Avendo il Rettore la giurisdizione disciplinare sopra tutte le persone che facevan parte dell'università, poteva ammonire, imporre multe ed anche espellere dai collegi e dalle scuole; come vedremo parlando dei privilegi.
Il Rettore godeva anche di molti vantaggi pecuniarii sugli emolumenti dei collegi, e per l'assistenza alla promozione aveva diritto ad una doppia parte di ciò che percepivano i dottori.
Sebbene circondato di tanti onori e rivestito di grande autorità, l'ufficio di Rettore veniva spesse volte fuggito, non trovandosi persone sempre disposte ad accettarne gli obblighi e la grave responsabilità. Fu d'uopo quindi alle università aumentarne i privilegi e le concessioni oltre a quelle di cui abbiamo già fatto parola.
Verso la fine del secolo XV cominciò il Rettore a prendere il titolo di Magnifico (Rector Magnificus).
Molte università concessero ai loro Rettori di prendere la laurea senza spesa; privilegio che si estendeva anche ai loro successori. In Padova nel 1544, insieme alla laurea il Rettore veniva insignito del titolo di cavaliere, e l'università provvedeva del proprio a tutte le spese dell'investitura. Fu accordato anche a qualche Rettore dei più benemeriti di poter proporre una persona di sua scelta (socium) per ottenere la laurea senza spesa. Questo privilegio che aveva il suo fondamento sopra antiche concessioni, fu ristabilito nell'università di Padova con un decreto del Senato veneziano del 1568.
La morte del Rettore era cagione di pubblico lutto, e prendevano parte ai funerali tutti i magistrati della città, la curia, i collegi, gli ufficiali dell'università e gli scolari vestiti di nero.
Dopo il Rettore veniva per ordine di grado il Sindaco (Syndacus) che era incaricato di rappresentare in giudizio l'università e far le veci del Rettore vacante. Perciò era chiamato anche Prorector o Vicerector e se ne trovano frequenti esempi nell'università di Padova e di Pisa.
Il Sindaco era eletto ogni anno dagli scolari ed era sottoposto alla giurisdizione comune. Questo grado è assai antico d'origine. In Bologna se ne trova fatta menzione fino dall'anno 1295[179].
Il Sindaco godeva di alcuni privilegi inerenti al suo ufficio.
Aveva in certe università il doppio voto nelle assemblee; e presiedeva nelle funzioni pubbliche i Decurioni della città[180].