La ragione di tale divieto, era, come è facile comprendere, di limitare a Bologna i benefizi dell'insegnamento universitario, mettendo in opera ogni mezzo per impedire alle altre città italiane il modo di fondare nuove università, che facessero dannosa concorrenza a quella bolognese.
Quando però colla cresciuta diffusione del sapere, i cultori della scienza aumentarono in gran numero in tutta Italia, non bastarono le proibizioni del comune di Bologna a trattenere i professori e gli scolari in quella università, per recarsi in altre, dove erano chiamati con promessa di maggiori privilegi ed immunità.
Insistendo il comune nelle condizioni imposte ai professori ed agli studenti, questi ritennero lesi i loro diritti e l'integrità degli statuti universitarii, e dopo molte inutili rimostranze, riunitisi, fecero un generale accordo che se il comune non avesse abrogato quelle leggi violatrici della loro libertà, consacrata dalle consuetudini e sancita dall'autentica imperiale, avrebbero emigrato da Bologna.
Interpostosi il papa, che era allora Onorio III, dopo inutili tentativi di conciliazione, valendosi dell'autorità che gli concedeva il suo grado, dichiarò solennemente doversi considerare come nulle ed inefficaci le leggi promulgate dal comune di Bologna a danno della libertà individuale degli scolari e dei professori, e sciolse questi dal vincolo del giuramento prestato[74].
Il nome di Onorio III si trova spesso ricordato dagli storici in questo primo periodo della storia dell'università di Bologna, e sembra che egli fosse il primo ad esercitare i diritti di alta sorveglianza sugli ordinamenti scolastici, e una giurisdizione disciplinare sugli scolari ed i professori.
Questo papa ed i suoi successori, dettero manifesti segni della loro protezione all'università di Bologna, e interponendo la loro suprema autorità nei frequenti contrasti che nascevano fra gli scolari ed il comune, impedirono che le discordie recassero grave detrimento alla prosperità delle scuole.
L'università, per quanto gelosamente custodisse le prerogative della sua indipendenza, accettò di buon grado che il papa esercitasse un'alta sorveglianza sugli studii, perchè la protezione del capo della Chiesa le arrecò sempre grandi vantaggi.
Infatti, dalle Decretali di Onorio III si rilevano molti esempi a conferma della speciale predilezione che quel pontefice aveva per l'università di Bologna. Nel 1200 proibiva l'insegnamento del diritto romano nell'università di Parigi, che era allora l'emula in fama scientifica di quella di Bologna, sotto il pretesto che quel diritto non era in vigore nella Francia; ma realmente allo scopo di evitare alle scuole giuridiche bolognesi, dalle quali dipendeva la grande rinomanza di quella università, una dannosa concorrenza[75].
Un altro atto d'ingerenza del papa, nella disciplina scolastica della università bolognese, fu quello di proibire con la bolla dal 28 giugno 1219 l'esercizio del pubblico insegnamento a chi non avesse dato saggio della sua dottrina con un esame, ed ottenuto l'opportuna autorizzazione[76].
Anche nel secolo successivo a quello di Onorio III, i papi ebbero una speciale predilezione per l'università di Bologna.