Consta che a Ginevra non dimorò che due mesi.
A Praga dedica cinquanta tesi di geometria a Rodolfo II, che lo rimunera con cinquecento talleri.
Dopo che avea professato a Brunswick, a Helmstadt, a Francoforte, Giovanni Mocenigo per imparar da esso i segreti della memoria, lo invitava a tornar in Italia, per mezzo di Battista Crotti librajo che si recava alla fiera di Francoforte sul Meno, ove il Bruno dimorava allora nel convento dei Carmelitani, i quali comprendeano lui essere un bell'ingegno e uomo universale, ma non aver religione alcuna.
Liberamente venuto a Venezia, si pose ad educare il Mocenigo, che allora avea trentaquattro anni e abitava in calle San Samuele, e che vano e fantastico, presto si disgustò del Bruno, cui diceva indemoniato: e infine lo consegnò al Sant'Uffizio il 22 maggio 1592. Apertosi il processo coll'assistenza dei savj dell'eresia, furono citati quei che l'aveano conosciuto e praticato a Francoforte o a Venezia. Il Bruno, oltre narrare tutta la sua vita, confessò che la sua filosofia repugnava indirettamente alla fede, come quelle d'Aristotele e di Platone, ma ciò esser comune a moltissime altre scuole; non aver egli però insegnato o scritto cosa che direttamente vi contradicesse: ammetter egli un universo, infinito per grandezza e per moltitudine di mondi, ove tutto vive e si muove: dubitare dell'incarnazione del Verbo, cioè dell'Intelletto; tenere lo spirito divino come anima dell'universo; ciò peraltro come filosofo; del resto credere quel che la Chiesa, e dolersi di non averne osservato i precetti, o parlatone con leggerezza; detesta e abborre i suoi errori, e vuole nel seno della Chiesa cercare i rimedj opportuni alla sua salute.
Chi vorrà tener conto di ritrattazioni e pentimenti espressi in tal posizione? Nessuna sentenza pronunziò il tribunale veneto contro di lui, ma col consenso del senato, che riconobbe «esser le costui colpe gravissime in proposito d'eresia, sebbene uno de' più eccellenti e rari ingegni, e di esquisita dottrina e sapere», fu consegnato nelle carceri di Roma il gennajo 1593.
Il Bruno supponeva dovervi essere una filosofia e una teologia nuova, dacchè v'era una fisica e un'astronomia nuova, diversa da quella che suole andar congiunta con la cattolica teologia, e che si crede meglio accomodata alla pietà e semplicità cristiana.
Grand'ammiratore de' Tedeschi, che preconizza saranno Dei, non uomini, e cultori della filosofia, esalta Lutero, nuovo Ercole che atterrò le porte adamantine dell'inferno, e penetrò nella città superando la triplice mura e i nove giri dello Stige; altrettanto vitupera il papa, e forse da ciò fu detto che fece il panegirico di Satana, che in qualche luogo chiama di fatti quel dabben uomo di diavolo.
Il signor Berti sostiene vero il supplizio del Bruno. Pure nè dal Ciacconio, nè dal Sandini, nè da altri scrittori di storia ecclesiastica se ne parla, nè dall'Alfani o da Marco Manno nella Storia degli Anni Santi, nè dal cardinal d'Ossat, di cui si hanno le lettere di quell'anno; neppure dal martirologio de' Protestanti. L'Archivio del Vaticano contiene il processo, non la condanna e l'esecuzione.
Al 6 dicembre 1611, frà Paolo, che pur conobbe il Bruno a Venezia, scrive al Leschasserio di due supplizj avvenuti a Roma. Uno di Guglielmo Rebaul, che abjurata la religione riformata, visse a Roma scrivendo contro ai Protestanti e al re d'Inghilterra: arrestato per avere scritto contro un ministro di Francia, gli si trovò un libro violento contro il papa, onde fu decapitato. L'abate Du Bois che avea scritto contro i Gesuiti, poi n'era stato guadagnato, domandò di poter andare a Roma e n'ebbe licenza, ma preso, fu strozzato in Campo di Fiora, adducendosi che dall'Inquisizione nessuna autorità può esimere. Et tamen sicut is non est primus, deceptus fide romana, ita nec ultimus decipiendus. Il Sarpi sparla assai dello Scioppio, e dice che vorrebbe punirsi majoribus remediis quam cartaceo igne. Sarebbe stato il luogo di mentovare il supplizio del Bruno.
J. E. Erdmann nel 1864 stampò a Berlino una lezione popolare sopra il Bruno e il Campanella, col titolo Zwei Martyrer der Wissenschaft.