Idcirco illum ab omnibus et singulis contra eum, ut præfertur, pro parte fisci seu officii sanctæ Inquisitionis prætensis imputationibus, et a quibusvis aliis in processu fisci contentis allegatis et positis, tamquam innocentem et innocentissimum, omnique prætensæ hæresis culpa, macula et suspitione carentem absolvendum et liberandum fore et esse, prout absolvimus et liberamus, proque absoluto et liberato haberi volumus et mandamus. Carcerationem quoque, inquisitionem, et processum præfatos, aliasque vexationes, præmissorum occasione, ipsi Joanni cardinali factas, illatas et præstitas fuisse et esse temerarias, iniquas, illicitas, et injustas, ac de facto et perperam factas et præsumptas, et nullam, propter præmissa, existimationis notam, etiam minimam, ullo modo incurrisse decernimus; ac de et super illis omnibus et singulis præmissis procuratori fiscali et officio præfatis perpetuum silentium imponendum esse et imponimus; et ita dicimus, absolvimus, liberamus, declaramus, et sententiamus omni meliori modo etc.
Il pontefice compensò il Moroni col metterlo presidente al Concilio di Trento; dal quale tornato e riposto vescovo di Modena, v'introdusse i Cappuccini, oltre i Gesuiti, fondò il seminario e il pio luogo Bernardino per l'educazione dei giovinetti: celebrò tre sinodi diocesani, e impetrò il perdono per molti Modenesi, affetti o sospetti d'eresia, onde toglier l'occasione di perseguitarli.
Il Morone era amicissimo del rigido Carlo Borromeo, e con lui insistette, nel 1561, perchè Paolo Manuzio trasportasse la sua stamperia in Campidoglio in ædibus populi romani. Poco mancò fosse eletto papa dopo Pio IV nel 1566, quando invece sortì il cardinale Alessandrino, dal quale era stato processato[174]. In quell'occasione si racconta che esso cardinale Alessandrino, sollecitato del suo voto pel Morone, disse voler prima celebrare la messa, poi darebbe la risposta. E la risposta fu, che, per coscienza non potea farlo, atteso le accuse dategli sotto Paolo III. Aggiungesi che due del Castellaccio presso Alessandria denunziarono aver avuto larghe promesse dal Morone perchè uccidessero Pio V. Questi chiamò il Morone, senza dirgliene nulla, e in presenza di esso fe comparire i due, i quali confessarono avere finto per isperanza di un premio.
Il Morone poi morì a Roma il 1580; ed una sua vita per Giovanni Giorgio Frickio professore a Ulma è inserita nel tomo XII delle Amœnitates literariæ dello Schœlhorn, con gran pompa delle imputategli eresie.
Di simil passo andò la cosa con Egidio Foscarari, domenicano bolognese dotto quanto pio, e che divenuto vescovo di Modena, profondeva ai poveri non solo la rendita, di non più di mille ducati, ma quanto avea di suo o raccoglieva da altri. I padri Quetif ed Ecard, negli Scrittori dell'Ordine de' predicatori, narrano come Petri sedem ascendit Paulus IV, capularis senex et effœtæ jam ætatis, asperioribus paulo moribus et senili morositate suspicionibus obnoxius, qui astu delusus et circumventus æmulorum occulto, fidei postulatos apud se Joannem card. Moronum, inculpatæ vitæ pectorisque magnanimi virum, ætate meritisque gravem..... et Egidium nostrum, zelo præcipiti comprehendi, inque molem Hadrianam XXI januarii MDLVIII detrudi jussit.
Le accuse contro il Foscarari eran meno dirette, e gli autori di lettere anonime o di denunzie vaghe o non osarono manifestarsi o non sostenerle, talchè al 18 agosto 1558 fu rilasciato, dando sicurtà di comparire ogni volta che fosse richiesto. Succeduto Pio IV, fu dichiarato innocente con sentenza siffatta:
«Noi Michele Ghislieri, per la divina misericordia detto il cardinale Alessandrino della santa romana Chiesa, sotto il titolo di Santa Maria nella Minerva, e deputato generale inquisitore della santa ed apostolica Sede contro alla eretica pravitade, e in tutta la cristiana repubblica, narriamo, come, nell'anno MDLVIIII, e alli XXj gennaio, di commissione della felice memoria di papa Paolo III vivæ vocis oraculo, a noi allora fatto, il reverendo padre Egidio vescovo di Modena fu incarcerato nel palazzo della santa inquisizione, senza alcun indizio, nè per il passato, nè per il presente a noi manifesto. Laonde poi alli XVIIj d'agosto del medesimo anno prossimo passato, di commissione ed ordine nostro fu liberato, con sicurtade però di presentarsi in modo e forma, come nelli atti del nostro notajo, ovvero dell'ufficio della santa inquisizione; e così dichiariamo non aver ritrovato il detto reverendissimo padre Egidio esser stato, nè esser al presente colpabile, reo, o sospetto di eresia, o di qualsivoglia delitto o peccato, risguardevole a detta eresia o eretica pravitade: anzi, se alcune accusazioni furono fatte contro il detto reverendissimo padre Egidio alla felice memoria di papa Paolo III, o all'ufficio della santa inquisizione, giudichiamo, e sentiamo esser divenute da persone improbe, false e malvagie, alle quali non si debba per alcun modo prestar fede. E perciò tanto di nostra autorità, quanto di commissione di nostro signor papa Pio III sopra a ciò, vivæ vocis oraculo a noi fatto, per le presenti nostre lettere dichiariamo lo stesso reverendo padre Egidio esser stato provato e ritrovato non solamente incolpevole, ma ancor di tutte le cose di che fu accusato innocentissimo. Per il che giudichiamo doversi da ogni qualunque fedele cristiano tener nel medesimo stato, grado, onore e dignitade, in che prima d'esser prigionato, si ritrovava, nè perciò esser incorso in alcuna imminuzione del suo onore o fama, e il predetto reverendissimo padre Egidio vescovo di Modena, dover essere accettato dal suo clero e popolo devotamente col debito onore e reverenza, come legittimo e cattolico vescovo e pastore delle anime; e in tutto e per tutto umilmente accettare e obbedire alli suoi salutiferi precetti e commissioni, come se mai non fosse stato ritenuto o prigionato; e così parimente la sicurtade di presentarsi, o di stare a ragione (come nelli nostri atti) data, quella stessa annulliamo, cassiamo, vogliamo, e comandiamo esser tenuta nulla e cassa, e mai per l'avvenire doversi fastidire: e così sentenziamo, e dichiariamo mai più da tempo alcuno potersi molestare. Dove abbiamo commesso siano fatte le presenti lettere declaratorie, acciocchè mai da tempo alcuno non possi nascere sospizione della sua dottrina, o della integritade della sua vita.
«Data in Roma nel nostro sacro e apostolico palazzo al primo gennajo dell'anno MDLX, e nel primo del pontificato del santissimo nostro signor papa Pio IV».
Allora egli tornò al suo vescovado di Modena, accolto festosamente, e vi eresse il Collegio delle putte del vescovo, e fabbricò parte del vescovado: presto dovette recarsi al Concilio, dopo il quale fu chiamato a Roma a compilare il catechismo con frà Leonardo Marini arcivescovo di Lanciano e frà Francesco Forrero portoghese, coi quali riformò il messale, il breviario. Colà s'addormentò nel Signore, di cinquantadue anni nel 1564[175].