Questa regina era Caterina de' Medici, sua concittadina. Chiamato da lei, le s'ingnocchiò davanti, come di costume; ed essa con lui depose l'orgoglio consueto, e lungamente gli favellò in italiano. Egli la esortò a farsi coraggio, e professare la religione pura, col che gioverebbe non alla Francia solo, ma a tutta la cristianità: che Dio poteva compiere l'opera sua anche senza i principi, pure voleva a questi offrire il mezzo di adempiere il loro dovere. Caterina rispose che anch'ella desiderava si conoscesse la verità, e per tal proposito aveali radunati, e per avere consiglio del come assodare la pace senza ledere gli avversarj. Difficile cómpito suggerire un mezzo che piacesse ai Protestanti e non costasse ai Cattolici! Nè il Vermiglio lo sapeva, e rispondeva: «Ignoro se un tale spediente esista; esistesse anche, poco io aspetto dalla buona volontà degli avversarj. Ma Cristo stesso disse che non era venuto a portar la pace, sibbene la spada. Abbracci ella la vera religione, e non avrà sudditi più fedeli che i Protestanti.
E Caterina: «Nol posso credere: gli Ugonotti han preso le armi di nuovo.
Martire. «Purchè Vostra Maestà stabilisse d'aprir la via alla verità, Iddio manderebbe subito la pace.
Caterina. «Se tu non credi che la Chiesa possa esser riformata dai prelati, dammi un parere sulla soluzione di questa difficoltà.
Martire. «Concedete ai Protestanti la libertà di religione, e la verità si farà da se medesima manifesta, ne più sarà mestieri di colloqui o disputazioni».
Così il discorso procedea sulle generali; se non che Caterina pensava potesse dai Cattolici farsi adottare la confessione augustana, ma Pietro Martire assicurava non potrebbe mai da Roma prendersi come base dell'unità quella ch'era stata condannata come eresia.
Fu proseguito il colloquio col gran cancelliere L'Hopital, poi col re di Navarra, che volle intendere da esso le particolarità della sua fuga dall'Italia e de' successi posteriori. Ma Pietro Martire non s'illudeva, e al Bullinger descrivendo questi fatti[65], chiamava cieca la regina, se sperava riformare col consenso de' prelati; tacciava il re di Navarra come freddo, perchè andava ancora alla messa.
Molto ebbero a dire e Cattolici e Protestanti di questo colloquio, quali asserendo che l'astuta Italiana avesse guadagnato lui, quali ch'egli avesse convertita lei; paure e speranze del pari mal fondate, poichè egli era troppo prudente per mettersi in mano di Caterina, e questa troppo imperiosa per lasciarsi dominare da motivi religiosi.
Tornato a Zurigo, Pietro Martire cadde nell'ultima malattia. Nella quale, assistito dal Bullinger, sempre si occupava di cose spirituali, fin nel delirio togliendo a confutare l'ubiquità del Brenzio[66].
Spirato il 12 novembre 1562, ebbe esequie solenni ed affettuose[67]: e Wolfango Haller scriveva allo Zanchi: «Martire non era soltanto un lume e un appoggio della nostra Chiesa, ma di tutta la comunione de' fedeli; sì grandi erano la sua prudenza, le cognizioni, la dignità, l'umanità, che tutti lo ammiravano ed amavano. Chi potrebb'essere così privo di senso, da non deplorare nel profondo del cuore la perdita di un tal uomo?» Lo compiansero in versi latini e greci Giosia Simler, Corrado Gesner suo medico ultimo, Rodolfo Gualter, Wolfango Musculo, Giovanni e Wolfango Haller, Beza, il vescovo inglese Parkhurst ed altri; a tacere le condoglianze onde sono piene le lettere d'allora, massime quelle del Beza, e fin de' Cattolici, solo dolenti che si fosse da loro scostato[68].