Poco si sa sulle condizioni degli ebrei durante i secoli seguenti. Sappiamo solo che continuarono ad esistere come comunità e che più volte resero omaggio agli imperatori tedeschi, quando venivano incoronati, cantando in lingua ebraica le laudi tradizionali. Sempre dimorarono in Trastevere ed esercitarono il loro commercio vicino ai ponti del fiume e sui ponti stessi. Infatti il ponte dei Quattro Capi, vicino al Ghetto attuale, si chiamava «Pons Iudaeorum» e anche quello degli Angeli era designato nello stesso modo: probabilmente dei banchi di ebrei erano situati su questi ponti.
Ad eccezione di qualche lampo di odio popolare, gli ebrei del resto non subirono a Roma quelle feroci persecuzioni che soffrirono in altre città d'Europa. Roma non è mai stato terreno propizio al fanatismo religioso; l'antica tradizione di tolleranza verso tutti i popoli vi si è sempre conservata. Perfino le crociate che provocarono in tutta l'Europa spaventevoli esplosioni di odio contro gli ebrei, non ebbero le stesse conseguenze in Roma. Una sola volta, nel 1020, noi troviamo nella storia notizia di una persecuzione propriamente detta contro gli ebrei, ed ebbe origine da un terremoto.
I papi riconobbero sempre la Sinagoga come una legale comunità dell'urbe; essa era pareggiata alle altre comunità straniere dei greci e dei germani. L'inquisizione, introdotta ai primi del secolo XIII, ebbe per essa, al principio, gli stessi riguardi. Così, a un dipresso, gli ebrei acquistarono in Roma una certa importanza come cambiavalute e come medici. Il commercio del denaro e la scienza medica essendo passati quasi interamente nelle loro mani, essi non tardarono in queste qualità a rendersi necessari al Vaticano.
Il viaggiatore Beniamino di Tudela, ai tempi di Alessandro III (1159-1185) contò in Roma 200 ebrei ricchi, liberi, tenuti in grande considerazione, tra i quali il papa aveva scelto dei servitori. «Qui—egli dice—si trovano persone sapientissime, fra cui il primo è il grande rabbino Daniele, un altro rabbino Daniele, un giovane bello e intelligente frequenta la corte di Alessandro in qualità di ministro del papa», cioè come banchiere.
Il curioso è che Pier Leone, l'antipapa Anacleto II (morto nel 1138), era nipote di un ebreo convertito. La sua famiglia fu annoverata fra le più grandi famiglie patrizio e per più secoli. Questa razza, largamente dotata dalla natura e dalla lotta che acuisce l'intelligenza, seppe dunque infiltrarsi, come di contrabbando, sino nell'intimità dei papi. Mentre le donne ebree andavano a predire la buona ventura nelle nobili famiglie, gli ebrei erano ammessi liberamente, in qualità di banchieri o di medici, presso i papi che si trovavano in ristrettezze finanziarie o ammalati.
Si trova il nome di tutti i medici ebrei dei papi nell'opera di Mandosio, Degli archiatri pontificj, completata dal Marini (Roma, 1784). Il primo di questi fu Giosuè Halorki, medico dell'antipapa Benedetto XIII (1394), il quale sembra aver avuto una speciale predilezione per gli ebrei. Halorki si fece più tardi battezzare e prese il nome di Gerolamo di Santa Fede; e sotto questo nome scrisse un libro contro gli ebrei: «Hieronimi de Sancta Fede ex Iudaeo Christiani contra Iudaeorum perfidiam et Talmud tractatus, sive libri duo ad mandatum D. PP. Benedicti XIII».
Egli fu maledetto dalla Sinagoga.
Innocenzo VII, del quale fu antipapa Benedetto, nel 1406 accordò il diritto di cittadinanza a certi ebrei di Trastevere, fra cui a Elia di Sabbato, a Mosè di Lisbona, a Mosè di Tivoli, i quali erano medici e portavano il titolo di «maestri». Godevano costoro grandi privilegi ed erano dispensati dal portare il segno obbrobrioso di Giuda.[28] Medico particolare di Martino V fu Elia, appartenente al Ghetto romano. Così fino al XVI secolo, nonostante le bolle di scomunica promulgate da più papi, si trovano medici ebrei in Vaticano. Come orientali, come imparentati con gli Arabi, gli ebrei furon tenuti ovunque, anche presso i principi e gl'imperatori, in grande considerazione per la loro sapienza medica. Samuele Sarfadi, rabbino spagnuolo, uomo dotto ed eloquente, fu il medico di Leone X.
Naturalmente qualche cosa del favore che godevano i medici ebrei si rifletteva sulla comunità di Trastevere; ma a causa della natura stessa del reggimento della Chiesa, reggimento tutto personale, la sorte degli ebrei di Roma dipendeva unicamente dal carattere del papa che regnava; e questa incertezza del domani teneva gli ebrei in continuo timore, e li esponeva spesso a uno stato senza legge.
Già parecchi Concilii avevano da molto tempo prescritto la separazione dei cristiani dagli ebrei, e imposto a questi un marchio distintivo in segno di disprezzo. Innocenzo III, il promotore dell'inquisizione, rinnovò queste prescrizioni nel 1215, ed altri papi dopo di lui ne seguirono l'esempio. Senonchè gli ebrei non le osservavano, riuscivano ad eluderle, o si riscattavano col denaro. Talora poi un papa più clemente revocava gli editti che il suo predecessore aveva emanati.