Più tardi, soprattutto quando Alfonso fu venuto al governo, le relazioni del Papa con Lucrezia dovettero farsi più amichevoli. Ella continuò pure a mantenere un commercio epistolare con Giulia Farnese. Senza dubbio ebbe da questa la nuova dell'unione della figlia con la Casa del Papa.
Il matrimonio fu solennizzato in Vaticano, presenti Giulio II, il cardinale Alessandro Farnese e la madre della sposa. Quel giorno segnò per Giulia uno de' più grandi trionfi nella sua vita così piena di avventure. Aveva soggiogato la resistenza morale di un altro Papa; e questi era il nemico di Alessandro e l'autore della rovina di Cesare. Essa, l'adultera, la ganza di Alessandro VI, stigmatizzata con le satire di Roma e di tutta Italia, compariva ora in Vaticano, come una delle più cospicue signore dell'aristocrazia romana, come l'illustrissima gentildonna Julia de Farnesio, vedova dell'Orsini, per sposarvi la figlia sua e di Alessandro col nepote di Giulio II, e così assolvere e purificare il suo peccaminoso passato. In quel tempo essa era ancora donna bella e seducente, che toccava, tutt'al più, il trentesimo anno dell'età sua.
Questa fortuna e questa reintegrazione dell'onor suo — se pure, rispetto alla morale del tempo, accade di ciò parlare — essa le doveva alla reputazione del fratello, il cardinale. Vi furono anche riguardi politici che indussero il Papa a quella unione. Per effettuare il suo disegno di ricostituzione dello Stato della Chiesa, egli voleva innanzi tutto guadagnarsi l'animo delle grandi famiglie romane. Tirò dalla sua i Farnesi e gli Orsini. Nel maggio 1506 maritò la propria figlia naturale, Felice, con Giangiordano Orsini di Bracciano; e nel luglio dello stesso anno diede la nipote Lucrezia Gara Della Rovere, sorella di Niccolò, in moglie a Marcantonio Colonna.
La giovane Laura Orsini ereditò Bassanello e i diritti sul palazzo di Monte Giordano in Roma. Dopo quel tempo la madre Giulia scompare di nuovo dalla scena. E non è più visibile nè sotto Giulio II, nè sotto Leone X. Il 14 marzo 1524 fece testamento in favore delle nipoti Isabella e Costanza, pel caso che la figliuola non avesse discendenti. Il 23 marzo dello stesso anno l'ambasciatore veneto in Roma, Marco Foscari, scriveva alla Signoria: «La sorella del cardinale Farnese, madonna Giulia, un tempo amante di papa Alessandro, è morta.» Queste parole danno a credere che la sia morta in Roma. Di Giulia bella non abbiamo nessun ritratto autentico. Soltanto la tradizione romana pretende che delle due figure marmoree, che ornano il sarcofago di Paolo III Farnese in San Pietro, l'una, la Giustizia, rappresenti l'immagine fedele della sorella, la Giulia Farnese, e l'altra, la Saviezza, quella della madre di lui, Giovannella Gaetani.
La figliuola di Giulia restò signora di Bassanello e Carbognano. Ebbe un figlio, Giulio Della Rovere, che più tardi ebbe grido di uomo molto dotto.[253]
Frattanto l'attentato commesso contro Giulio d'Este adduceva tali conseguenze, che la casa di Ferrara si trovò minacciata da una terribile catastrofe. Giulio accusava Alfonso d'iniquità; e invece i molti amici del cardinale trovavano l'esilio di lui sin troppo duro. Ippolito aveva gran seguito in Ferrara. Egli era uomo mondano e prodigo; mentre il duca, tutto immerso nelle sue inclinazioni positive e nelle sue occupazioni pratiche, trascurava la corte e la nobiltà. Un partito si formò, che aspirava ad un violento cambiamento di governo. Rivoluzioni siffatte furon tutt'altro che nuove nella casa degli Este, sin nel tempo in che Ercole era venuto al potere.
Giulio fece entrare ne' suoi disegni di vendetta alcuni nobili malcontenti, e uomini senza coscienza ch'erano al servizio del duca: il conte Albertino Boschetti da San Cesario, il genero di lui, capitano della Guardia palatina, un cameriere, un cantante di camera del duca, e alcuni altri. Alla congiura prese parte anche Don Ferrante, germano di Alfonso, al quale, come procuratore di costui, era stata affidata Lucrezia in Roma. Intendimento di Giulio era di spedire all'altro mondo il cardinale, avvelenandolo; e, poichè il fatto non sarebbe passato impunito ove Ercole rimanesse in vita, di ammazzare anche quest'ultimo e mettere sul trono Don Ferrante. L'uccisione di Alfonso doveva aver luogo in un ballo in maschera.
Il cardinale, ch'era servito egregiamente dalle sue spie in Ferrara, ebbe notizia del disegno, e potè presto avvertirne il fratello Alfonso. Ciò fu nel luglio 1506. I congiurati cercarono salvezza nella fuga. Pure non riuscì fuggire che a Giulio e al cantante Guasconi, il primo a Mantova, il secondo a Roma. Il conte Boschetti fu preso a poca distanza da Ferrara. Quanto a Don Ferrante, sembra non abbia fatto tentativo alcuno di fuga. Condotto alla presenza del duca, gli si gettò a' piedi, implorando grazia. Ma, inetto oramai a contener lo sdegno, Alfonso non solo lo scacciò adirato da sè; ma con uno stocco, che aveva in mano, gli cavò fuori un occhio. Quindi lo fece rinchiudere nella torre del castello. Colà fu ben presto menato anche Don Giulio, consegnato, dopo alquanta resistenza, dal marchese di Mantova. Il processo di crimenlese fu subito condotto a termine, e i colpevoli condannati a morte. Primo ad esser decapitato innanzi al Palazzo della Ragione fu il Boschetti con due de' complici suoi. Lo spettacolo dell'esecuzione è con precisione figurato in una statistica criminale di Ferrara di quel tempo; e il notevole manoscritto si conserva nella Biblioteca dell'Università.
I due principi dovevano essere impiccati il 12 agosto nella corte del castello. Il patibolo era già stato rizzato; le tribune andavan popolandosi; il duca venne a prendere il suo posto; furon condotti i due infelici coperti di catene. Alfonso fece allora un segno: egli rendeva grazia a' suoi fratelli. Privi di sensi, furon questi riportati nel carcere. La loro pena era la prigione in vita. E vi languirono per lunghi anni, anche dopo la morte di Alfonso. Nulla potette mai ammollire il cuore di quest'uomo crudele. Tutto il tempo che visse seppe acconciarsi al pensiero, che i miseri fratelli giacevano là, nella torre, in quel castello stesso, ove egli libero entrava e usciva, ove abitava, ove non di rado trovava gioia e contento. Tali gli Este, quelli che l'Ariosto nel suo poema ha levati a cielo. Don Ferrante cedette alla morte il 22 febbraio 1540 nell'età di 63 anni. Don Giulio ricuperò la libertà nell'anno 1559, e poscia morì il 24 marzo 1561, di 83 anni.