Anche i Rettori nell'esercizio della giurisdizione criminale incontrarono gravi ostacoli. Finchè eran chiamati a giudicare dei delitti minori e conseguentemente ad applicare pene miti, la loro autorità non si trovava compromessa; ma quando dovevano esporsi a pronunziare gravi pene contro persone addette all'università, non potevano giudicare colla stessa imparzialità dei magistrati ordinarii, ai quali lasciarono infine, come già nei secoli precedenti aveano fatto i dottori, l'esercizio dell'alta giurisdizione criminale.
Le pene ordinariamente applicate dai Rettore erano: l'ammenda e l'espulsione dall'università detta privatio. L'ammenda era in denaro e variava secondo la gravità del fallo commesso.
L'espulsione o privatio toglieva al condannato tutti i privilegi di cui era stato investito come membro del corpo universitario, nonchè la facoltà di frequentare le scuole, d'insegnare e di ottenere gradi accademici. Se l'espulso era un ufficiale inferiore dello Studio, come un prestatore di libri o un copista, nessuno poteva più contrattare con lui sotto minaccia d'incorrere nella stessa pena.
Il modo con cui veniva esercitata la giurisdizione scolastica, variava a seconda delle università. Accenneremo le principali differenze.
In Bologna, nel secolo XIV, troviamo un tribunale misto di autorità scolastiche e cittadine per risolvere le controversie che si agitavano fra un membro dell'università e un estraneo. Quando però la questione verteva fra persone addette al corpo scolastico, doveva esser giudicata e risoluta dal solo Rettore[223].
La giurisdizione criminale del Rettore anche nell'università di Padova era limitata ai casi più lievi; come alla violazione degli statuti e dei regolamenti, e ai casi d'ingiurie fra gli scolari. Le pene minacciate in Bologna erano l'ammenda e l'espulsione dall'università.
I delitti rientravano nella giurisdizione dei magistrati municipali. I tedeschi soltanto godevano del privilegio di essere giudicati dai loro consiglieri anche quando il loro avversario era straniero all'università. Il Rettore degli artisti pare, per il disposto degli statuti, che avesse giurisdizione più estesa di quello dei giuristi, eccetto che sui delitti che erano seguiti da morte o da lesione grave. Il Savigny però è di opinione che questa disposizione sia errata[224].
Quanto alla giurisdizione civile il Rettore poteva giudicare in cause vertenti fra i membri dell'università. Gli scolari nati nella città erano sottoposti ai loro magistrati ordinari. Poteva però il Rettore esercitare la sua giurisdizione quando una delle parti fosse stata straniera.
L'appello era subordinato al merito della causa. Per gli affari eccedenti un ducato, era permessa l'istanza della parte soccombente ai consiglieri dell'università. In seguito, quando il valore della causa avesse ecceduto le dieci lire, fu ammesso anche l'appello al podestà.
Nelle altre università la giurisdizione scolastica era più o meno estesa.