A Padova lo stipendio del Rettore era di 50 ducati e poi fu esteso a 100. Nell'università di Pisa fu pure assegnato nel 1473 uno stipendio di 40 fiorini che poi fu portato a 60 e in ultimo a 100[177]. Il nome del Rettore che godeva di questo privilegio, era iscritto in segno di onore nel Ruolo dei professori, e in primo luogo.
La funzione colla quale si eleggeva il Rettore era una delle più grandi ed imponenti solennità scolastiche del medio evo. Alcuni giorni innanzi la cerimonia, venivano invitati con gran pompa tutti i professori, il vescovo, il preside e tutti gli altri magistrati c dignitari della città. Il luogo destinato alla funzione era ordinariamente la cattedrale. All'ora fissata si muoveva il corteggio. Precedevano quattro trombettieri e altrettanti tamburi: poi venivano i donzelli e dodici scolari che portavano i fasci dorati che erano un segno di dignità che ricordava i fasci di verghe dei magistrati romani. Venivano poi quelli che custodivano il sigillo e gli statuti dell'università portando il cappuccio del Rettore, e dietro un bidello collo scettro d'argento.
In mezzo al corteggio procedeva il nuovo Rettore vestito di una toga rossa con ornamenti d'oro e in sua compagnia stavano il sindaco, i consiglieri e gli altri ufficiali addetti all'università, vestiti essi pure colla toga e con tutti i distintivi del loro grado. In ultimo tutti gli scolari chiudevano il corteggio.
In chiesa si trovava il vescovo con tutti i magistrati municipali. Scambiatisi i saluti d'uso, ognuno si poneva al luogo che gli era stato destinato. Veniva allora letta da uno dei dottori una orazione in lode dell'università, dei magistrati e del nuovo Rettore. Finita l'orazione, un professore a ciò eletto, poneva il cappuccio al Rettore e gli consegnava il sigillo e gli statuti dell'università. Allora il Rettore rispondeva acconcie parole ringraziando dell'onore statogli conferito e promettendo di esercitare il suo magistero con prudenza e giustizia. Così aveva termine la cerimonia nella cattedrale.
Uscito il corteggio dalla chiesa, si dirigeva collo stesso ordine alla casa del Rettore passando per le vie principali della città tutte addobbate ed ornate in segno di festa. Poi si imbandivano le mense alle quali venivano invitati i primi dignitari così dell'ordine scolastico come del municipale[178].
Il rimanente del giorno era impiegato in giuochi e sollazzi pubblici con giostre, corse, tornei, ai quali prendeva parte l'intera città, e ai vincitori venivano distribuiti i premii dalle mani del Rettore.
Tanto le spese dei banchetti quanto quelle delle pubbliche feste erano tutte a carico del nuovo eletto.
Le onoranze fatte al Rettore non si limitavano soltanto all'occasione di questa solennità della sua nomina ed investitura. Anche durante l'esercizio del suo magistero, godeva di grandi privilegi come supremo rappresentante e capo dell'università.
In pubblico andava sempre accompagnato, e nelle solennità occupava il primo luogo fra tutte le altre autorità sì civili come ecclesiastiche. Quando dovea uscire poi dalla città per rappresentare lo Studio in qualche fausta occasione, andava vestito di tutte le insegne del grado e accompagnato dai dottori, dagli scolari e preceduto dai bidelli o nuncii con ricchi abiti.
Nell'università il potere del Rettore corrispondeva all'altezza del grado e alla nobiltà del suo ufficio. Egli era arbitro supremo in tutte le cause, avea piena e libera giurisdizione tanto civile quanto criminale sopra tutti i membri del corpo scolastico e presiedeva i pubblici esperimenti e le prove solenni nelle quali si conferivano i gradi e le promozioni accademiche. Inoltre aveva diritto di essere il primo a rivolgere le domande e formulare i quesiti nelle pubbliche dispute non solo agli scolari, ma anco ai professori. Esaminati i meriti degli insegnanti, spettava al Rettore di formare annualmente il ruolo o Rotolo. E questo potere era così illimitato, che anche quando lo Stato avocò a sè il diritto di nominare i professori, i Rettori tentarono di escludere le persone proposte per surrogarvene altre di loro scelta.