Il privilegio che può dirsi fondamentale nella costituzione organica delle università, e dal quale dipendeva in gran parte la loro autonomia, era la speciale giurisdizione affidata per l'autentica imperiale ai magistrati del corpo scolastico. Con questa concessione si riconosceva nella legale rappresentanza accademica del Rettore e dei professori la facoltà illimitata di poter decidere tanto nelle controversie civili, come giudicare nei delitti che per avventura fossero stati commessi dai membri che facevano parte dell'università, sì nel recinto delle scuole, come pure al di fuori.
La giurisdizione civile si mantenne per lungo tempo inalterata e non incontrò ostacoli nel suo esercizio: non così la criminale.
Verso la fine del secolo XII si trova ricordato nelle storie che essendosi abbandonati gli scolari ad atti di violenza, i professori che erano stati fino a quel tempo i loro giudici ordinari, si dichiararono incapaci di frenarne gli abusi, e abbandonarono l'esercizio del magistero penale. Nella metà del secolo decimoterzo i dottori ripresero l'uso della giurisdizione criminale; ma la loro autorità in questa materia non fu giammai pienamente riconosciuta; nè essi medesimi, a quel che sembra, si curavano di farla rispettare.
La ragione di questa ripugnanza ad esercitare l'ufficio di giudice criminale non è difficile a rintracciarsi. Dovendo i professori esercitare presso i loro scolari un prestigio e un'autorità tutta morale, non potevano senza offesa al loro decoro assumere un potere che se non è sostenuto dalla forza, difficilmente si rispetta. Inoltre, essendo essi legati per vincoli di affetto agli scolari, facilmente dovevano essere inclinati nell'atto di giudicare più alla pietà che al giusto rigore, e ciò a grave danno della loro autorità e dell'efficacia della pena.
Il giureconsulto Odofredo, in un passo dei suoi Commenti al Digesto fa intravedere quali scarsi frutti recasse l'esercizio della giurisdizione criminale ai suoi tempi, ripristinato nell'università di Bologna e affidato ai professori[219].
Nelle storie si riscontrano esempi frequenti di inobbedienza ai professori; e più spesso ancora atti di spontanea rinunzia di questi a favore di magistrati ordinari della propria giurisdizione, e ciò specialmente nei delitti di maggiore gravità commessi dagli scolari.
Così avvenne in Bologna nel 1321 quando fu condannato uno scolaro catalano per aver rapito una fanciulla[220].
Nei casi più lievi non poteva il colpevole esser sottratto alla sua naturale giurisdizione e si concedeva ai pubblici ufficiali d'ingerirsi soltanto dei delitti di competenza del fôro scolastico, quando fosse decorso un termine stabilito dagli statuti. In Padova, per esempio, era disposto per legge fino dal 1262, che nelle risse avvenute fra scolari, il Podestà non avesse facoltà d'ingerirsene, se non nel caso che passati due giorni, non fossero state composte dal Rettore o dai dottori[221].
La giurisdizione scolastica dai professori passò in seguito al solo Rettore, al quale, come capo supremo dell'università, fu conferita l'autorità di giudicare. Questa giurisdizione della quale venne rivestito il Rettore, si estendeva sopra tutte le persone che formavano parte della corporazione, eccetto che sugli scolari tedeschi, che quasi universalmente godevano del privilegio di essere giudicati dai consiglieri della loro nazione.
I conflitti fra la giurisdizione scolastica e quella dei magistrati ordinari del luogo dove risiedeva l'università, erano assai frequenti. In Bologna, racconta il Ghirardacci, che il papa provvide ai contrasti che nascevano fra il comune e l'università nell'applicazione degli statuti, elevando quelli universitari a legge comune[222].