Già prima era stato privato del vescovado, e datogli successore il domenicano Tommaso Stella veneziano: e al 12 ottobre 1549 il Casa al cardinal Farnese scriveva: «Quanto prima si fa che il vescovo di Capodistria vadi alla diocesi, tanto fia meglio, perchè sua signoria è sollecitata e di qua con parole, e di là con lettere, e anco la cosa stessa sollecita per sè medesima».
E al 9 novembre:
«Il vescovo di Capodistria fu spedito, ed ha preso licenza dalla signoria per andarsene alla chiesa con molta laude e favore. E del Vergerio non so niente altro, se non che ha scritto e stampato un altro suo volume, dove, per quanto mi è scritto da Bergamo, dice molto male di Nostro Signore e di me. Che Dio gliel perdoni: che certo si è proceduto con esso lui, come vostra signoria sa, piuttosto pigramente e con ogni carità che con vigore alcuno».
Tommaso Stella, succeduto inquisitore al Grisoni, continuava intanto il processo del Vergerio[116], il quale «al serenissimo duce Donato» diresse una orazione e difensione da Vicosoprano il 10 aprile 1551, incitando a non permetter che l'Inquisizione e i legati operassero negli Stati della serenissima.
Il Vergerio atteggiavasi da martire, e a Dio diceva: «Altra cura, altro pensiero non ci stringe se non che tu ci perdoni le tante offese che ti abbiam recate, massimamente in aver opposta resistenza così grande al tuo spirito ed alla tua volontà quando ci cominciasti a manifestar Gesù Cristo»; e ringraziava inquisitori, fiscali, il papa d'averlo spinto a rompere colla menzogna.
Ma a Basilea disse a Martino Barrhans, professore d'ebraico: «Io non sarei qui se non avessi veduto lo Spiera. Il papa, tra con minacce, tra con lusinghe m'invitava andar a Roma, e quivi, celato il vangelo, vivere non disforme de' suoi decreti... Ma visto che ebbi e udito lo Spiera che lottava gravissimamente col giudizio di Dio, cioè col peccato, colla morte, coll'inferno, talmente fui percosso e pietrificato, che rimossi dall'animo ogni pensiero di andar al papa e venerarlo, e dissimular la verità...... Poco dopo averlo veduto, lasciato il vescovado, la patria, gli amici, gli averi, uscii d'Italia per poter più liberamente confessare Cristo, re dell'inferno, della terra, del cielo, che prima con falsa dottrina e non miglior vita avevo deturpato, prestando opera all'avversario di lui, che elevatosi al di sopra di Dio, una podestà pari a Cristo già da molti secoli si arrogò».
Per le montagne bergamasche il Vergerio era fuggito nella Valtellina, soggetta allora ai Grigioni e perciò libera di fede: e si fermò a Poschiavo, dove Giulio da Milano avea raccolto una Chiesa italiana. Di là al Delfino vescovo di Lésina scriveva: «Siamo d'intorno a duecento uomini, dall'Italia fuorusciti per Cristo; e quale abita nel paese dei signori Grigioni, qual tra signori Svizzeri, qual in Ginevra, qual nell'Inghilterra, qual in Germania e qual in Polonia. Or di questi duecento o là intorno, manco che la quarta o quinta parte sono uomini di lettere, e ve n'ha di eccellentissimi. Dica chi vuole, e' se n'accorge bene il papato sentendone i colpi, e alla giornata ne sentirà di maggiori».
Pensate qual trionfo menarono i Protestanti dell'acquisto d'un tal uomo, ammirato per la facondia nell'insegnare e confutare e convincere; inoltre di bella presenza, ma principalmente di grande autorità come vescovo e che in tale qualità continuava la tradizione apostolica nelle chiese riformate. Blasius scriveva al Bullinger nel 1550: Est, quantum judicare ego possum, testantibus ejus moribus, vir magnae eruditionis et pietatis verae, ac dignus ut in suo proposito ab omnibus piis promoveatur. Rhaetia nostra merito eum observat atque colit, non tam propter ejus pietatem, verum propter linguae ejusdem miram facundiam, qua solet non tantum docere, verum et contradicentes convincere ac confutare. L'A Porta occupa un intero capitolo della sua storia retica attorno al Vergerio; e dice che supra cæterorum exulum ejus æstimabatur oratio, quod externo quopiam corporis habitu niteret, parrhesia et eloquio emineret.
Tanto maggior noja recava la sua presenza in Valtellina ai Cattolici, che cercarono anche qualche mezzo straordinario per farlo partire; ai comizj retici si presentarono ventitrè deputati dei Comuni della Valtellina, chiedendo fosse licenziato dal territorio di Sondrio e da tutta la valle il Vergerio, che teneva residenza a Rogoledo, e predicava dottrine repugnanti alla fede dei più, e protestavano contro qualunque scandalo ne potesse seguire. Non ottennero nulla: pur egli dalla Valtellina passò nell'Engadina, valle retica, e capitò a Ponteresína quando appunto n'era morto il pastore. Fermatosi in un'osteria, tenuta dal magistrato del paese, entrò in discorso cogli avventori, e si esibì di predicar egli, invece del defunto. Sì, no; finalmente gli fu concesso, ed egli tenne un discorso sopra la giustificazione pei soli meriti di Cristo. I vecchi non approvarono nè disapprovarono, ma dissero, «Ascoltiamolo un'altra volta». Ed egli predicò sull'eucaristia, e presto vi ottenne gran lode, consolidò quella Chiesa, e poichè i paesani vendevano ai Valtellinesi le reliquie cui più non credevano, egli disse: «Ciò che reputiam male per noi non possiamo secondar gli altri a farlo», e li persuase a recarle tutte sul ponte Ota, e di là buttarle nell'Inn.
Lasciato ivi pastore il bergamasco Pietro Parisotto, si pose nella val Pregalia a Vicosoprano; di là propagando l'insegnamento ai paesi vicini. A Casaccia, discosta appena un miglio, una notte si trovarono atterrate tutte le immagini, e disperso il corpo di san Gaudenzio; del che il Vergerio si compiaceva come di evidenti progressi.