Riuscito infruttuoso questo tentativo, che forse fu l'effetto più d'un moto d'impeto inconsiderato, che di matura deliberazione, Federigo pensò che coi larghi mezzi di cui poteva disporre e coll'aiuto dei dotti che aveva alla sua corte, avrebbe potuto creare un centro di studii universitarii che riuscisse famoso per illustri insegnanti e per numeroso concorso di scolari al pari di Bologna.
Quale elevato concetto avesse l'imperatore Federigo della scienza e della sua utilità intellettuale e morale, si desume dalle stesse sue parole[119].
«Vogliamo, egli dice, che nel nostro Stato sieno molti e diligenti uomini istruiti da una miniera di scienza e da un seminario di dottrina, i quali educati all'amore della rettitudine, obbediscano a Dio, che ogni cosa serve, e sieno cari a noi nell'adempimento dei loro doveri, e nell'ubbidire a quanto li comandi. Il perchè ordiniamo che nell'amenissima città di Napoli, s'insegni ogni arte e professione, e sieno in vigore gli studii, perchè coloro che hanno sete e fame di sapere trovino nel regno di che satollarsi, e non debbano cercare scienze presso straniere nazioni, nè accattarle pe' territorii altrui.»
Federigo chiamò all'università da lui fondata (1224) i professori più celebri con promessa di larga retribuzione e concesse agli scolari estesi privilegi perchè venissero in gran numero ad imparare[120].
Ordinò poi con liberale munificenza che fossero mantenuti a spese dello stato gli studenti poveri, affinchè, com'egli lasciò scritto con sapiente intendimento, le cognizioni non fossero riserbate a pochi, ma nelle differenti classi della società si diffondessero[121].
L'università di Napoli come ebbe diverse origini da tutte le altre d'Italia, così si ordinò sulle basi di una speciale costituzione, nella quale pur rispettandosi le forme comuni a tutte le associazioni scolastiche di quel tempo, dominava la volontà e l'arbitrio del principe che ne aveva decretata la fondazione.
L'alta sorveglianza dello Studio di Napoli venne da Federigo affidata al Gran Cancelliere dello Stato escludendo il vescovo da qualunque ingerenza nel pubblico insegnamento; come era naturale avvenisse in un paese apertamente nemico della Corte di Roma.
L'esercizio della giurisdizione criminale venne conferito ad un altro magistrato detto Iustitiarius. La giurisdizione civile poteva essere cumulativamente esercitata dal suddetto ufficiale regio, dai professori e dal vescovo a scelta degli scolari[122].
Spettava al Gran Cancelliere il diritto di nominare i professori, di sorvegliare la disciplina scolastica e regolare i sistemi d'insegnamento, e la facoltà di promuovere e di conferire i gradi[123].
Al principio del secolo XIV il Gran Cancelliere ebbe facoltà di scegliere un luogotenente nella persona di un Rettore il cui ufficio era permanente e poteva anche insegnare.