Passò poi non senza pericoli sul continente, e col fido Giulio arrivò a Strasburgo il 30 ottobre 1553. Informato subito da lui di quanto aveva operato in Inghilterra, Calvino lo invitò a dirigere a Ginevra la Chiesa italiana, ma egli esortò a lasciarvi Celso Martinengo, uomo onesto, dotto, grave. A Strasburgo, il senato gli diede a espor le sante scritture nella scuola di san Tommaso; mentre Girolamo Zanchi, che gli era succeduto quando passò in Inghilterra, leggeva il libro De natura di Aristotele. I molti Lucchesi rifuggiti avrebbero bramato averlo per loro ministro, ma egli rispondeva l'8 marzo 1555: «Quanto volontieri presterei ancor una volta servigio a' miei italiani! come Paolo di nuovo ai Giudei predicò la salute, così io nulla meglio desidererei che convertire i miei compatrioti. Ma il concistoro di qui non v'acconsente; ed io son di tanto obbligato agli Strasburghesi, che non posso lasciarli, e anche la Chiesa francese mi esorta agli rimanere».
I due italiani però vi erano forte contraddetti dai Luterani per le loro opinioni sulla Cena. I magistrati avrebbero voluto si acconciassero alle credenze del paese, e a ciò ch'erasi stabilito nella pace di religione; ma per quanto Pietro Martire fosse persuaso doversi tollerare tutte le opinioni parziali, purchè non uscissero dalla rivelazione divina, non credette poter far tacere la sua coscienza fino a quel punto. Pertanto volontieri ricevette l'invito, direttogli dal senato di Zurigo, di succedere all'illustre Corrado Pellicano come professore di lingua santa. Bullinger gli scriveva confortandolo ad accettare: «Lungo sarebbe enumerare le ragioni che ti devono indurre. E prima l'elezione evidente di Dio. Poi il tornare co' tuoi colleghi e nella società d'uomini che ti amano, e sono alieni da alterazioni. Qui troverai il vecchio tuo amico e fratello Ochino, e una Chiesa italiana, che la Germania non ha la pari. Tu se' in vicinanza dell'Italia, e puoi mandarvi ciò che credi. Qui fra gl'incomodi della vecchiaja troverai pace e calma», e continuava con ragioni che molto valsero sul Vermiglio.
Il quale ruppe i legami con una città, che per lungo tempo era stata il campo della sua attività e dove lasciò onorata memoria, massime tra i rifuggiti inglesi e italiani. Il suo discorso di congedo eccitò la commozione di tutti; e alquanti anni dopo, Wigand Orth professore di Marburgo scriveva allo Zanchi: «Parmi ancora veder le lacrime che professori e studenti versarono; molti consideravano come inabissata questa scuola da che spegnevasi un tanto lume. E davvero fu grande sbaglio il lasciar partire un tal uomo, un teologo, qual la Germania presente non ne possiede un altro»[63].
E Bullinger a Giovanni Travers di Zus: «Morto Pellicano nell'integra e sincera confessione della fede, in suo luogo a professar lettere sacre ed ebree fu chiamato Pietro Martire, che venne a noi il mese passato, e fu accolto con pubblica allegrezza. Ora professano a vicenda due persone incomparabili; Teodoro Billiander e Pietro Martire: e questo espone le storie, quello spiega i profeti; entrambi con rara cognizione delle lingue e perizia delle Scritture; entrambi eloquenti ed esercitatissimi in ogni arte e disciplina, sicchè riportano somma lode».
Nel discorso inaugurale, Pietro Martire esponeva la propria vita, e quali lotte ebbe a sostenere in Italia per giungere alla conoscenza della verità, ma ciò che poteva opprimerlo servì invece a saldarlo nella fede, per ajuto dello Spirito Santo: mostrava come i tanti dottori di Parigi, Lovanio, Salamanca, Bologna, Padova insegnassero tutt'altro che la vera teologia, a confronto di quelli che la spiegano in Isvizzera.
Colà egli interpretava i libri di Samuele, e a due mire principali si volgeva; giustificare gli Evangelici contro i loro avversarj romani, e mostrare il giusto governo della Chiesa. Che i Protestanti avessero rotto l'unità della Chiesa, e introdotto uno scisma più profondo e deplorabile de' precedenti, ei lo nega, giacchè unione non vi può essere che nella parola di Cristo, sciolta dalla parola umana; aver essi pure desiderato un Concilio, ma dove intervenissero anche i Protestanti, e non aver potuto ottenerlo.
Morto che fu Celso Martinengo, gli Italiani e massime i Lucchesi rifuggiti a Ginevra chiedeano Pietro Martire per loro pastore, e Calvino ve l'esortava, attesochè a Zurigo molti teologi v'avea, pochissimi a Ginevra, dove pur tanto n'era bisogno per frenare le opinioni antitrinitarie che vi serpeggiavano.
Oltre le lunghe contese coi Luterani intorno alla Cena, altre ne durò Pietro Martire col Brenzio intorno all'ubiquità, con Bibliander intorno al libero arbitrio, e i molti scritti in proposito trovansi ne' suoi Loci comunes. Combatteva anche gli errori degli Unitarj di Polonia; eppure il suo spirito di conciliazione gli cagionò dispiaceri, lasciando credere propendesse alle teorie antivangeliche dell'Ochino e del Biandrata. Onde a Calvino scriveva nel giugno 1558, che le turbolenze della Chiesa italiana di Ginevra non gli lasciavano quiete giorno o notte; che il Biandrata, venuto a trovarlo, aveva cercato guadagnarlo a' suoi errori; che ne' colloqui con esso erasi fatto certo come ammettesse solo una persona nella divina natura, e il Padre e il Figlio non formare una sola essenza, talchè si veniva alla pluralità degli Dei, anzi il Gribaldi la affermava in termini evidenti. Pietro Martire ingegnossi d'indur il Biandrata all'unità della Chiesa, e con pura e sincera mente soscrivere alla formola sanzionata; ma quegli perseverò, e andossene a Chiavenna con un tal Giovanni Paolo pedemontano, come vedremo.
Anche d'Inghilterra, dopo che, morta Maria, la succeduta Elisabetta rintegrò il protestantismo, continue lettere riceveva il Vermiglio, fin di vescovi e di Università, e a nome della regina chiedeanlo di pareri in fatto di credenze, di riti, di vesti, di cerimonie. Perocchè in paese tanto attaccato agli usi precedenti, segregatosi da Roma sol per decreti sovrani, la regina non osava distruggere tutto, e si ritennero croci, lumi, paramenti; nè Pietro Martire mostrava repugnarvi, forse per quel suo sistema conciliatore. Richiamato nell'isola, non si sapeva indurre a recarvisi, perchè avrebbe avuto a lottar di continuo, mentre ormai non ambiva più che la quiete. Bensì accettò di assistere Teodoro Beza nel colloquio di Poissy, dove trattavasi di stabilire una fede pel regno di Francia.
In quel colloquio egli parlò italiano, e fece molto effetto[64] non di mutare Cattolici, ma d'indurre i Riformati a credere che nella santa cena, per virtù ed efficacia di Dio, riceviamo realmente il corpo e sangue di Cristo. Pure industriavasi sempre a trarre ad accordi; mutava transustanziazione in consustanziazione; e cercava dissipare nella regina le sinistre voci, sparsesi sulle sue credenze; essere egli vissuto in paesi differenti, ma sempre procacciando pace e concordia; obbedendo alle leggi, per altro senza disviare dalle proprie credenze.