Fino dal secolo XV il primato di alcune università fu assicurato nelle diverse provincie d'Italia, e da quel tempo in quei principali centri di attività intellettuale insegnarono gli uomini più illustri in tutti i rami di scienza.
Nell'Italia settentrionale primeggiarono Torino e Padova; in Toscana, Pisa; nell'Italia meridionale, Roma e Napoli.
Sull'origine dell'università di Napoli dovremo intrattenerci alcun poco perchè avendo essa avuto principio per volontà di un principe e non per spontaneo impulso d'iniziativa privata come tutte le altre; e di più essendo stata ordinata sulle basi di una costituzione differente da quella di Bologna, merita una speciale attenzione.
L'imperatore Federigo II fu, come è noto, un principe molto dotto e assiduo cultore e promotore dei buoni studii. Ebbe la fortuna di avere avuto alla sua corte un consigliere al pari di lui amante della scienza e protettore degli studiosi, che fu il famoso Pier delle Vigne. Dalle opere che di lui tuttora rimangono, si rileva come alla corte di Federigo si partecipasse con fervore al risorgimento intellettuale che in quel secolo dava principio ad una nuova civiltà[113]. Anzi in Sicilia, prima che altrove, per opera principalmente di quel gran principe, i dotti trovarono protezione e stima, e la sua corte divenne un centro attivo di cultura nazionale.
Presso Federigo (che per intimo convincimento e per odio contro i papi, dei quali fu sempre implacabile nemico, professava il principio dell'assoluta tolleranza in materia di religione) convenivano tutte le persone di sentimenti liberali e fra questi molti arabi, ed ebrei che furono dall'imperatore incaricati di tradurre le opere di scienza orientale[114].
Ebbe Federigo il gran merito di aver protetto e favorito il progresso di tutte le scienze senza distinzione: sicchè mentre nel rimanente d'Italia era in tutte le scuole quasi esclusivamente coltivata la giurisprudenza, alla corte dell'imperatore svevo, si promuoveva eziandio con efficaci incoraggiamenti e con leggi savie la diffusione della medicina accrescendo di nuovi insegnamenti la già famosa scuola di Salerno; della filosofia traducendo i libri di Aristotile; delle matematiche proteggendo il primo algebrista cristiano Leonardo Fibonacci[115].
Pare anche che debba attribuirsi a Federigo la fondazione della prima accademia di scienze e lettere che abbia avuto origine in Europa[116].
Durante il regno di Federigo, l'università di Bologna era nel massimo suo splendore, ed essendo sotto la protezione dei papi, eccitava forse la gelosia dell'imperatore che concepì l'ardito pensiero di abolirla.
A tal'uopo intimò ai dottori e agli scolari di Bologna di recarsi a Napoli dove egli avrebbe accordato loro maggiori privilegi e più estese immunità[117].
Tale intimazione imperiale non ebbe però nessuno effetto, com'era da prevedersi, perchè l'università bolognese, fiera della sua indipendenza, e memore delle sue libere tradizioni, non aveva a temere nulla dalle minaccie di un sovrano per quanto potente come Federigo[118].