Quando adunque si trova nelle storie fatto parola di bolle papali che eleggono dottori o conferiscono le insegne dei gradi accademici, e quando si vede invocato di frequente l'intervento delle autorità ecclesiastiche per comporre discordie e decidere quistioni nelle università, non si deve intendere che queste dipendessero dal papa e che da lui soltanto acquistassero personalità e legale esistenza.
La Chiesa conservò sempre l'alta sorveglianza degli studii finchè il suo intervento fu ritenuto necessario a conservare l'integrità della fede e a preservare le scuole dalle perniciose influenze delle dottrine eretiche. Il papa fu considerato come suprema autorità scolastica e in tutte le università, il Vescovo come Cancelliere Apostolico ne faceva le veci, intervenendo nei consigli accademici, conferendo le lauree è partecipando coi Rettori ed i dottori alla giurisdizione scolastica così civile come criminale.
La partecipazione della chiesa al governo delle università e il loro grado di dipendenza dal potere sacerdotale, variava secondo i luoghi e le diverse costituzioni politiche.
Nell'università di Bologna l'influenza ecclesiastica fu sempre molto estesa perchè era sotto il dominio del papa.
In Napoli invece, essendo stato fondato lo Studio da Federigo II e accresciuto dai suoi successori, il clero non vi ebbe mai nessuna diretta ingerenza, e finchè regnarono gli Svevi non fu riconosciuta altra autorità scolastica che quella dell'imperatore, il quale conferiva i gradi, approvava gli ordinamenti e gli statuti, esercitava la giurisdizione accademica e provvedeva alla nomina dei dottori.
Le rimanenti università italiane risentirono, sebbene in grado diverso, l'influenza della Chiesa.
Brevi cenni relativi all'università di Bologna saranno sufficienti a dimostrare entro quali limiti e con quali mezzi la Chiesa esercitasse nei diversi secoli la sua sorveglianza nelle discipline scolastiche.
Fino dall'epoca della sua fondazione l'università bolognese fu protetta dal papa.
Onorio III, mentre si dimostrò caldo propugnatore della libertà d'insegnamento sciogliendo i dottori e gli scolari dal patto che quel comune avea loro imposto perchè non emigrassero altrove[165], cercò pur sempre di consolidare l'autorità della Chiesa e la supremazia del potere sacerdotale sui pubblici studii. E per mantenere una continua ingerenza sulle scuole, concesse larghi poteri all'arcidiacono. Il quale soleva essere un prelato, scelto dal papa come suo rappresentante nella città di Bologna e chiamato Cancellier Maggiore dello Studio, investito della facoltà di laureare in tutte le scienze; di assolvere dottori e scolari incorsi nella scomunica per aver percosso i chierici; di nominare in sua assenza un vicario, e di partecipare ad un emolumento sulle promozioni.
L'arcidiacono in Bologna, e il vescovo nelle altre università, partecipavano insieme al Rettore e ai dottori alla giurisdizione civile e criminale, ed era lasciata libertà alla parte di scegliere fra questi tre poteri, il proprio giudice.