Anche il clero concorse più volte al mantenimento delle università e ne abbiamo numerosi esempii.
Nel 1488 Alessandro VI con un suo breve, concesse all'università fiorentina la facoltà d'imporre cinquemila ducati sui beni ecclesiastici della città e territorio. Cessato questo provento e rimaste esauste le finanze della Repubblica per le spese di guerra, il clero generosamente si offrì perchè l'università non ne trovasse grave detrimento, di continuare spontaneamente a pagare la tassa imposta dal breve surricordato.
Il cronista Azario racconta che Galeazzo Visconti ricevuto il rescritto imperiale che accordava il privilegio di Studio generale all'università di Pavia, impose una taglia al clero di Novara perchè provvedesse i dottori dei letti e panni loro necessari[158].
I comuni solevano anche destinare a profitto delle università una somma annua. Per esempio Roma somministrava 14,000 fiorini per lo stipendio dei dottori[159]; e Firenze 2,500 fiorini d'oro[160]. Anche Ferrara nel 1473 si assunse con atto solenne l'incarico di provvedere al mantenimento del proprio Studio[161].
Nel 1494 in Padova essendo scarse le entrate dell'università supplì del proprio il principe Carrarese[162]. Narra il Facciolati che in quella stessa città gli scolari per aver da stipendiare un buon dottore di leggi civili, proposero al Comune d'imporre una tassa sulle meretrici e la loro domanda venne accolta[163].
Era in uso ancora di chiamare a contribuire alle spese per il mantenimento delle università le città vicine che partecipavano ai benefizi dell'istruzione. Nel 1461 le città di Bergamo, Verona e Trevigi furono obbligate dalla Repubblica Veneta a somministrare una parte delle spese necessarie per lo Studio di Padova[164].
In più luoghi avremo occasione di far parola dell'influenza ecclesiastica nelle università medioevali; ma di un tale argomento tanto importante per conoscere il progressivo sviluppo di queste grandi associazioni scientifiche non abbiamo finora dato che pochi cenni. Prima che ci inoltriamo colle nostre ricerche ad esaminare la costituzione organica delle università, sarà utile fermarci alcun poco a vedere come l'ingerenza della Chiesa nelle cose scolastiche tanto estesa nei primi secoli, andasse man mano scemando colla cresciuta indipendenza delle nostre università, e coll'emancipazione delle menti dal dominio del clero.
L'influenza della Chiesa nelle discipline scolastiche bisogna considerarla in due periodi distinti della civiltà. Nel primo periodo, quando il sapere era esclusivo privilegio dei chierici, l'ingerenza loro era assoluta perchè la società civile si asteneva di partecipare ai benefizi della cultura, e le poche scuole che allora esistevano, erano ecclesiastiche e facevano parte dei monasteri. Fino al secolo XII, in cui le nascenti università per i privilegi ottenuti dall'imperatore Federigo I alla Dieta di Roncaglia, affermarono la propria autonomia, le leggi scolastiche ebbero la loro sanzione dai papi e furono promulgate nei concilii di cui son rimasti celebri quelli di Rovan (1074), di Londra (1138) e di Laterano (1179).
Colla progredita diffusione del sapere, nacque nelle università un più profondo sentimento della propria indipendenza che si venne accrescendo colle larghe concessioni e coi privilegi concessi ai dottori e agli scolari. Affrancatesi da qualunque estranea ingerenza, le università poterono, come libere associazioni aventi personalità giuridica, impunemente affrontare le ire degli imperatori e gl'interdetti dei papi senza che la loro esistenza e libertà fosse per nulla compromessa.
Sebbene in questo secondo periodo di loro piena autonomia, le università per ottenere un legale riconoscimento all'atto della loro costituzione si rivolgessero al papa o all'imperatore, nondimeno questo atto esterno di ossequio non menomava la loro indipendenza, perchè anche avanti di essere investite di questa pubblica sanzione, esistevano di fatto e godevano di tutte le franchigie e privilegi.