi varj libri sul Nuovo e Vecchio Testamento, e facea pubblici commenti. Suo metodo era di dare in prima il senso letterale di ciascun versetto, poi ne traeva gli argomenti e l'istruzione, ciascun passo confrontando con altri, e gli uni cogli altri rischiarando, sempre con severità e semplicità; adduceva in appresso le opinioni dei Padri sui punti discussi, e faceasi ammirare per la lucidità e precisione, forse dovuta allo studio fatto su Aristotele, e per cui veniva giudicato superiore a Bucer. Puro ed elegante riconosceasi il suo latino, benchè troppo conciso; nè mancava di movimenti patetici qualora dovesse esortare l'uditorio al pentimento, o descrivere la gioja di servir a Dio. Gran cura metteva alla precisione delle parole quando trattava della giustificazione e predestinazione e della santa cena.