Una differenza sostanziale, relativamente all'ufficio e al modo d'elezione dei Rettori, si manifesta tra le antiche università italiane e le francesi. In Francia il Rettore era eletto dai dottori i quali gli conferivano la giurisdizione civile e penale da esercitarsi sugli scolari e le altre persone che facevano parte della corporazione.
In Italia invece il Rettore veniva nominato col libero suffragio dei soli scolari, nei quali risiedeva la facoltà d'investirlo del suo grado e di conferirgli l'esercizio dei supremi poteri.
Nella formazione delle prime università pare indubitato che si eleggessero più Rettori divisi per nazioni. In Bologna, Padova, Vercelli si trovano ricordati quattro diversi Rettori; uno per i citramontani e gli altri tre per gli oltramontani. Verso la metà del secolo XII il numero dei Rettori venne limitato: e ne fu eletto uno per ciascuna delle due università.
Sembra che la prima fra le nostre università che ebbe quattro Rettori fosse Bologna come la più antica e frequentata. Dietro il suo esempio si ordinarono ancho le altre. Nell'università di Vicenza i quattro Rettori nel secolo decimoterzo erano: un inglese, un provenzale, un tedesco, e un cremonese.
In Vercelli ne troviamo uno per i francesi, uno per gli italiani, uno per i tedeschi, e un altro per i provenzali[175].
Nell'elezione del Rettore, come in qualunque altro atto dell'interna amministrazione delle antiche università, erano esclusi i cittadini; sia perchè ogni estranea ingerenza era contraria all'indole della primitiva loro costituzione; sia perchè ammettendo anche i cittadini a partecipare a queste elezioni, essi avrebbero potuto influire col numero sull'esito della nomina, e dar cagione a discordie e turbolenze[176].
In qualche università l'elezione del Rettore era divisa fra i professori e gli scolari come in quella di Roma. In Napoli fino al 1610, in cui furono promulgati nuovi statuti, il Rettore veniva scelto dal sovrano e dipendeva dal primo Cappellano del re che era incaricato di esercitare in suo nome l'alta sorveglianza sopra lo Studio. In seguito anche l'università di Napoli si uniformò alle altre, lasciando l'elezione del Rettore agli scolari.
Per procedere alla nomina del Rettore si teneva conto dell'età, del grado di nobiltà e della fama della persona sulla quale doveva cadere la scelta. Gli statuti e le consuetudini scolastiche imponevano ancora di osservare che il Rettore fosse ben provveduto di patrimonio, perchè non avvenisse che esercitando il suo magistero dovesse cercarvi, anzichè una cagione di gloria, un lucro indecoroso.
Quando fu divisa l'università dei giuristi da quella delle arti, ognuna di esse ebbe il suo Rettore che prendeva nome da quella cui apparteneva. Per molto tempo però il Rettore delle arti fu considerato molto inferiore all'altro dei legisti, e da questo doveva essere sanzionata la sua elezione.
Ai Rettori come privilegio era concessa la facoltà d'insegnare, e in molte università si destinava loro una cattedra nominale, alla quale era assegnato anche un certo stipendio che serviva a compensare in parte le spese che occorrevano per mantenere il decoro del grado.