Nel 1328 avendo il comune di Perugia domandato a Giovanni XII il privilegio di Studio generale, quel papa prima di accondiscendere a tale richiesta, scrisse al legato di Lombardia perchè lo informasse, se dando la sua approvazione per fondare l'università di Perugia, quella di Bologna ne potesse risentire grave danno[77].
Un lato caratteristico della costituzione universitaria di Bologna era quello relativo alla nomina dei professori o dottori, come allora dicevasi.
Per espressa disposizione degli statuti, le primarie cattedre nell'università di Bologna erano riserbate ai cittadini, che fossero tali almeno da due generazioni. Così all'egoismo municipale si univa l'egoismo di facoltà, per cui i dottori si obbligavano con giuramento a non promuovere altri bolognesi tranne i loro figli, fratelli e nipoti.
Da ciò ebbero origine quelle continue controversie e i frequenti conflitti che nel secolo XIII avvennero in Bologna tra l'università, le facoltà e il comune[78].
Alle altre cagioni d'interne discordie dell'università di Bologna, più tardi se ne aggiunse una nuova, cioè: la creazione dell'università delle arti (Universitas Artium).
Fino dal secolo XIII la scuola bolognese fu esclusivamente giuridica, sia per la grande importanza scientifica che ebbe in essa lo studio del diritto, dal quale trasse origine tutta la sua rinomanza in Italia ed all'estero, sia per la speciale costituzione colla quale si formò.
I giureconsulti orgogliosi di aver dato vita a quel gran centro di studii al quale accorrevano gli scolari di tutte le nazioni, non potevano tollerare il contatto dei cultori delle altre scienze che per contrapposto ai giuristi, erano allora conosciuti col nome generico di artisti. Perciò fu a questi ultimi contrastato per lungo tempo il diritto di insegnare, come pure l'esercizio dei privilegi scolastici; e anche quando la nuova corporazione (universitas) fu legalmente riconosciuta, non potè acquistare mai un'influenza pari a quella dei giureconsulti.
Da tutto ciò che abbiamo detto fin qui, si comprende quanto lungamente dominasse nell'università di Bologna quello spirito egoistico che può dirsi il peccato d'origine della sua costituzione, e la causa principale della sua decadenza, come giustamente avverte il Savigny.
I gravi disordini che erano la conseguenza dei conflitti che turbavano il regolare andamento degli studii nell'università di Bologna, e il sorgere di altri centri non meno importanti di pubblico insegnamento, eccitarono frequenti emigrazioni di professori e scolari, che ordinatisi in colonie libere e nomadi, andarono cercando nelle nascenti università d'Italia, una più quieta dimora per i loro studii, e il godimento di più larghi privilegi ed immunità.
Queste emigrazioni dall'università di Bologna, se non dettero origine assolutamente, come alcuni storici ritengono, a molte università italiane, furono certo la causa diretta del loro rapido sviluppo ed accrescimento, verso la fine del secolo XIII.